这时，躲在墙角里的李祐发声道：“刘德威，你不要假仁假义了。当时父皇派你来齐州查验，你信了韦挺的一面之词，到父皇面前说了我不少坏话，以致我到了今天的境地。哼，人之将死，再换上那些劳什子衣袍又有什么用处？”
“圣上当时召你和韦挺回京问话，至多训斥你一番，你不该杀了韦挺、韦文振，又举兵为乱，事都是你做出来的，怎么又攀到我的头上了？”
李祐不与刘德威争辩，扭过头望着墙角，不再搭理他们。
李世勣始终未发一言，看见李祐此种状态，叹了一口气，将手一挥，二人随他走出房外。李世勣嘱咐杜行敏道：“好好看顾齐王，我想圣上定会让我们将他解赴京城，如此，这段日子须使齐王毫发无损。”
杜行敏躬身答应。
此后数日，李世勣在杜行敏陪同下巡视齐州城防，并贴出安民告示，以恢复齐州秩序。刘德威则带领一干人马入齐王府内，他们检索齐王府内文档，审问涉案人犯，力图查清此次谋逆的来龙去脉。
数日后，李世民的敕旨下，其中责李祐曰：“汝素乖减德，重惑邪言，自延伊祸，以取覆灭。痛哉，何愚之甚也！为枭为獍，忘孝忘忠，扰乱齐郊，诛夷无罪。去维城之固，就积薪之危；坏磐石之基，为寻戈之衅。背礼违义，天地所不容；弃父无君，神人所共怒。往是吾子，今为国仇。”另诏李世勣、刘德威将李祐及一干人犯押送京城。
杜行敏因此大功被授为齐州都督，封南阳郡公，其手下参与此事者皆有封赏。
李世民感于韦挺、韦文振忠烈，擢升韦挺为齐州都督，赐爵武都郡公，谥曰敬；赠韦文振为左武卫将军，赐爵襄阳县公。
杜行敏以兵曹之职被授为一州都督，官至四品，可谓此次事变的最大得益者。
李世勣、刘德威接到李世民的诏令，即整顿行装，带同李祐等人奔赴长安。他们出城之时，杜行敏殷勤相送，一直将他们送出十里以外。
车仗辘辘声中，李祐等人被囚于槛车中摇摇晃晃行到京城。李祐从此再难见父皇与母亲之面，其入京城之后即被囚于殿中省，数日后，被李世民赐死。其同党及阴弘智等四十四人，亦于同日被斩于刑场。阴梦婕受此案牵连，被废为庶人，幽闭于深宫。
李世民将李祐赐死，其心情并不轻松，那日高士廉及长孙无忌在侧，李世民痛心说道：“祐儿身死，还是缘于其母啊！阴氏歌妓出身，没有什么见识，对祐儿所教就失于敦厚。还有那阴弘智，什么话不好说，却劝祐儿阴养死士，如此就埋下了祸根。”
李世民将李祐之死归咎于阴梦婕和阴弘智，实属偏见。皇子长成后，由宫中统一安排师傅及教授，与其生母接触不多。
李世民叹道：“朕即位之后，除了起初的罗艺及王君廓谋反以外，十余年来天下安宁，朕颇为自喜。不料祐儿举兵为乱，最终扯反旗的竟是自己的亲生儿子，天下之人定会笑我不会教子了。”
高士廉劝道：“龙生九种，那是勉强不来的，望陛下勿虑。”
这时，宦者奏曰刑部尚书刘德威候在殿外，要求面见皇帝。
“宣他进来。”李世民说道。
刘德威入殿后礼毕，李世民问道：“刘卿，齐州的这档子事累你多劳了。如今一干人犯已然就戮，你也该歇息一阵了。瞧你神色严肃，莫非还有什么事未完吗？”
刘德威奏道：“陛下，臣将齐王府内的所有文档移来，逐件验查，发现其中隐秘曲折之事甚多，因事体重大，微臣不敢擅专，特请陛下示下。”
李世民仰头叹道：“祐儿已死，此案已结，若事不大，可以放开不问了。朕多次说过要宽法慎刑，只要牵扯之人未参与谋反之事，就让他们各安其所吧。”
刘德威躬身道：“陛下仁慈胸怀，臣心怀感激。然此事太过重大，不可不奏。臣检索齐王府中文档……”
“文档？你曾奏齐王府记室孙处约向祐儿上谏书无数，多匡正祐儿言行。朕欣赏孙处约有魏徵之风，已然下诏重用了。”
孙处约为李祐的记室，其对李祐好嬉游结交小人之事深为不满，多次谏其行为。由此惹得李祐大为光火，将其逐回家中，不许再入齐府。刘德威此次检索文书，将孙处约所上谏章集于一起供李世民御览。李世民览罢赞赏不已，诏授孙处约为齐州别驾，官至正五品。
“臣今日所奏非关孙处约，却是与东宫僚属纥干承基有关。”刘德威打量了高士廉和长孙无忌一眼，毅然说道。
“纥干承基又怎么了？”
“陛下，臣检索齐王府文书，发现东宫纥干承基与齐王府书信来往甚多，信中语言隐晦，莫辨其意，令人难解。臣回京后，即让人拘来纥干承基询问。”
“纥干承基莫非与谋反之事有关吗？”
“大有干系！那纥干承基一开始口风甚紧，动辄抬出太子之名来辩驳。后来打熬不过，终于将所有阴谋之事和盘托出。”
“嗯，想是你对他动了大刑，别是屈打成招吧？”
“臣不敢。纥干承基所招非是胡言乱语，臣细细访查对照，发现其所言皆有凭据。”
“好吧，你可详细道来。”
刘德威又环视高士廉和长孙无忌一眼，看得出来，其心存顾虑。
李世民有点不耐烦，斥道：“他们二人为朝中重臣，又是朕的至亲，你有什么话不用避开他们，只要你所言为实，但说无妨。”
李世民、高士廉、长孙无忌闻言大惊，李世民立起身来吼道：“什么？太子也想谋反了？别是你屈打成招，那纥干承基胡乱攀诬太子吧？”