一统台湾并设立政府
在台湾问题上，康熙一直坚持：“主权领土是涉及国家大利害的问题，在这个问题上，必须寸土必争，不容有丝毫让步。”因此，在是否留守台湾这个问题上，康熙目光长远，坚持抵制放弃台湾的声音，在台湾设立府县，建立长期驻军的制度，这对于祖国统一和台湾的发展有着深远的影响。
康熙十九年（1680年）郑经返台后，纵情酒色，怠闻军政，将台湾事务均委与长子郑克臧与大臣陈永华。康熙二十年（1681年）三月十七日，郑经于台湾承天府去世，终年40岁。
郑经死后，由长子郑克臧继位，郑克臧知书达礼，是一个合格的接班人，而且早在康熙十八年（1679年），郑经率师西征时，就留他奉命监国，由其岳父陈永华辅政。
但随后，郑氏集团内部再次发生内乱，冯锡范、刘国轩发动政变，郑克臧被杀，年仅十二岁的郑克塽被拥立继位，政权内部人心不稳，冯锡范为了立威，准备杀人，军中上下都打算向大清投诚，这样一来，整个郑氏集团已经是摇摇欲坠了。
此时，姚启圣立即上疏朝廷，建议趁机攻取台湾，康熙立即召开朝廷内部会议，商议具体策略，李光地举荐施琅重新担任福建水师提督，因为施琅精通水上情形，且富有战略思想，整个郑氏集团听到其名都闻风丧胆，姚启圣更是一再举荐，而施琅曾经在四大臣辅政时期所上的《尽陈所见疏》此时也被重新提上日程。
从施琅的自身条件来看，他的确是攻台清军主将的合适人选。首先，施琅生长在海边，自幼随父从事海上贸易活动，精通航海，对海疆的气候、地理等方面的情况了如指掌，施琅从军后，转战东南沿海，有丰富的海战经验。其次，施琅通晓兵法、战阵，并一贯主张以武力统一台湾，所以多年来精心谋划对台用兵方略，提出“因剿寓抚”的战略方针及一整套实施方案，不但周密完备，而且是切实可行的。再次，施琅是从郑氏阵营中反叛出来的，他熟悉台湾郑氏集团内情，他的智勇韬略也一向为郑军官兵所畏惧，他在郑氏集团中的故旧很多，为他争取内应和进行情报工作提供了便利条件。最后，施琅不但是武力统一的坚决拥护者，而且对统一充满信心。
然而，在这一问题上，施琅并没有立即答应下来，而是对康熙说：“收复台湾，是我们大家的夙愿，皇上英明，我也想略尽自己绵薄之力，但我是汉人，又是投降过来的，我的处境恐怕要辜负您的厚望，再说，自从我朝建立起来，每次出征，都是满族王公贵族挂帅。”
康熙语重心长地说：“你的顾虑和难处我能理解，你不要担心，我让你挂帅，不是一时兴起，而是经过深思熟虑的，虽然满族的文武大臣很多，但是说到水战经验，没有一个人比得上你，十三年前，你提出的建议很好，我就知道你有把握，我也了解你，听说你一有时间，就阅读史书和兵书，经验丰富……”
“是的，因为我想成为一个有文武才干的有用之人。”
康熙听到施琅这么说，便点头道：“这就对了，你平时就是一个很努力的人，刚才你说到身份的问题，在我这，我只任人唯才，我不计较这个人的身份是汉人还是投降过来的人，只要是有才干的，我都会重用，以前的王辅臣，几次三番叛变又投降，我都没计较，而汉族的将领赵良栋、张勇等人，我也是论功行赏，对于勒尔锦，我也是犯了错就惩罚。”
施琅大为感动：“既然皇上如此信任微臣，我就是战死沙场，也虽死无憾了，收复台湾，从国家来说，是一项伟大的事业，从我自身角度看，我的父亲和弟弟都被郑成功杀害，我怎能不尽力？不过，请皇上放心，战场上我不会计较个人私仇，会以国家利益为重的。”
“那我等你凯旋。”
于是，施琅终于复任福建水师提督之职，加太子少保衔。施琅还请求专征之权，总督和巡抚只负责后勤给养，不必干预军务，但是这一点被否决了，施琅明白朝廷还对自己心存疑心，万一有人打自己的小报告，自己跳进黄河也洗不清了，所以他请求皇帝能让身边的侍卫吴启爵陪同自己一起前往台湾战场，这样，皇帝便放心了。
但是他的这一提议又被兵部否决了，他们的意见是，如果皇帝身边的侍卫都能发号施令，这与当年派太监监军有何区别，如此很容易造成军机贻误，但是康熙能明白施琅的用意，所以极力为施琅说：“一个小小的侍卫，在京城对于我来说也没什么用，到了台湾，还可以通消息，就按照施琅的想法做吧。”
于是，康熙为施琅设宴饯行。1681年，施琅赴福建。回到厦门后，便夜以继日、废寝忘食，一边整船，一边练兵，兼工制造器械，亲自挑选工匠和船，历时数月，使原来全无头绪的水师船坚兵练，事事全备。
但就在即将进兵的时候，施琅和姚启圣针对如何攻取台湾的问题发生了分歧，这主要表现在：
第一是在台湾和澎湖两个地方，到底先攻取哪个。姚启圣认为他可以与施琅各率一支船队，同时攻打，一旦拿下台湾，澎湖就手到擒来了。
施琅的意见则相反，他认为只要拿下澎湖，就抓住了要塞，他说：“郑军中当属刘国轩最为骁勇善战，如果刘国轩被我们打败。那么台湾就能不战而降。”在他看来，即使集中兵力也难以取舍，更别说分路攻击了。一起攻击，如果其中一路失败，另外一路也会受到影响而导致整个战局失败。
第二是如何利用风向的问题。姚启圣认为可以利用北风，而施琅则认为，北风猛烈，规律难以掌握，南风温和，将士们不会晕船，而且在风的上风流，更容易取胜。
二人在这一问题上各执己见、互不退让，这种情况下，施琅给康熙递了一份奏折，希望康熙能给自己专职之权。
对于海战，康熙并不熟悉，所以也不好拿主意，所以他召来议政王大臣进行商议，在听取他们的意见时，武英殿大学士明珠认为，一人带兵进剿，可得行其志，而两人一同领军，未免会彼此掣肘，有诸多不便，所以只需要施琅一人前去便可。
明珠是首辅大臣，他的话大家都很认同，康熙也同意，于是就改变了原来合兵进取的办法，决定让施琅独立专任，并相机而动，让总督和巡抚只负责运送粮饷，不干涉带兵打仗的事。
台湾方面，早在康熙二十年（1681年）的农历九月，当时康熙让施琅担任福建提督的消息传到郑氏家族内部的时候，他们就惶恐不安了，他们知道施琅的能耐，但此时，他们一时搞不清楚清军的意图，所以对于如何防御，也就找不到突破口了。可巧这时破获了两名要员给姚启圣的一封密信，写有“澎湖无备，可速督兵前来，一鼓可得。若得澎湖，台湾即虚，便将起兵相应”的内容。如此，郑氏集团才在澎湖的防守上加了重兵。
郑克命刘国轩为正总督，统管水路两军，将士达两万余人，战船二百余艘，自副将以下，都有先斩后奏的权力，又命令征北将军曾瑞、定北将军王顺为副，共守澎湖。
康熙二十一年十月，康熙给施琅的专征台湾的命令才收到，彼时的施琅集结了各路总兵在海上进行操练。