朱元璋之所以要创建五军都督府，目的就是为了削弱、分散兵部的军权。
他们同时存在，又互相制约，而且并不矛盾。
因为朱元璋对两个部门的权力进行了极其细致的划分。
兵部在军队中有调兵、任免将领、升迁、下调、以及训练军队的权力。
但兵部不能直接统帅军队打仗。
五军都督府则是有统兵作战、管理屯田、掌管军籍、推选将领的各种权利。
为了相互制约，五军都督府没有调遣军队的权力。
而正常的调兵流程应该是：
皇帝决定调兵，然后告知内阁，之后下发调兵的圣旨给御马监。
这个时期，内阁绝对不敢干预皇帝调兵的旨意，皇帝只要说调兵，内阁一定会同意！
御马监接到圣旨之后，拿着圣旨和调兵用的虎符以及其他信物去往兵部宣旨。
等兵部确认无误之后，在按照圣旨上面的内容准备相应的后勤粮草和兵马移交五军都督府。
最后，等五军都督府准备完毕之后，这支军队就可以正式出发了。
等打完仗之后，武将再交回兵符和兵权，军队也回到原本的地方。
整个流程畅通无阻，没有丝毫阻拦！
虽然过程繁琐了些，但却可以保证军权牢牢的抓在皇帝个人的手中。
无论是内阁、御马监、兵部、五军都督府，只要没有皇帝的同意，他们都无法调动任何兵马。
而只要皇帝决定要打，内阁、御马监、兵部、五军都督府都只能服从皇帝的命令！
这就是皇帝掌握的军队最高指挥权！
当然，这种制度确实也十分完美。
最起码在‘叫门天子’朱祁镇之前，明朝的军权确实都被皇帝牢牢掌握着。
比如朱元璋、朱棣、朱高炽、朱瞻基。
直到土木堡之变，这种制度终于被打破了！
‘叫门天子’朱祁镇带着整整二十万大军亲征瓦剌，结果却害的二十万大军全军覆没，自己还被抓了俘虏！
也就是这一波神仙操作，让当时明朝的军事力量几乎丧尽。
同时，五军都督府的实权勋贵们全部战死！
而新的勋贵又太年轻，无法掌握军权。