朱樉见状，召副將周武商议：“湾內水浅，炮船无用，你有何良策？”
周武指著湾內的浅滩：“殿下，可派士兵乘小艇登陆，绕至工事后方，用火攻烧毁他们的粮草。”
朱樉点头，令周武率三千士兵乘小艇出发，自己则率船队在湾內佯攻，吸引拉普拉普的注意力。
周武的小艇队顺著浅滩悄悄靠近岸边，土著人果然专注於抵御湾內的明军，未察觉后方的偷袭。
明军士兵登陆后，迅速摸到拉普拉普的粮仓，点燃火把扔了进去。
火光冲天时，拉普拉普才惊觉上当，急令两千部眾回援，却被周武的士兵拦住。
朱樉见后方起火，立即令船队靠岸，士兵们架起云梯攻向防御工事。
拉普拉普的部眾腹背受敌，军心大乱。
朱樉亲自率军衝锋，手中佩刀劈下，將一名土著首领斩於阵前。
拉普拉普见明军势不可挡，带著残部逃往吕宋岛北部的碧瑶山区。
拿下马尼拉湾后，朱樉並未追击拉普拉普，而是先在湾边建立“秦藩治所”。
他发现吕宋岛上盛產香料与黄金，便令士兵与当地百姓通商，以丝绸、瓷器换取香料与黄金。
同时，他还派农技官教当地百姓种植玉米、番薯，改善他们的生活。
不料半月后，拉普拉普联合吕宋岛北部的伊洛戈部落，率八千部眾反扑马尼拉湾。
此时朱樉的兵马分散在周边开垦荒地，治所內仅余两千士兵。
周武建议：“殿下，可弃守治所，退至船上，待分散的兵马回援后再反击。”
朱樉却摇头：“治所是我军在吕宋的根基，若弃守，百姓必遭劫掠。
今日便让这些土著看看，大明將士的厉害！”
他令士兵加固治所城墙，在城墙上架设火炮，又组织百姓搬运石块、箭矢，协助防守。
拉普拉普的部眾猛攻治所，城墙上的明军火炮轰鸣，箭矢如雨，土著人死伤惨重。
但拉普拉普的部眾源源不断，城墙多处被攻破。
朱樉手持佩刀，率亲兵在城墙缺口处死战，身上多处负伤，却仍不肯后退。
就在此时，远处传来马蹄声。
原来是分散在周边开垦荒地的明军兵马听闻治所被围，连夜回援。
拉普拉普见明军援军赶到，心知大势已去，率残部再次逃往碧瑶山区。
朱樉令周武率五千兵马追击，务必將其擒获。
周武率军追至碧瑶山区，见山路险峻，便令士兵在山谷中设下埋伏，又派人去劝降拉普拉普。
拉普拉普的部眾连日奔逃，早已飢疲交加，听闻明军愿赦免他们的罪过，还会分给他们土地，不少人纷纷放下兵器。
拉普拉普见眾叛亲离，只得束手就擒。
朱樉见拉普拉普被擒，並未杀他，而是亲自为他鬆绑。
“你若愿归降大明，便仍统领你的部眾，不过需遵守大明律法，不得再劫掠百姓。”
拉普拉普感念朱樉的恩义，当即跪地投降。
此后，朱樉以马尼拉湾为中心，逐步收服吕宋诸岛。
他令士兵在各岛建立据点，开通商道，还派人將吕宋的香料、黄金运往大明，深得朱元璋的讚赏。