有卜者王朗，自称成帝下妻所生子，名子舆，在邯郸自立为天子。公元24年（更始二年）5月，刘秀攻克邯郸，诛灭王朗，收取文书，得到部下与王朗交通的文书数千章，当众焚毁，宣称，希望因此而不安者得到安心。刘玄派侍御史持节立刘秀为萧王，要求他回到洛阳。刘秀以河北未平为借口，给予拒绝。从此，刘秀脱离了更始帝刘玄，开始独立发展。
这时各地割据形势异常复杂，长安乱政，四方背叛。睢阳（今河南省商丘睢阳区）有梁王刘永，巴蜀（今四川省和重庆市）有公孙述，李宪立为淮南（今安徽省淮南市）王，秦丰自号楚黎王，琅邪有张步，东海（今山东省枣庄市）有董宪，汉中（今陕西省南部）有延岑，夷陵（今湖北省宜昌一带）有田戎，此外，还有铜马、大肜、高湖、重连、铁胫、大抢、尤来、上江、青犊、五校、檀乡、五幡、富平、获索等队伍，征战不休，社会秩序混乱。刘秀就是在这种形势下展开与各地豪杰的征战。
公元25年（更始三年）正月，平陵人方望立前汉孺子刘婴为天子，刘玄派丞相李松打败方望，斩杀刘婴。4月，公孙述自称天子。刘秀在与这些势力征战中，取得一些胜利，剿灭了河北的铜马势力。到达鄗（今河北省柏乡县北）时，他的同学强华从关中奉《赤伏符》来到，谶语曰：“刘秀发兵捕不道，四夷云集龙斗野，四七之际火为主。”[24]所谓“四七”，按照他的解释，是说从刘邦至刘秀初起，一共228年；“火”即汉朝的德运。群臣借势劝进，六月己未，刘秀即皇帝位，改年号为建武元年。
这个月，赤眉立刘盆子为天子。
9月，赤眉攻入长安，更始帝刘玄逃奔高陵（今陕西省西安市高陵区）。刘秀下诏，封刘玄为淮阳王，宣布给予保护。12月，赤眉杀害刘玄。隗嚣据陇右（今甘肃一带）。
公元26年（建武二年）正月，刘秀大封功臣，重修高庙，建社稷于洛阳，始正火德。赤眉焚长安宫室，发掘园陵，寇掠关中。刘秀命大司徒邓禹攻入长安，派遣府掾奉十一帝神主纳于高庙。
2月，下诏省刑罚。
5月，封更始帝刘玄册封的元氏王刘歙为泗水王，故真定王刘杨子刘得为真定王，周后姬常为周承休侯。下诏嫁妻卖子欲归父母的，听之，不许拘执。此后，多次下诏免奴婢为庶人。
12月，恢复王莽所废黜的汉宗室列侯。
公元27年（建武三年）正月，刘秀大将冯异在崤底（崤山谷地，今河南省渑池西南）大破赤眉。刘秀亲自出征，驻跸宜阳（今河南省宜阳县），赤眉请降，献汉传国玺。此后，一路顺畅，不断取得胜利，到公元36年（建武十二年）冬11月，刘秀大将吴汉等大破公孙述，述受伤而亡。至此，各路势力基本剿灭。史家称“郡县皆降，天下归汉”。
[1]（东汉）班固：《汉书》卷98《元后传》。
[2]（东汉）班固：《汉书》卷99中《王莽传》。
[3]（东汉）班固：《汉书》卷99中《王莽传》。
[4]（东汉）班固：《汉书》卷99中《王莽传》。
[5]（东汉）班固：《汉书》卷99中《王莽传》。
[6]（东汉）班固：《汉书》卷99上《王莽传》。
[7]（东汉）班固：《汉书》卷98《元后传》。
[8]（东汉）班固：《汉书》卷98《元后传》。
[9]（东汉）班固：《汉书》卷99中《王莽传》。
[10]（东汉）班固：《汉书》卷24上《食货志》。
[11]（东汉）班固：《汉书》卷99中《王莽传》。
[12]（东汉）班固：《汉书》卷99中《王莽传》。
[13]（东汉）班固：《汉书》卷99中《王莽传》。
[14]（东汉）班固：《汉书》卷99中《王莽传》。
[15]（东汉）班固：《汉书》卷98《元后传》。
[16]（东汉）班固：《汉书》卷99下《王莽传》。
[17]（东汉）班固：《汉书》卷99中《王莽传》。
[18]（东汉）班固：《汉书》卷99下《王莽传》。
[19]（东汉）班固：《汉书》卷99下《王莽传》。
[20]（东汉）班固：《汉书》卷99下《王莽传》。
[21]（东汉）班固：《汉书》卷99下《王莽传》。
[22]（东汉）班固：《汉书》卷99下《王莽传》。
[23]（南朝宋）范晔：《后汉书》卷1上《光武帝纪》。
[24]（南朝宋）范晔：《后汉书》卷1上《光武帝纪》。