蒋：屡经挫折失败，自觉能力薄弱，无法应付环境。
蒋：你这人太老实，上了人家的当还不觉悟，人家叫你回去你就回去，叫你打就打，人家利用你完了还会杀了你。去年（实是前年）为什么不来见我就跑回去，人家要你回去，你就回去。
叶：因为辞职没批准，只好回去……
蒋（大声）：你的部下就是共产党，他们破坏抗战，搅乱后方，你上了当还不觉悟，还对他们负责，这样我关起一百多人是我错了吗?
叶：如果这样说，新四军军开始就不应该成立了。
蒋：话就说到这里止!再说就不好听，你是不是共产党?
叶：到现在止，我没有任何党籍。
蒋：你觉得共产党对，你就到那里去，你觉得国民党对，你就到国民党来，没有中立的地方。我指示你一条正路，你能绝对服从我，跟我走，你一定可以得成功，不然，你就算完了。
叶：我早已决定我已经完了。
蒋：也不是那样意思，我叫你到第二战区去好好休养，你的前途是光明的。
叶：如果照这样做，大家一定说我自私，怕法律处置，我不能这样做。
蒋（非常生气）：回去再好好想一想，同郭司令商量好了答复我……
叶回来还同郭谈话约一时，最后结语：我不能够这样做，请枪毙我吧！
这份保存在重庆红岩历史档案馆的“馆藏A类档案-A251”编号的重要材料，是当年叶挺自己亲笔记录蒋介石与之谈话的回忆材料。1996年，叶挺将军的长子、解放军总装备部科技委顾问叶正大中将，在延安参加纪念“四八烈士”殉难50周年活动时，时任军委领导的杨尚昆同志对叶正大说：“我想起一件事，说明你爸爸真不愧是北伐时率部打出‘铁军’威风的硬汉。‘皖南事变’时他被关押，连老蒋（指蒋介石）亲自劝降，威逼利诱，都被他巧妙地顶回去了。我那时就在党中央办公厅工作，看见过这个‘笔录’。后来转到哪里去了，我就记不清了!”事后，叶正大设法通过组织多方查寻，终于在中央档案馆浩繁的文件资料中查出来了这份珍贵的历史档案。
因为不能让叶挺就范，蒋介石认为极丢面子，下令取消对叶的所有“优待”，移禁白公馆看守所。大特务沈醉在解放后回忆这个情况时这样说：“我去看过三四次，问他生活上缺少什么，他总是表示不需要什么。他对国民党报纸看了很厌恶，看一下就丢在一边，但又无聊，无可消遣，无人谈话，往往又把丢在地上的报纸拾起再看下去。看守所长侯子川很凶残，打骂犯人，但对叶不敢随便，有时叶还叫他不要对人太过分，没有必要增加别人痛苦。有次戴笠顺便去看叶，先叫我去通知叶，戴进去时，叶还是短裤汗衫，盘腿坐在地板上，挥着一把大葵扇。平时去，他还有说有笑。戴去，他理都不理。侯怕叶不认识，便介绍说：“戴先生来看你。”叶坐着不动．说：“我早知道，你不是派人告诉过我吗?”戴向他招呼，叶把嘴噜一下，“请坐”。戴看这样，知道没有什么好谈，只问一下他生活情况，叶表示不需要什么。戴看他冷淡，心里老大不高兴，站了一会就走了……
后来叶挺又被转往蒋家院子秘密囚室。在这里，由军统技击班副主任李克炼带领24名便衣和武装看守警戒，叶挺戏称他们是“24大金刚，24个饭桶”。
叶挺夫人李秀文开始一直不知丈夫的下落。1942年10月，通过李济深的关系，她打听到丈夫叶挺被关押在重庆，于是拿着李济深的亲笔信找到戴笠。半个月之后，戴笠才同意李秀文母女到歌乐山下五灵观招待所，与从囚室下来的叶挺相见。当见到长发长须的丈夫时，李秀文泣不成声，叶将军见到母女二人，也悲喜交加。蒋介石原以为李秀文会劝说丈夫妥协，结果李秀英给叶挺带去的却是中共中央领导人周恩来、叶剑英等同志以及各界进步人士的问候和敬意。叶挺对此极为激动，他知道因此知道了自己在坐牢并不孤立，尤其是听说中共中央一直在设法营救他时，更是激动得热泪盈眶。他按捺不住激动的内心，疾笔写下了“在烈火和热血中得到永生”的著名《囚歌》。该《囚歌》写成后，由其夫人带出后及时交给了文豪郭沫若先生。郭沫若先生看后，感慨地称之为“用生命和血写成的真正的诗”，后来便在社会上广泛传诵。渣滓洞监狱难友胡作霖还在监狱里将《囚歌》谱成曲，成为渣滓洞的“洞歌”。
自“皖南事变”后，中共中央对叶挺被关事件一直同国民党政府交涉，每次都提出要求恢复叶挺的自由，然而国民党方面总是从中作梗，使叶挺的事一拖再拖。1945年8月，毛泽东到重庆谈判，在谈判桌上，周恩来同志向蒋介石明确表示，将释放叶挺等政治犯作为条件之一。蒋介石仍然不从。1946年3月，我党提出以释放在邯郸战役中被我军生俘的国民党十一战区司令长官马法五，作为交换条件再次要求释放叶挺，这时蒋介石才被迫同意。
叶挺获得这一消息后，自然异常兴奋。但由于叶挺的身份特殊，他出狱后到底想干什么，这是许多人士都很关注的事。叶挺当然有自己的想法。特务沈醉在他的回忆材料中有这样一段有趣的回忆：
毛主席提出要放叶，我特地好奇地去看叶，看他出狱后办什么。叶毫不迟疑像做了长时间准备一样，以肯定的口吻答我：“我出去第一件事需办的，便是请求恢复我的党籍。”我十分惊异，一直没想到他是一个脱离了共产党的非党员，直到那天我才明白这一情况。他说完后昂起头来，凝视窗外，久久不发一语。我怕碰钉子，赶忙辞出，言不由衷地回答几声“那很好，那很好……”我回去向戴笠报告，他听了不作一声，很久才说了一句：“共产党人的可怕，就是在这些地方!”
1946年3月4日，囚禁5年多的叶挺终于获得自由。这时他已长发披肩，胡子齐胸。行前，他拢着长须，对长期看管他的特务沈醉说：“过去你几次劝我剪掉它，我没有答应，现在我要自动把它剪下来，把它好好保存起来。”说完，叶挺发出爽朗的笑声，登车驶向他早已向往的中共代表团驻地驶去。
叶挺出狱后，第一件事就是致电中共中央，提出他的重新入党申请。此时在延安的毛泽东，亲笔修改了的电文这样回答叶挺：
亲爱的叶挺同志：欣闻出狱，万众欢腾，你为中国民族解放和人民解放事业进行了二十余年的奋斗，经历了种种严重的考验，全中国都已熟知你对民族与人民的无限忠诚。兹决定接受你加入中国共产党为党员，并向你致热烈的慰问和欢迎
4月8日，中共历史上发生了一场大悲剧：叶挺与夫人、杨眉、阿九、王若飞、博古、邓发等人，乘坐的从重庆飞往延安的飞机，途中不幸失事，机上人员全部遇难于山西兴县黑茶山。为此，中共中央在延安为叶挺等烈士举行了隆重的追悼大会，毛泽东亲笔写了“为人民而死，虽死犹荣”的题词。在重庆的周恩来得知叶挺遇难的消息，悲痛欲绝，亲笔在《新华日报》撰文悼念：
希夷，你是人民队伍的创造者，北伐抗战，你为新、旧四军立下了解放人民的汗马功劳。十年流亡，五年牢监，虽苍白了你的头发，但更坚强了你的意志。一出狱，你就要求重新加入中国共产党，一见面，你就提到皖南死难同志，检讨皖南事变，要我交涉继续放人。我记住，我永远记住。我敢向你保证：我们要为保护人民队伍和释放一切政治犯而奋斗到底!
叶挺的英名和他的《囚歌》因此也被载入红岩革命史册。