在波斯人征服的地区中，叙利亚和巴勒斯坦一直被埃及人认为是自己的势力范围，而吕底亚（Lydia）和新巴比伦王国又是埃及的盟友。这些地区都被波斯人占领，这不仅使埃及陷于完全的孤立状态，而且也使埃及人感受到了波斯的强大。
波斯人入侵埃及，一方面，埃及是个有着悠久历史的、富饶的国家，这不能不使波斯人垂涎三尺。在波斯人征服巴比伦时，埃及是巴比伦人的盟友，埃及人由于短视而没有派兵去支持巴比伦人。另一方面，埃及是一个正在走下坡路的国家，波斯人觉得它是完全有可能被征服的：当时的埃及，在政治上，由于长期的君主专制统治，使统治阶级腐朽不堪，也严重束缚了人民群众的政治积极性。在军事上，由于统治阶级的残酷剥削和压迫，阶级分化十分严重，这甚至使兵员不足，所以不得不依靠雇佣军。埃及早已不是一个军事强国，这就使它成为波斯这样正处在上升时期的强国的征服目标。埃及是一个古老的文明国家，在公元前4000年代至公元前2000年代，在政治、经济、军事和文化等方面一直都是走在前列的。到公元前1000年代以后，埃及虽然在经济上似乎还很繁荣，但在政治上和军事上，已经没有了公元前2000年代后期新王国时期的那种霸气。而且，在公元前1000年代前期，埃及还遭到利比亚人、埃塞俄比亚人、亚述人的入侵。还曾败在新巴比伦王国手下，实际上它已变成了一个二等国家。在冈比西斯继居鲁士之后成为波斯国王时，统治埃及的阿马西斯国王认识到，同波斯的战争不可避免。因此，在外交上，他力图使埃及摆脱孤立状态。他同希腊萨摩斯岛的僭主波吕克拉特、北非的希腊人殖民地昔勒尼等保持了友好的联系；但在冈比西斯发动对埃及的远征时，埃及已没有盟友，原来和它结盟的新巴比伦王国已经被波斯征服，原来是埃及朋友的僭主波吕克拉特，这时候也已经投靠了波斯，他还向冈比西斯提供了一支有40艘舰船组成的舰队以进攻埃及。在国内，埃及建立了一支由希腊人组成的雇佣军。法老们依靠希腊人，给希腊商人以优惠待遇，但普通埃及人同希腊人相处得并不融洽。公元前526年，阿马西斯死去，他的继承人普萨美提克三世仅仅统治了几个月便遇到了波斯人的入侵。
冈比西斯发动侵略埃及的战争的起因只有希罗多德的一个类似于传说的说法。希罗多德书中的记载，事情的起因是冈比西斯派了一名使者到埃及去，求娶阿马西斯的女儿。但阿马西斯却把他之前的一个国王（他的名字是阿普里埃司）的女儿（她的名字是尼太提司）送给了他，而尼太提司将情况说明了后，冈比西斯十分生气，于是就率领波斯军队去远征埃及了。
波斯人的资料没有说到参加远征埃及的军队的数量有多少，也没有说有哪些民族参加了远征。但可以肯定的是，参加远征的不仅有波斯人，而且有许多被波斯人征服地区的人。希罗多德的书中说，其中有小亚细亚的希腊人（伊奥尼亚人和爱奥里斯人），如希罗多德的故乡哈利卡尔那索斯人。吕底亚原来的国王克罗伊索斯作为冈比西斯的顾问也在远征军中；据巴比伦尼亚的资料，也有巴比伦人参加了远军，一个参加远征军的巴比伦弓箭手从埃及带回来一个埃及人及其女儿；腓尼基的海军帮助波斯人运送了远征军，据希罗多德的记载，他们是自愿前来投靠波斯人的；阿拉伯人也对波斯人提供了帮助。据希罗多德的记载，一个在埃及充当雇佣兵的卡尔那索斯人帕涅司因对当时的埃及国王阿马西斯不满，因而投靠了波斯人，他向冈比西斯建议派人到阿拉伯的国王那里去，向他请教安全行军的方法，而冈比西斯听从了他的建议，找到了阿拉伯人，阿拉伯人同意帮助波斯人。双方缔结了盟约，在波斯人穿过到埃及去的沙漠地带时，阿拉伯人带着盛有水的皮囊，赶着骆驼，引导波斯人穿过了沙漠地带。由于这件事，在波斯帝国里，阿拉伯人享有同盟者的地位，而不是被征服者的臣民地位。[21]
波斯人远征埃及的第一仗是公元前525年春在埃及的东部边境城市别努西亚进行的，战斗进行得非常激烈。当时，埃及的军队主要是希腊雇佣军，虽然他们的司令官法涅斯已经投降，但这些雇佣军士兵的战斗却异常顽强，尸骸枕藉，几十年后，希罗多德到那里访问时，还能看到遍地尸骨，“在曾经进行了这场战斗的战场这里，我看到了当地人指给我的十分奇妙的现象。双方在这场战斗当中的战死者，他们的遗骨是分别地散在那里的（原来波斯人的遗骨在一个地方，而埃及人的遗骨则在另一个地方，因为两军在起初便是分开的）。”[22]这场战斗以埃及人的失败而告终。此后，波斯人对埃及的远征就比较顺利了：在别努西亚失败的埃及军队逃到了孟菲斯，埃及军队的司令官乌扎戈勒森特叛变投敌，并交出了三角洲地区的重要城市舍易斯和他所率领的海军舰队。他们还向波斯人提供了他们掌握的各种情报，如埃及人的准备情况，埃及人的工事的情况，以及应当如何绕过这些工事等。得到这些投敌者和他们提供的情报的冈比西斯的远征军，沿水陆两路**，追至孟菲斯城下。冈比西斯派人去劝降孟菲斯的守城者，但使者被杀。波军在攻下城池后，有2000埃及人被杀，以报复波斯使者之被杀。[23]不久，埃及全境都落入波斯人之手。波斯军队大概对埃及进行了大肆掠夺，在波斯的王宫中发现了大量有尼科、阿马西斯和普萨美提克等法老名字的物品。埃及被征服了，波斯成为一个地跨西亚与北非的帝国。
公元前525年8月，冈比西斯被正式宣布为埃及之王。冈比西斯不承认原先的埃及法老普萨美提克三世统治的合法性，而把自己看作阿马西斯的直接继承者，并将普萨美提克三世统治的6个月算在了自己的统治时期里，甚至有的埃及文件把冈比西斯在埃及的统治时间，提早到公元前530年，说他在埃及统治了8年（公元前530—前522）。但波斯人在进一步去征服利比亚和埃塞俄比亚时，却由于准备不足而遭到惨败。对此，希罗多德有详细的记载。[24]
当冈比西斯远征埃塞俄比亚和利比亚失败的消息传到埃及后，埃及人发动了反对波斯人的起义。这里面当然有埃及原来的统治阶级中的人在挑动，如原来的埃及国王普萨美提克三世也参与了此事。希罗多德说他“策划了不正当的行动并得到了自己的报应；原来他在埃及人中煽动暴动的时候被捉住了；而当这事传到刚比西斯那里去的时候，普撒美尼托斯便喝了牛血而立刻死掉了”[25]。希罗多德说，假如他不参加起义的话，按照波斯人的政策，有可能让他继续统治埃及。起义很快被镇压下去了。
除了远征失败以外，据希罗多德记载，冈比西斯在埃及犯下了多种罪行。[26]但现代的学者认为，古典作家对冈比西斯的指控，实际上是不存在的。例如，说冈比西斯杀死了埃及的圣牛阿匹斯，但现在已经查明，在阿马西斯第27年出生的阿匹斯圣牛，是在冈比西斯统治第6年自然死亡的，而且在该牛死后，冈比西斯曾捐赠了一口漂亮的棺材。因此，对冈比西斯的这项指控，大概是在冈比西斯死后杜撰出来的。
初时，冈比西斯也像居鲁士一样，以波斯和埃及联合的形式对埃及进行统治。他按埃及的习惯加冕，称自己为“埃及之王，各国之王”，并用“拉（神）、荷鲁斯（神）、奥西里斯（神）的后裔”的称号。公元前525年8月底，冈比西斯被承认为埃及之王。从这时候起，埃及进入了波斯人统治的第27王朝时期。公元前522年，波斯本土发生高墨达暴动时，埃及也发生了暴动，反对波斯人的统治，这在大流士的《贝希斯敦铭文》中有所反映：“当我在巴比伦的时候，下列诸省叛离了我：波斯、依蓝、米底、亚述、埃及、帕提亚、马尔吉安那、沙塔吉地亚、斯基泰。”高墨达暴动历时约7个月（从3月到9月），后高墨达被大流士等7个贵族杀死，暴动被镇压，大流士上台当上了波斯帝国的国王。他镇压了各地反对波斯人统治的起义和暴动。埃及的暴动也被镇压，但暴动和镇压暴动的情况则均未曾细说，因此，我们一无所知。被冈比西斯任命管理埃及的阿律安戴斯镇压过利比亚人的起义，但在镇压高墨达暴动期间的埃及起义方面大概未起什么作用。据希罗多德说，由于他铸造了成色十足的银币和谋叛而被大流士处死。[27]此后，埃及被降为波斯帝国的一个行省，由波斯总督统治。大流士曾在公元前518年夏末到过埃及，住在孟菲斯，在埃及有不少有关大流士的铭文。可能正是在这时他处死了阿律安戴斯，并任命费伦达特为埃及总督。在统治埃及期间，大流士命令修建了从尼罗河至红海的运河。这使埃及可从海路直达波斯。在大流士的一个用古埃及的象形文字、古波斯语、埃兰语、阿卡德语的楔形文字写成的石碑铭文中，叙述了这条运河的修建，说：“我是波斯人，我从波斯征服了埃及。我命令从经埃及，直至从波斯延伸出来的海的皮朗河（尼罗河）起开凿这条运河，而后，像我命令的那样，这条运河被开凿出来了。船舶也从埃及经由这条运河来到了波斯，因为这是我的意志。”[28]
波斯人统治埃及的期间，派有军队驻守埃及，如在南部埃及的埃烈芳提那就驻有由犹太人组成的军队，作为统治和镇压埃及人起义的工具。这些驻防军在此安家落户，生儿育女，被分给土地作为报酬（这些犹太殖民者的使命大约在第29王朝时期结束，那时埃及由出自中部三角洲的门德斯城的涅菲利特统治）。
一些埃及官吏和贵族投靠了波斯人，成为波斯人的代理人，原埃及海军司令乌扎戈列森特就是最典型的代表。他在波斯人入侵时，没有下令舰队同敌人进行战斗，而是把首都舍易斯和自己的舰队交给了波斯人。在波斯人统治时期，他仍然担任高官和神庙的高级祭司，成为波斯人统治埃及的顾问。还有很多埃及官吏在波斯人统治时期继续担任官职。不过，埃及人不可能担任总督这样的高级官吏，而只能担任相对较低级的官吏，如州长等。
波斯人还大肆掠夺埃及人的土地，把它们分配给波斯人和波斯在埃及的驻军。波斯的贵族们在埃及和其他被征服地区抢占了大量土地。例如，波斯王子、埃及总督阿尔沙马，他在从埃及到苏撒的沿途有多处地产。在他的一封致他的埃及等地地产管理人的信中就说到多处地产：“阿尔沙马致……地方的管理人马尔都克、纳西尔地方的管理人纳布·达拉毕，阿尔祖辛地方的管理人扎托西，阿尔贝拉地方的管理人乌巴斯塔巴拉，沙拉姆地方的管理人哈尔初、马特·阿勒·乌巴什和巴迦法尔纳，大马士革地方的管理人弗拉达法尔纳和迦瓦扎纳。信的内容如下：纳赫特·荷鲁斯，我的管理人前往埃及。望你从你所在地区的属于我的财产的粮食中，每天给他2单位白面粉、3单位低等面粉、2单位葡萄酒或啤酒，以及1只牡羊。而给他的10个仆从，每天1单位面粉（和）相应的马的干草，并给两个基里基亚人（以及）1个手工匠——共3人——还有我的一个奴隶（他们与他同行前往埃及），每人每天1单位面粉。”[29]
波斯人还利用各种机会兼并埃及人的土地。例如，这个阿尔沙马在给纳赫特·荷鲁斯的另一封信中讲到，在公元前462年，埃及发生了反对波斯人的起义。在起义过程中，一个名叫贝特·奥西里的山林看守员家的份地就被阿尔沙马的下属强占了。后来，此人向阿尔沙马投诉，要求把这块土地还给他。据阿尔沙马给自己在埃及的监察员的来信，另一位波斯王子瓦洛希也在埃及占有土地。瓦洛希给阿尔沙马在埃及的监察员的信中也谈及此事。不过，瓦洛希似乎不像阿尔沙马那样幸运，因为从信件中人们知道，他在埃及的地产管理人常常不把地产上的收入给他送去，以致他不得不求助于阿尔沙马及其在埃及的地产管理人和监察员纳赫特·荷鲁斯。这些波斯贵族霸占大量土地，却并不自己经营。他们住在远离埃及的巴比伦、苏撒等地，成为外在地主，而让当地的人为他们经管，为他们劳动。他们只管剥削，而不管经营。
波斯人把埃及的手工业者掳掠到波斯去从事建筑劳动。戴奥多洛斯说，波斯人带走了埃及的手工业者，目的是让他们去修建帕塞波里斯、苏撒和米底的王宫。[30]大流士在一个铭文中也说到利用各被征服地区的物资，并利用包括埃及人在内的各被征服地区的人作为劳动力修建王宫的事：“这就是我在苏撒建造的王宫。王宫的装饰品是从远方运来的。……加工黄金的金制品是由米底人和埃及人制作的。制作……的是吕底亚人和埃及人。制砖的人是巴比伦人。装饰城墙的人是米底人和埃及人。”[31]
波斯贵族还把埃及人变成格尔达（按：关于格尔达的地位问题，有不同看法，有的学者认为他们是奴隶，有的学者则认为他们是非奴隶的依附民）。例如，阿尔沙马在一份信中说到要把埃及的手工业者变成自己的格尔达，给他们打上烙印。从格尔达被打上烙印的情况看，格尔达似乎应当看作是奴隶。
波斯人向埃及人征收沉重的赋税。大流世上台后，规定了各被征服地必须缴纳的税额，其中埃及要缴纳700塔兰特白银（1塔兰特约合26千克）。此外，还要缴纳实物税。例如，希罗多德就说，埃及除缴纳白银外，还要缴纳渔税，“对居住在孟菲斯的‘白城’的波斯人和他们的佣兵要配给十二万美狄姆诺斯的谷物。”[32]（1美狄姆诺斯约合52。53千克）埃及还有一个城市名叫安提拉，据希罗多德说，这是个有名的城市：“它是专门指定为统治埃及的国王的王后供应鞋子的。自从埃及被波斯人征服以来，事情一直是这样的。”[33]
波斯人在埃及的统治，先是所谓第27王朝（公元前524—前404）。公元前404年埃及又争取独立，经历了第28（公元前404—前399）、第29（公元前399—前380）和第30（公元前380—前343）三个王朝。公元前343年波斯人再度征服埃及，建立第31王朝（公元前343—前332）。
波斯人把埃及作为帝国的一个行省，每年要埃及向它缴纳大量的贡赋。波斯贵族把大批肥沃的土地据为己有，于是在埃及形成了许多属于波斯奴隶主的、由格尔达（或库尔塔什）劳动的大地产。这些波斯奴隶主贵族并不住在这些地产上，而是住在埃及或两河流域的大城市里，吮吸着埃及劳动人民的膏血。
波斯奴隶主贵族的野蛮统治和残酷剥削，在埃及引起了一次又一次的反对波斯人统治的斗争。还在冈比西斯刚征服埃及继而向利比亚进军时，埃及人民便起而反抗，在所谓高墨塔暴动以后，埃及又掀起了反波斯的起义。
公元前486年，在大流士因马拉松战役失败，并准备对希腊进行报复的战争时，埃及发生了**。据埃及官吏赫努麦马赫特从埃烈芳提那送给波斯帝国驻埃及总督费伦达特的信中提供的信息，一个名叫奥索尔康的人命令赫努麦马赫特带上埃烈芳提那岛上的犹太驻防军的波斯司令官阿尔塔邦前往埃塞俄比亚，以便从那里用船运输谷物。但运来的谷物卸在河岸后，却被起义者抢走了。因此，奥索尔康要求费伦特命令阿尔塔邦对船队进行监护，把卸在岸上的谷物尽数运到埃烈芳提那的西耶恩城（今阿斯旺）。这年10月，**转变成起义，11月，大流士死了。据出自科普托斯的一个铭文记载，继承了王位的薛西斯在公元前484年镇压了起义，并对起义者进行了残酷的报复。希罗多德也说，薛西斯在大流士死后第2年，就向背叛者进军了，他征服了埃及人并使埃及人受到比在大流士的时代要苦得多的奴役，他把统治权交给了大流士的一个儿子，他的亲兄弟阿凯美涅斯（阿赫明纳），让他担任了埃及总督，以代替费伦达特。[34]从很多神庙的财产被没收，以及神庙祭司把薛西斯称作恶魔等情况看，可能一些神庙的祭司也卷入了这次起义。
公元前460—前455年，埃及发生了新的起义。关于起义的情况，在希罗多德、修昔底德、克特西乌斯和戴奥多罗斯等人的著作中都或多或少有所反映。在这次起义中，总督阿赫明纳被杀。希罗多德说：“在阿凯美涅斯担任埃及太守的时候，他却被一个利比亚人、普撒美提科斯的儿子伊纳罗司杀死了。”[35]修昔底德说：“埃及边界上的利比亚国王萨美提卡斯的儿子伊那罗斯在腓罗斯岛之南一个市镇美里亚，发动了几乎整个埃及的暴动，脱离波斯国王阿塔薛西斯而独立”，起义者还寻求雅典的支援，这时候“正碰着雅典人率领他们自己的和同盟国的船舰二百条，准备远征塞浦路斯岛；他们放弃了这个远征，来到埃及，由海道入口，溯尼罗河而上。他们控制了尼罗河和孟菲斯城的三分之二，于是他们企图攻下其余的三分之一，那个地方叫做白塞，那些逃走了的波斯人和米底人以及没有参加暴动的埃及人都住在那里”。[36]
起义者的领袖是伊那罗斯和阿米尔提。起义者赶走了波斯的贡赋征收人，控制了三角洲地区，并向河谷地区推进。总督阿赫明纳调动了一支相当大的军队来镇压起义，但在公元前460年的一次大会战中却遭到惨重的失败。阿赫明纳就是在这次会战中被杀的。在雅典人的帮助下，起义者对孟菲斯围攻了一年多，雅典人遭到重大损失，但始终未能攻下该城。后来，波斯国王阿塔薛西斯派河外省的总督麦加比兹前去镇压起义，伊那罗斯同自己的部分起义者、雅典人一起逃到了三角洲西部的普罗索比提岛上。在那里，公元前454年，他们被波斯人包围。半年后，伊那罗斯同部分支持者，还有部分雅典人投降，部分雅典人突围到了昔勒尼。赶来援助起义者的一支雅典舰队被波斯人消灭。只有阿米尔提率领的一支起义者队伍在三角洲西部的沼泽地带隐蔽了下来，未被消灭，仍坚持战斗，但影响已不很大。波斯人巩固了自己在埃及的统治。大流士之孙阿尔沙马被任命为埃及总督。
公元前4世纪末，对波斯帝国来说，是一个多事的时期。希腊的伯罗奔尼撒战争（公元前431—前404）给了波斯人一个很好的发展机会，可以加强对希腊的影响，可以加强对帝国内各被征服民族的控制。但是，在此时执掌政权的大流士二世和波斯统治集团却未能把握好这个机会，波斯的宫廷倾轧和阴谋不断，这削弱了帝国的实力，转移了人们的注意力，特别是那时正是埃及发生阿米尔提二世起义的时候。波斯帝国内部的这些矛盾和内耗，对起义的发展是很有利的。
阿米尔提二世大概是前述阿米尔提的孙子，起义发生于哪一年还不能确定，可能是在公元前405年。在起义发生前，在埃及南部的埃烈芳提那已发生**，摧毁了犹太军事殖民者的神庙。在公元前404年时，起义者已占领了下埃及，到公元前400年又把上埃及控制到了自己手中。据阿拉美亚纸草文献（AP35），这时候在埃及的犹太殖民者也转到了起义者一边。阿布洛科姆率领的波斯驻守叙利亚的军队准备去镇压起义，但小亚细亚发生的小居鲁士叛乱打乱了他们的计划，阿布洛科姆不得不去帮助国王对付小居鲁士，这给了埃及的起义者很好的机会以发展自己。他们甚至将军事行动扩展到了叙利亚。波斯人在埃及的统治暂时中断了。阿米尔提二世建立了第28王朝，首都舍易斯。
据曼涅托提供的资料，第28王朝只有阿米尔提二世一个国王，他统治了6年（公元前404—前399）后被推翻，取代他统治的是出自中部三角洲门德斯城的涅菲利特。他试图同斯巴达结盟，公元前395年，他曾派了一支舰队到罗得斯岛的斯巴达舰队那里去，但却落入雅典人手中。过了两年，即到公元前393年，涅菲利特之子阿荷利斯即位为王。一方面，他注重国内经济的发展，加强军事力量（主要是利用希腊雇佣军）；另一方面，同雅典、塞浦路斯岛上的艾瓦尔戈、小亚细亚的比西狄人和部分阿拉伯人等结成同盟，反对波斯的统治。还支持腓尼基和小亚细亚的基里基亚反对波斯人的斗争。公元前385—前383年，波斯人对阿荷利斯发动了大规模的军事进攻，但遭失败。阿荷利斯一直统治到公元前382年。他死后，他的儿子普撒姆提克只统治了一年。而后上台的涅菲利特二世也只统治了几个月，又被出自三角洲的舍百尼塔地方的涅克塔涅布夺取了政权，他建立了第30王朝。公元前373年，波斯军队在法尔纳巴兹的率领下，向埃及发动进攻，他的舰队在尼罗河口登陆后，大肆进行抢劫，并对居民进行屠杀或将他们卖为奴隶。此后，又向孟菲斯推进，但这次波斯人又遭失败。后来，埃及内部发生内讧，严重地削弱了自己的实力。公元前343年，终于被波斯人重新占领。此后波斯在埃及统治直到公元前332年，马其顿亚历山大帝国占领埃及。