按照“源一流二，二即善、恶”的思想，相对至善（“一”）而言，“二”就是后天的善与恶，或后天的习气（恶）。由于方以智视后天的“用”（或“二”）为恶或有善有恶，所以，一切相反相因之“二”皆可以善、恶言，如上文所引“静则善，动则恶；体属善，用属恶；生为善，死为恶；未生为善，生后为恶”、“春夏善，秋冬恶；昼善，夜恶”等。不落善恶之至善凌驾于对待之善恶之上而贯润之，而后天相反相因的善恶之间总是“交之”、“轮之”，以显不落善恶之至善的“贯”与“无住”、“无息”性。
在方以智看来，后天之“二”是“首尾相衔”及“相反相因者，相救相胜而相成也”，故“下二点”缺一不可。对于善与恶而言，同样如此。既然“恶”不可缺，所以，“恶消而善不立”就成了当然之理。他说：
恶消而善亦不立，不立而善仍可名，不落两头，并不落其不落矣。彼执已甚充类之方便，以为死法者，则矫死而后已，而终不悟耳。阴阳既分，阴阳之习气即偏；阴阳生五行，五行之习气更偏。惟天统地而不二者，能生一切偏习气之物；又能用一切偏习气之物，以化一切偏习气之物，而习气即从先天之至善以俱至，更无复有善不善矣。[83]
从后天“二”之间“相反相因、相救相胜”的关系，推证出“恶消而善亦不立”的结论并不错，但方以智却因担心世人“以为死法”而不复为善，故接着说“不立而善仍可名”；这样说其实并不矛盾，“恶消而善亦不立”是从经验层来说的，“不立而善仍可名”则是称体而言的。从道体、心体方面来看，道体“不落两头”，本身就不存在善与恶之名，这就是他说的“无意为之则善，有意为之则恶”。不仅如此，虽然有“阴阳既分，阴阳之习气即偏；阴阳生五行，五行之习气更偏”这种经验层的善恶，但“天”（圣人、天道）能够“用习气”、“化习气”以从“先之至善”。
方以智还从“两间无不相反、相胜而相救”的原理，推证出“有小人乃以磨砺君子”和“必用小人”、“必用恶”的说法，如他说：
重体贱用，而无不用之体；重阳贱阴，而必用阴；君尊臣卑，而必使臣；重善贱恶，而必用恶，犹重君子贱小人，而必用小人。不统而用之，则恶既为恶，而善亦为恶，以用救用，道岂可少哉？[84]
吾每绎子思代明、错行二语，而悟相害者乃并育也，相悖者乃并行也。子思知而正告，何何氏痛决其几：彼谓仁义即杀夺，何谓非至理乎？以始乎仁义，后必杀夺也。特圣人不以杀夺而废仁义、不立仁义，而令民忘之。忘仁义不忘嗜欲，嗜欲之杀夺尤速。知其杀夺，而救杀夺者仍是仁义也。假仁义以为杀夺，亦所以为救也。有小人乃以磨砺君子，刀兵祸患为有道之钻锤，故曰：危之乃安，亡之乃存，劳之乃逸，屈之乃伸。怨怒可致中和，奋迅本于伏忍。受天下克，能克天下。欲取姑与，有后而先。[85]
方以智以“重体贱用，而无不用之体；重阳贱阴，而必用阴”为前提，推论出“君尊臣卑，而必使臣；重善贱恶，而必用恶，犹重君子贱小人，而必用小人”的说法，颇似董仲舒“君臣、父子、夫妇之义，皆取诸阴阳之道。君为阳，臣为阴；父为阳，子为阴；夫为阳，妻为阴。阳道无所独行，其始也不得专起，其终也不得分功，有所兼之义”[86]所表达的思想内涵。从方著中遍引“董子曰”可知他并不隐讳自己受其影响。不过，他与董仲舒以“以人应天”来论证三纲五常的合理性不同，方以智的“重阳贱阴”主要是用来说明“有小人乃以磨砺君子”和“必用小人”的道理。此“磨砺”就是他所谓的“烧”与“烬”，“烬”是其思想的重要特征。当然，我们并不否认在方以智的思想中存在着以“重阳贱阴”来说明“君尊臣卑”的道理。
细细品味上述引语，不难发现其中也有难以理解的地方。如他为何要将“重体贱用”与“重阳贱阴”并提呢？一般思想家都视“阳阴”为气，而不以“体用”的关系视之。但对方以智来说，这是成立的，因为他有“有阴阳对待之阳，有不落阴阳之阳”[87]的说法。也就是说，方著中存在两种不同质的“阳”，一种是“对待之阳”，另一种是“不落”之阳，即阳体。所以，“重阳贱阴”所表达的意思与“重体贱用”是一样的，故可并提。再者，方以智以“相害者乃并育也，相悖者乃并行也”来论证“小人”与“恶”的必要性，这种说法看起来很合理，其实并不合他本人有关“交轮”的思想。因为在他看来，后天之“二”是“交”、“轮”的关系，而不“并行”、“并育”的关系。“物类”之间“相同相求”、“相克相制”的关系是他早年“质测”之学所探求的对象，入佛后，他主要还是以后天之“二”（或曰“下二点”）的“交”、“轮”关系来说“贯几”。读其著作，的确有“只管随口乱统”[88]之感。
由“有一必有二”的哲学道理，并非一定能推论出“小人”与“恶”存在的合理性。方以智“有一必有二”所表达的义理，是儒家之共识。《易·系辞上》曰：“是故易有太极，是生两仪。”《系辞下》曰：“天下之动，贞夫一者也。”自先秦始，就已以“一”示“太极”的绝对性、本源性，“二”或“两仪”则为后天相对之物（或阴阳二气）。德国存在主义哲学家雅斯贝尔斯在《大哲学家》一著中讲到孔子时，他专辟“贯穿万物的‘一’”作为独立一小节讲述“孔子对极限的体认”，并总结了儒道两家之异同，他说：“老子置‘道’于万物之前、之上，这也正是孔子的‘一’，所不同的是老子深入道之中，孔子则由于他对‘一’的敬畏并由它引导着进入世俗事物之中。”[89]雅斯贝尔斯无疑透视到了中国古圣人对“绝对”体悟的生命智慧。降至北宋，程伊川明确把“气”说成“二”，以别于“道”，他说：“一阴一阳之谓道。此理固深，说则无可说。所以阴阳者道。既曰气，则便是二。”[90]张载基于“两不立则一不可见，一不可见则两之用息”[91]的一、两关系，提出“合两”见性方法，他说：“性其总，合两也。……尽性穷理而不可变，乃吾则也。”[92]但是，先儒无不劝人祛恶归善，并未以为恶的存在是合理的。孔子随处指点仁，孟子教人不放失良知，《中庸》教以“率性”、“中节”，这些都隐含着主体有价值选择的自由，有悖天道的可能。“天之大德曰生”，“乾道变化，各正性命”，天道决定万有，何以有“恶”，尤其是实践活动主体（人）何以有“恶”？宋儒没有深掘孔子“为仁由己”所蕴含的自由精神，而是藉“气”来解释“违理”处，于是“源善流恶”出焉。但是，道不自道，气外无道，道或理必流行于气中，而气却限制、阻碍理的实现。在现实生活中，善恶往往相伴而立，如吃鸡可以养生，此是顺天道，为善；但从鸡的角度来看，却是灭生，悖天道，却为恶。可见，方以智所谓“恶消而善亦不立”并非从道家“有无相生”的意义上立说的，合于“既曰气，则便是二”的儒家观点。再加上“无善恶在有善恶中，体在用中”这种宋儒并不否认的观点，才会出现“有小人乃以磨砺君子”之说。
需要注意的是：方以智总喜以“小人”、“死”、“病”（尤其是“死”）等几种有限的、有消极意味的事或物来说“恶”，这几种恶又往往在于磨炼人的意志，它们不一定就是伦理上的“恶”，出现这种现象可能与他坎坷的生活历程相关。
[1]庞朴注释：《东西均·公符》，第99页。
[2]庞朴注释：《东西均·反因》，第94页。
[3]《性故》。
[4]方以智说：“卦爻无不反对，而贯其中者，即是贯寂感之《易》，即是贯《震》、《艮》之无息，即是贯是非之公是、化善恶之至善，即是贯生灭之真如，即是贯去来之无住，即是超罗汉、菩萨之佛，即是融性相之无性实相。”（见《一贯问答·问一贯》，第269页。）
[5]庞朴注释：《东西均·公符》，第102页。
[6]《河南程氏遗书》卷第一，见《二程集》，第10～11页。牟宗三以为明道语，今从。
[7]杨时：《龟山语录》，载《龟山学案》，《宋元学案》，第950页。
[8]《知言》，见《胡宏集》，第333页。《知言》原文未见此条，存于朱子《胡子知言疑义》中。
[9]牟宗三：《心体与性体》中，上海，上海古籍出版社，1999，第383页。
[10]《朱子语类》卷第一百一，第2587～2588页。
[11]《朱子语类》卷第一百一，第2588页。
[12]朱子即如此理解，如他说：“此文定之说，故其子孙皆主其说，而致堂五峰以业，其说益差，遂成有两性：本然者是一性，善恶相对者又是一性。”（见《朱子语类》卷第一百一，第2586页。）
[13]庞朴注释：《东西均·容遁》，第242页。
[14]《一贯问答·说学》，载《儒林》（第二辑），第295页。
[15]《三山丽泽录》，见《王畿集》卷一，第10页。
[16]《致知议辩》，见《王畿集》卷六，第133页。
[17]《东西均·玆燚黈》，第284页。
[18]顾宪成：《论学书》，见《东林学案一》，《明儒学案》，第1396页。
[19]黄宗羲：《东林学案一》，见《明儒学案》，第1379页。
[20]黄宗羲：《黄宗羲全集》第1册，杭州，浙江古籍出版社，2005，第94页。
[21]黄宗羲：《黄宗羲全集》第7册，第756页。
[22]黄宗羲：《明经方本庵先生学渐》，《泰州学案四》，《明儒学案》卷三十五，第837页。
[23]庞朴注释：《东西均·公符》，第102页。