杨向奎、冒怀辛：《关于方以智和中国传统哲学思想的讨论》，《历史研究》1985年第1期。
颜泽贤：《方以智科学哲学思想初探》，《哲学研究》1984年第8期。
张岱年：《方以智哲学思想简析》，《天津师专学报》1980年第2期。
张岱年、陈来：《关于方以智的本体论与方法论》，《江淮论坛》1984年第2期。
张德钧：《方以智〈物理小识〉的哲学思想》，《哲学研究》1962年第3期。
张永堂：《方以智与王夫之》，载《书目季刊》第七卷第二期，1972年冬季号。
张永义：《由〈药地炮庄〉看方以智的惠施论》，《中国哲学史》2011年第4期。
张永义：《从〈仁树楼别录〉看方以智的晚年思想》，《中国哲学史》2012年第2期。
张世亮：《方以智的“太极不落有无”说》，《河南科技大学学报》（社会科学版）2011年第3期。
张世亮：《方以智〈东西均·三征〉哲学思想研究——以“统泯随，交轮几”为切入点》，《甘肃理论学刊》2012年第1期。
郑万耕：《方氏易学的太极观》，《北京师范大学学报》1996年第2期。
周勤勤：《方以智集大成思想初探》，《中国科学学院研究生院学报》2002年第5期。
周勤勤：《从方以智哲学看中国哲学创新》，《哲学研究》2012年第10期。
周锋利：《青原学风与方以智晚年思想》，《安徽师范大学学报》2007年第5期。
（三）近期博士学位论文
周勤勤：《方以智“均的哲学”研究》，中国社会科学院研究生院2003年博士学位论文。
刘贻群：《方以智〈东西均〉思想研究》，武汉大学2006年博士学位论文。
周锋利：《方以智三教会通思想研究》，北京大学2008年博士学位论文。
彭战果：《方以智儒、佛、道三教会通思想研究》，山东大学2009年博士学位论文。
邢益海：《方以智的庄学研究——〈药地炮庄〉初探》，中山大学2010年博士学位论文。
三、相关著作
陈寅恪：《柳如是别传》，上海：上海古籍出版社，1980。
陈垣：《陈垣全集》，合肥：安徽大学出版社，2009。
陈祖武：《清初学术思辨录》，北京：中国社会科学出版社，1992。
陈俊民：《张载哲学思想及关学学派》，北京：人民出版社，1986。
陈来：《朱子哲学研究》，上海：华东师范大学出版社，2000。
陈来：《诠释与重建——王船山的哲学精神》，北京：北京大学出版社，2004。
陈来：《有无之境——王阳明哲学的精神》，北京：北京大学出版社，2006。
蔡仁厚：《王学流衍——江右王门思想研究》，北京：人民出版社，2006。
程曦：《明代儒佛融通思想研究》，合肥：合肥工业大学出版社，2008。
冯友兰：《中国哲学史新编》，北京：人民出版社，2003。
方立天：《佛教哲学》（增订本），北京：中国人民大学出版社，1991。
傅小凡：《晚明自我观研究》，成都：巴蜀书社出版，2001。
郭齐勇：《熊十力思想研究》，天津：天津人民出版社，1993。
郭齐勇：《梁漱溟哲学思想》，武汉：湖北人民出版社，1996。
郭齐勇编著：《中国哲学史》，北京：高等教育出版社，2006。