清廷接到征南大将军贝勒博洛的军队平定浙江的捷报以后，为了加速征服南明，于1646年（顺治三年、隆武二年）八月十五日派遣恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、续顺公沈志祥、右翼固山额真金砺、左翼梅勒章京屯泰（佟岱、佟养和）统领本部兵马南下，进攻湖广和两广，任命孔有德为平南大将军节制各部[50]。孔有德等受命后，回辽东收拾兵马，直到1647年二月初才到达湖南岳州。这月十六日，孔有德、耿仲明、尚可喜三王带领主力由陆路、屯泰由水路，向明军扼守的新墙、潼溪进攻。明军不堪一击，纷纷如鸟兽散[51]。十八日，清军进迫湘阴，章旷同部将逃往长沙，同督师何腾蛟商量对策。当时驻守长沙的澧阳伯王进才建议调驻守常德的马进忠、王允才部前来长沙加强防守力量。不料，马、王二部还在途中，清军就已经直趋长沙城下。王进才眼看兵力不敌，保护何腾蛟乘船南撤。二十五日，清军占领长沙。
1647—1648年清孔、耿、尚三王南征图
孔有德在占领长沙以后，为解除两翼威胁，在湖南站稳脚跟，派耿仲明进攻常德地区，尚可喜领兵直捣黄朝宣盘踞的攸县燕子窝。同时派人招降驻于浏阳的何腾蛟中军总兵董英。三月初七日，董英率部降清。马进忠、王允才部在援救长沙途中，得知该城已被清军所占，退往湘西山区，常德无军防守，遂为耿部清军占领[52]。尚可喜兵至攸县，黄朝宣不敢迎战，遣人向清军“讨招安。恭顺王不允，要洗他巢”[53]，黄朝宣只好收拾财物领兵窜往衡州。湖南另一明朝将领张先璧则退往宝庆（邵阳）。三月中旬，何腾蛟、章旷先后逃至衡山县。在清军追击下，他俩在云南将领赵印选、胡一青保护下逃到衡州。四月十四日衡州失守，何腾蛟、章旷又逃到永州、东安一带；黄朝宣向清军投降，由于他长期**地方，百姓怨恨，孔有德为了收买人心，下令把黄朝宣父子处死。
孔有德指挥的清军几乎没有遇到任何抵抗，就占领了湖南大部分地区。当时已入盛夏，清兵在长沙、衡州一带避暑，暂时停止了进兵。永历帝在武冈军阀刘承胤控制下苟延残喘，章旷于八月初八日病死于永州，何腾蛟奔走于武冈、永州之间一事无成。中秋以后，金风送暑，清军即开始向武冈、永州进攻，迅速占领了除湘西部分土司以外的湖南全境。何腾蛟作为南明湖广等地总督和督师，在湖南经营了一年多时间，兵员多时号称十三镇，又提拔了大批亲信文官出任巡抚等官职，不仅没有收复湖北寸土，而且在清军南下时即全盘瓦解。偏沅巡抚傅上瑞降清，章旷死后接替恢抚的吴晋锡做了清朝统治下的“遗民”，部下将领有的降清，有的逃入广西。这就是何腾蛟经营湖南的业绩。
[1] 高氏从崇祯十六年冬一直在西安，没有跟随李自成至北京。自成放弃西安时她自然随军南下。自成牺牲后，她在部将保护下经湖南北上湖北，后转入李锦、高一功营中。尽管李锦等联明抗清后，给南明官僚行文时仍尊称她为“太后”，但她在顺治二年秋曾“再三劝谕”李锦军“归服”清廷，见顺治二年十一月清梅勒章京屯代“为申报地方情形”事揭帖，影印原件见《明清档案》第三册，A3—162号。
[2] 乾隆八年《平江县志》卷二十四《事纪》云：“五月，其酋刘体纯自武昌入县之北乡；七月，其酋吴汝义自宁州入县东乡，据黄龙、幕阜、东阳诸山；又有田酋亦以是月入据中洞等寨。”参考何腾蛟奏疏，张鼐肯定是由宁州而来。
[3] 康熙十九年《平江县志》《灾沴》记：“乙酉年，闯寇数十万寇县，往来屯驻四阅月，凡上下乡方围三百余里比屋盘踞，深山穷谷焚林竭泽，男妇老幼杀死无算。”
[4] 顺治二年秋总督八省佟养和“为恭报地方情形事”揭帖，原件缺上疏日期，十月初十日到京，见《明清史料》甲编，第二本，第一二一页。
[5] 顺治二年秋总督八省佟养和“为恭报地方情形事”揭帖，原件缺上疏日期，十月初十日到京，见《明清史料》甲编，第二本，第一二一页。
[6] 光绪十七年《黎平府志》卷七上，何琮《先文烈公编年纪略》云，自成牺牲后，“其部下刘体纯、郝摇旗（原注：后名永忠）谓众曰：‘吾主不知何往，想大事难成。我等日事劫掠，终非远大之计，今闻何公在长沙，曷往归之？’众应曰：‘将军高见，谁不恪遵。’”
[7] 康熙四十二年《长沙县志》卷八《灾祥志》附《兵事》记：“乙酉，流贼李自成余党刘体纯、一只虎等从武昌、通山、蒲圻、崇阳破通城，陷平江，逾回通岭入长沙界。时邑人林朝宪纠集乡勇，多设疑兵，于西山、官山一带与贼相拒，自六月初一至十五日止斩馘甚众，贼进退维谷，自愿纳款。时督师何腾蛟、偏抚傅上瑞驻节长沙，乃驰报帅府，准其招降，民获粗安。”按，所记事实多有讹误，仅取其时日供参考。
[8] 同上。
[9] 王夫之《永历实录》卷七《何堵章列传》。
[10] 《永历实录》卷十三《高李列传》。
[12] 这里有必要做一点小考证。《明清史料》甲编，第二本，第一二一页；丙编，第五本，第四九九页，各收“总督八省军门佟”揭帖一件。丙编，第六本，第五三三页，湖广巡扰何鸣銮揭帖中称他为“督臣佟养和”；第五三九页郧襄总兵王光恩揭帖中也提及“前督臣佟养和”。同书丙编，第六本，第五一一至五一三页收顺治二年十一月“梅勒章京屯代揭帖”（影印件见《明清档案》第三册，A3—162号）。在许多有关明清之际的史学论著中常把佟养和、屯代并提，误为两人。其实，佟养和就是屯代，或写作佟代、佟岱。见鄂尔泰编《八旗通志》卷一八二；《清史稿》卷二四○；李元度《国朝先正事略》卷二《佟勤惠公事略》附传。《明清史料》丙编，第六本，第五六○页，顺治三年六月二十一日湖广巡抚何鸣銮启本中提到“上年”“同前督臣屯代行令……”亦可佐证。一人数名的原因此处不能细说。
[13] 第一档案馆藏有田见秀、吴汝义八月十二日给佟养和的禀帖、郝摇旗八月十七日禀帖，郝摇旗禀帖末在年月日上盖“督标忠兴龙营副总兵官关防”，这是南明何腾蛟颁给的印信，不是大顺政权颁发的，大顺政权官制序列中既没有总督，也没有总兵、副总兵。
[14] 顾山贞《客滇述》记：乙酉“四月，李自成部将一只虎陷太平、东乡、达州、夔州、新宁等处，寻遁入湖广。”费密《荒书》也记载：“四月，自成贼党李赤心等陷太平、东乡、达州、夔府、新宁等处，复入湖广。”按，李锦由隆武帝赐名李赤心是这以后的事。
[15] 顺治二年五月清驾臣李可学奏疏中说，四月间已“闻荆门、当阳等处潜有大贼一只虎等十余股，近十数万”。见《明清史料》丙编，第五本，第四八五页。
[16] 顺治二年十月十二日荆州副总兵郑四维揭帖，见《清代农民战争史资料选编》第一册（上），第四十五页。
[17] 顺治二年七月二十五日荆州副总兵郑四维揭帖，见《明清档案》第三册，A3—40号。
[18] 乾隆十五年《澧州志林》卷十九《兵难》。
[19] 吴晋锡《半生自纪》卷下。
[20] 吴晋锡《半生自纪》卷下。吴氏又说：“余退而异见之言入矣。失此一机，惜也。”意思是说他离开长沙返回永州以后，长沙道傅上瑞、监军道章旷等排挤大顺军的“异见”被何腾蛟采纳。文中说的“田、高诸部”，高决非高一功，疑误。
[21] 马进忠原来是明末起义军首领，绰号混十万，崇祯年间投降明政府，清英亲王阿济格追击李自成时曾在湖北阳逻镇伪降，阿济格军东下以后，他把清将责令他运载的南征大炮火药车子抛弃江中，径自率兵西上岳州。
[22] 顺治二年十一月三十日荆州总兵郑四维揭帖，见《明清史料》丙编，第六本，第五一五页。
[23] 顺治二年十一月二十二日湖北巡按马兆煃“为飞报紧急军情事”揭帖中说：“又一只虎李锦、袁宗第等并蓝、王、刘、牛等九营盘踞荆州，将田见秀、吴汝义等两大营合并，又得明朝玉玺，复立李自成弟，引贼数十万北下。”见《明清史料》丙编，第六本，第五一四页。《清世祖实录》卷二十五两次提及自成之弟名为“李孜”，参考其他文献，自成兄弟均以自字为排行，疑“孜”字为“自”字之误书，下脱一字。
[24] 顺治二年十一月三十日荆州总兵郑四维揭帖，见《明清史料》丙编，第六本，第五一五页。