就这样，庞大的皇家南巡舰队自天津港出发后，便开始了沿大明海岸线缓缓南下的航程。
这支由郑芝龙麾下精锐水师为主力、辅以部份天津水师舰船组成的庞大船队旌旗招展，浩浩荡荡延绵十数里，如同一支移动的海上城邦行进在蔚蓝色的海面上。
舰队航行并非一味追求速度，而是采取了极为稳妥的策略。
每日辰时日出后起锚升帆，申时日落前便寻找合适的港湾或近岸锚地停泊过夜，绝不在夜间航行。
此举首要考虑的，自然是当今天子崇祯的安全。
皇帝初次涉足海路，虽经郑芝龙等人再三保证近海航行安全，但夜间视野不清，风浪难测，万一有所闪失，谁也担待不起。
其次，南巡本意在于巡视、安抚、宣威，而非单纯的赶路，昼行夜泊既能保证行程安全，也让随行的皇室成员、文武百官能逐渐适应海上生活，避免过度劳累。
因此这几日的航行节奏舒缓得近乎闲适。
白天，庞大的舰队在湛蓝的海面上破浪前行，白色的船帆吃满了东南风，鼓胀如云。
崇祯起初的紧张和不安随着日升月落、风平浪静的航行，已渐渐被一种新奇的体验所取代。他习惯了脚下甲板那有规律的、轻微的摇晃，习惯了带着咸腥气息的海风拂面，也习惯了极目远眺时那水天一色、无边无涯的壮阔景象。
甚至，当夕阳西下，金色的余晖将海面染成一片瑰丽的锦缎时，他心中会油然生出一股此前在紫禁城深宫中从未有过的、混合着天地之悠悠与个人之渺小的奇特感慨，继而转化为一种意欲驾驭这片蓝色疆土的豪迈之情。
按照事先由兵部、工部会同郑芝龙等水师将领精心制定的航线计划，此次御驾南巡的海路大致如下：
第一阶段：巡弋渤海，巩固京畿海防，途经北直隶、山东。
船队自天津港出发，先向东南驶入渤海海域。
渤海作为大明的内海，相对风浪较小，是让皇帝和大部分不习水性的随行人员适应海上航行的理想区域。
沿途会在以下港口靠泊：
沧州渤海所，此为军事要塞，驻有重兵，皇帝或会短暂停留，检阅守军，示以天恩。
登州港，此处是明代北方最重要的水师基地之一，设有登州卫。
舰队将在此进行较长时间的停靠，补充淡水、粮食等给养，崇祯亦可能亲临水寨，视察战舰，接见当地军政大员，宣示朝廷对海防的重视。
第二阶段：沿黄海西岸南下，控扼海运咽喉，途经山东、南直隶北部。
船队绕过山东半岛东端的成山角，便进入黄海海域，黄海也有数个港口，分别是：
莱州港，此地亦为海防重镇，可了解山东沿海防务。
密州港，此地自古便是良港，明代设有灵山卫等卫所，控扼黄海咽喉，战略地位重要。
海粥，此地明代属南直隶淮安府，是两淮盐场的重要出海口之一，皇帝可能会关注盐政及海防情况。
第三阶段：经略东海，视察东南财赋之地，途经南直隶南部、浙江。
船队继续南下，过长江口后，便进入更为开阔的东海。
第四阶段：溯江而上，直抵留都南京。
此为最后阶段，也是整个航程的终点。
御驾将泊于龙江关，此地曾是郑和船队的起锚地，象征意义重大。
皇帝将入驻南京皇宫，开始对南方政务的深入巡视和整顿。
整个航程设计，既考虑了安全性、实用性，更赋予了强烈的政治象征意义，也就是巡阅海防、宣示海权、安抚地方、考察商贸，并最终抵达留都南京，完成此次以“海洋”为主题的南巡。