将全国的庙宇、寺院、祠堂，一律改做学校。
精简机构，裁撤冗员。
设立“制度局”，所谓制度局，说它是新型政府也不为过。
光绪皇帝背着慈禧推行他的维新变法，自然让这位揽权如命的老太后恼火加愤恨。光绪十六年，慈禧退避颐和园，一副悠然自得的样子，不问政事，实际上光绪皇帝总得向她请安，军国大事必向她汇报，等她点头。如今光绪皇帝擅自推新法，慈禧岂肯袖手旁观？她比光绪政治经验丰富，搞阴谋诡计更高一筹。先玩一手“釜底抽薪”，将“帝党”首要人物翁同穌驱除光绪皇帝左右，打发回了家；然后“掺沙子”，重用刚毅，将亲信荣禄提升为直隶总督，王文韶进入军机，掌控了京畿地区的军队和行政实权。看你光绪皇帝怎么办？有令行不通，有法没处使，变革将成为纸上谈兵。
双方僵持了两个多月，似乎都在观察对方的动静。
光绪帝焦灼的心情不难理解，他的指示发不下去，他的变法推行不了，中间的障碍必须清除。他先革掉了礼部尚书怀塔布等六名堂官，又罢免了李鸿章的总理衙门大臣的职务，继而把江苏候补知府谭嗣同、内阁侍读杨锐、内阁中书林旭、刑部主事刘光第弄到身边，破格提拔为军机处章京。章京名义上是秘书，帮助皇帝阅奏章、起草文件，其实带行军机的使命，形成新的政治中枢。光绪皇帝利用这些维新派骨干组成核心力量，一边外联康、梁，内外通气推行变法大举。
这会儿，慈禧坐不住了。光绪组成新班子，那是想把皇权夺了过去。是可忍，孰不可忍？她要出手了，此一出手，又一次带血的政变。
在天津，刚升为直隶总督兼北洋通商大臣的荣禄如同热锅上的蚂蚁一般坐卧不宁。光绪帝一口气罢免了礼部六名堂官的职务，李鸿章的官说免就免了，同样的厄运会不会降临到自己头上？他与庆亲王奕劻、御史杨崇伊等人密谋，向慈禧献计搞政变、废皇帝。被革的礼部尚书怀塔布一伙秘密跑到天津，调集军队以备不测。
光绪这边也没闲着，他几次召见袁世凯，表示一种信任，主要因为袁世凯掌握着新编陆军。军队在政治斗争中起到决定性作用。
微妙时刻，一个传言加速了帝、后双方的最后摊牌：有人说慈禧将利用天津阅兵的机会，除掉光绪皇帝。慈禧曾当面怒斥光绪的时候，扬言要换掉他，就加重了传言的可信性。光绪皇帝慌神了，慈禧的凶狠他早就领教过了，非但变法不成，恐怕他的皇位也在所难保。软弱的光绪皇帝赶忙写了密诏，问计康有为等人怎么办。谭嗣同拿着密诏去找袁世凯，希望他能站出来挽救危局。谭嗣同交代得很清楚，他要袁世凯出兵保护光绪皇帝，包围颐和园扣住慈禧，然后杀掉荣禄，清除刚毅、怀塔布等守旧分子。
像大家知道的那样，袁世凯经过反复地权衡利弊，觉得投靠慈禧那一拨儿靠谱儿，遂向荣禄告了密。对内斗经验最丰富、手段最狠辣的慈禧出手了，她秘密地从颐和园潜回紫禁城，发动对乱党的通缉。慈禧给变法人士扣上的罪名是，谋围颐和园，劫制太后，陷害朕躬。
康有为早些时候知道风声紧了，离开北京乘船至烟台，后转道去了香港。梁启超事先得到慈禧捉拿变法人士的消息，到日本公使馆躲起来，后坐日本兵船去了日本。谭嗣同也有逃离危险的机会，可他不想那么做，于是坐等清兵来捉拿。谭嗣同愿以自己的鲜血来唤醒民众良知。
1898年9月25日，谭嗣同、康有溥、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第等戊戌六君子被绑赴北京菜市口问斩。临刑前，谭嗣同大呼——
有心杀贼，
无力回天。
死得其所，
快哉，快哉！
戊戌变法连累到一批官员，慈禧趁机将这些“异己分子”扫地出门，有的被革职，有的进了大狱，有的被发配充军。
光绪皇帝的下场可想而知，慈禧把他囚禁在瀛台，一直到死。
慈禧扼杀了这次短命的改革，囚禁光绪后，自己开始新一轮的垂帘“训政”。可怜的中国又在这位垂老的女人手中等着没落。