胡大海一死，大局无人主持，而浙东重地，非心腹重臣不能镇守。于是，元璋升同佥朱文忠为左丞，都事杨宪及胡深为左右司郎中，仍驻扎于金华，以统领浙东军马。
文忠毕竟还是一个年轻人，威德远不如胡大海，所以真正来填补这个空缺的人，元璋心里更为倚重的还是文武兼备的胡深。当初向幕僚们坦陈自己的意见时，元璋就曾感叹道：“浙东这一东南屏障，咱如今还是要多多仰赖胡深啊！”后来胡深在处州经营有方，军民都很感念他的嘉惠，可惜在至正二十五年，因朱亮祖的乱命，致使坐骑受惊的胡深竟不幸被陈友定方面俘杀，留下了这位文儒“出师未捷身先死”的千古遗恨！
文忠得知处州的噩耗后，又立即派出元帅王祐等率兵屯缙云，伺机收复处州。不过由于处州叛兵众多，且考虑到张士诚势必要来浑水摸鱼，为了稳住浮动的人心，元璋即刻命令平章邵荣率十万大军前往征讨。
果不其然，张士诚见浙东有利可图，便派出其弟，也是其丞相的张士信率兵围攻诸全。诸全守将谢再兴率军迎敌，两军鏖战近一个月都未分胜负，后来谢再兴设伏兵擒杀了张家军千余人。张士信大怒，增兵加紧攻城，谢再兴部力不能支，才赶紧向文忠告急。文忠派胡德济率军增援，但胡德济的援军兵力也很有限，谢再兴只得再请增援。
此时金华叛乱初定，而严州靠近敌境，处州又为叛苗所据，文忠一时甚是为难。正在犯愁之际，他手下的都事史炳进言道：“邵平章所统大军不日即到，敌众必定惊心，我等不如先声而后实，唱一出空城计出来。属下听说张士信本是纨绔子弟一个，女子、戏子、骰子是他的随军必备，手下诸将有样学样，是故该部一向就缺乏斗志……”
文忠觉得这一建议非常可取，于是派人到处扬言徐达、邵荣等率领大军已到严州，不日就将进击诸全。为了把戏演得更真，文忠还派人到各处张贴榜文。张士信的探子见到榜文后，多半信以为真，消息逐渐扩散开来，于是军心**，很多人竟商量着乘夜逃遁。胡德济侦知这一情况后，与谢再兴乘着夜半突袭了张家军的营地，张士信大败，诸全之围得以化解。
等到邵荣率大军赶到处州时，进展也变得更为顺利。他先是令院判张斌、王祐、胡深等分攻处州城四门，并焚烧了其东、北两门，将士们得以登城而入，最终李祐之在绝望中自杀。
处州复平后，元璋改任王祐守城，邵荣则即刻率大军返回应天。
浙江的局面算是暂时稳定下来了，应天政权的一臂得以保全，元璋也稍稍安了几分心。可是不承想，江西的问题也不幸被刘基言中，虽竭力避免，却还是闹出了一场不小的风波。
当初洪都投降时，祝宗、康泰二人心里其实还是有些不情愿的，渐生悔意，后来经胡廷瑞百般安抚，才令二人暂时安生下来。等到胡廷瑞去往应天后，他想到祝、康二人的行止，唯恐他们再生变乱于己不利，便率先向元璋禀报道：“祝、康二人一直对献城之事有些不悦，属下若在洪都，还能约束他们些个。如今浙东闹了这么大动静，属下人又远在应天，祝、康二人恐生异动，还望主公早做打算！”
元璋于是下令：令祝、康二人带所部兵马前往湖广一带听从徐达调遣。
祝、康二人感到情况不妙，担心元璋会对他们不利，因此当他们率领所部抵达女儿港（今江西省德化县东南处）时，突然发动叛乱！当时港内正有运送布匹的商船，他们随即抢夺了船上的布匹做旗号，向洪都发动袭击。
黄昏时分，叛军突然杀至洪都城下，他们击鼓举火，一举攻破了新城门。时为行省参政的邓愈当时正住在原廉防司，他闻变之后感到仓促之间不易招架，担心遭遇胡大海、耿再成之祸，只得带着数十骑出逃。途中，邓愈与叛军几次遭遇，他一路且战且走，随从大都战死。
幸亏邓愈身经百战，再加上养子将马让与了他骑，邓愈才侥幸得以脱身。元璋自责己过，所以并没有追究邓愈失职，邓愈侥幸捡回了一条命，可惜万思诚、叶琛等皆死于这次叛乱。
洪都叛乱的消息传到应天后，元璋震怒之余，当即命徐达等人从湖广回军前往征讨。很快，徐达就攻破了洪都城，祝宗在逃亡中被邓志明所杀，康泰则被生擒，因他与胡廷瑞的特殊关系，最终被从轻发落。
重新稳定江西的大局很重要，元璋说道：“得了江西，如同斩下陈友谅之臂膀。此地是故楚中心，应天的西南屏障，而今的首重之地。加之本地人喜诉讼而难以管制，贼寇甚多，非心腹干练之人不可守！”
考虑到文忠已经主政浙东，一心渴望外出建功的朱文正此时便向元璋主动请缨道：“文忠老弟如今已俨然成为四叔在浙东的柱石，多年来他在那边独当一面，可是得了不少历练！侄儿虽然蒙受四叔恩宠，忝居左都督一职，可实在没做过几件响当当的事，不如您就把我安排到洪都去，让侄儿给您把守好西大门吧！”
由于要挟制邵荣等人，元璋一时犹豫不决，此是外事又是家事，于是他便找秀英商议。秀英思量半晌，觉得此事乃是义不容辞，最后方举重若轻地说道：“所谓‘当局者迷，旁观者清’，你这等聪明人，怎么反倒糊涂了？你可以使一招欲擒故纵嘛！”
元璋一下子就被秀英点醒了，当即赞叹道：“夫人如今虽不过问外事了，可是竟还那么有心，这回咱懂了！”
“应天的事想是无虑了，你好自为之便是了！但是放文正这小子一个人出去，他跟匹野马一样，恐怕不是长计！”秀英提醒道。
元璋只得点头答应着：“好，先放他出去一年再说吧。”
至正二十二年五月，元璋命大都督府左都督朱文正镇守江西，还特命儒士郭子章、刘仲服等为参谋，此外邓愈、赵德胜和薛显等猛将也一同协助镇守，元璋这回才踏实多了。
朱文正到达洪都以后，继续增浚城池，严为守备。他还招谕山寨贼寇来降，结果绝大多数头目都表示归顺。而对于当地那些纠缠诉讼、好打官司的人，出于社会安定的需要，文正更是使出了霹雳手段，竟下令将其一律处死。如此一来，号令严肃，远近震慑。
可是正像秀英所忧虑的，一旦脱离元璋及众亲属的视线，朱文正就如同脱了缰的野马，好色、残忍的本性立即暴露：他任用卫达可等人为心腹，帮着自己到处搜罗美女，宠幸几十天后，要么抛弃，要么干脆投到井里淹死以掩人耳目，弄得民怨甚重。而元璋每次派人到洪都巡视，朱文正都重加贿赂；对于那些敢去应天举报的人，他便派人到中途截杀。因他是元璋的亲侄子，又是养子身份，众人只得睁一只眼闭一只眼，由着他胡作非为。
实际上，元璋还是听到了一些风声，但出于安定江西计，一时之间他才没有发作。