主动把痘疮的毒引入体内？！这林供奉是疯了不成？！这简首是找死！还要用死囚试种？有伤天和！
就连刚刚被压下去的方孝孺等人，也忍不住再次上书，言辞恳切（甚至悲愤）地劝谏皇帝切勿行此险着，称此乃“以毒攻毒，祸患无穷”，违背上天好生之德。
但这一次，朱元璋的态度异常坚决。显微镜带来的信任加成，以及天花本身的恐怖，让他选择了毫无保留地支持林奇。所有劝谏的奏疏，都被他留中不发，或者首接批个“知道了”便扔到一边。
十日后，第一批来自凤阳的痘痂被锦衣卫星夜兼程送回。林奇立刻投入工作，在临时划出的隔离区域内，带领着几名胆战心惊却被严格命令必须服从的太医，开始按照他记忆中的方法，研磨痘痂，混合微量樟脑冰片（起到一定的减毒和防腐作用），用高温蒸汽处理过的细棉签小心蘸取，制备成最初的“痘苗”。
第一批试种者，是二十名身体状况尚可的死囚。接种过程很简单，林奇用特制的银制小管，将少许痘苗吹入他们的鼻腔黏膜。
接下来的几天，是漫长的等待和煎熬。隔离区内气氛紧张到了极点。那二十名死囚被分别隔离观察，每日都有太医（穿着林奇要求的、用沸水煮过、烈酒喷过的罩衣）记录他们的体温和症状。
第三天开始，陆续有人开始出现发热、鼻塞、轻微出疹的症状。林奇仔细检查着每一个人的情况，根据症状轻重，调整汤药（主要是清热解表的方子）进行辅助。
方孝孺等人几乎每日都在宫外请求觐见，打听着里面的消息，随时准备着一旦出现大规模死亡，就进行更激烈的“死谏”。
然而，奇迹发生了。
绝大部分死囚，在经历了数日类似轻微感冒的症状后，热度逐渐消退，身上的疹子也慢慢结痂脱落，并未发展成恐怖的天花脓疱！只有两人因本身体质极差，出现了较高热，但在林奇针对性用药后，也转危为安。
半个月后，二十名死囚，全部存活！并且顺利度过了反应期！
为了验证效果，林奇做出了一个更大胆的决定——他请求朱元璋，将其中十名康复的死囚，送入仍有天花病人隔离的村庄！（当然，是隔着足够远的距离，并承诺事成后赦免他们的死罪）
结果再次令人震惊！那十名死囚在疫区边缘生活了十余日，与病患隔空相望，却无一人再次感染天花！
人痘接种法，成功了！
消息传回，朱元璋欣喜若狂！立刻下令赦免了所有参与实验的死囚，并赐下金银。
这一次，再无人能提出质疑。铁一般的事实，粉碎了所有的反对声浪。方孝孺等人看着那些活蹦乱跳、甚至因祸得福获得自由的“实验品”，彻底哑口无言，只能将满心的震撼和无法理解埋藏心底。
“种痘局”立刻开始大规模运作起来。首先接种的是京营的将士们，随后是顺天府的官吏及其家眷。一开始民间尚有疑虑，但当他们看到官兵和官老爷们都争先恐后地去种痘，并且真的没人再得天花了之后，巨大的需求瞬间被引爆！每天，京郊种痘局外都排起长长的队伍！
林奇之名，不再仅仅是“神医”，更成为了“活菩萨”、“万家生佛”的代名词！他的声望，在民间达到了一个前所未有的高度。
这一日，朱元璋亲自视察种痘局后，将林奇召至身边，看着远处络绎不绝的百姓，感慨道：“林奇，你此法，活人无数，功德无量！咱要重重赏你！说吧，想要什么？”
林奇却再次躬身：“陛下，草民别无他求。若陛下允准，草民倒有一请。”
“讲！”
“人痘接种，虽有效，然仍有风险。草民设想，或可寻那牛畜所生之类似痘疮（牛痘），其毒性更弱，接种于人，反应更轻微，几无风险，免疫效果却相同！若能寻得，则天下万民，皆可无忧矣！草民恳请陛下下旨，令各地留心上报此类病牛，或可彻底解决此千年恶疾！”
牛痘！朱元璋眼中精光爆闪！还有更安全的方法？！
“好！咱立刻下旨！若能成，林奇，你便是真正的万家生佛！”老皇帝激动不己。