白彦虎见湘军两路人马来袭，自知不敌，西逃库车。
刘锦棠亲率精兵两千五百人跟踪追击，罗长佑带领湘军大队人马随后前进，三天三夜前进八百里，在轮台击败白彦虎溃军，赶到库车城外时，又毙敌一千多人。几天以后，湘军又在木扎提河追上白彦虎，双方激战，白彦虎不敌，逃往阿克苏。
当地人不让白彦虎进城，白彦虎迫不得已从乌什县逃往喀什，其他人马则分别逃向叶尔羌（今莎车）。
刘锦棠命令湘军进攻叶尔羌，数日以后，湘军占领英吉沙尔，董福祥占领和阗。一个月时间，湘军驰驱两千里，夺取南疆西四城。伯克胡里的内部分裂，和阗头目尼牙斯投降湘军。
喀什守备何步云反正，占据了喀什汉城，伯克胡里组织人马反扑，何步云向刘锦棠求救。刘锦棠命令余虎恩率两千五百人马从巴楚、玛纳尔巴什方向进攻喀什，黄万鹏率四千五百人马取道布鲁特，进攻喀什，两支人马一起前去支援何步云，自己居中策应。
伯克胡里、白彦虎很快被湘军击败，两人无路可逃，分别率领残兵败将逃往俄国。除伊犁以外，湘军收复新疆全部领土。
捷报传到酒泉大营，左宗棠说刘锦棠筹划周到，反应神速，古今未有，湘军西行五千里，飞过瀚海，自秋至冬，收复新疆，足以彪炳史册。
刘锦棠因功被朝廷封为二等男爵，太常寺卿，通政使司通政使。
再说俄国人赖在伊犁不走，朝廷要求俄国履行诺言，交还伊犁。俄国装聋作哑，左宗棠派人警告俄国，要求他们退出伊犁，俄国人置之不理。左宗棠看破了俄国的狼子野心，积极备战。
金顺奉左宗棠命令派提督殷华亭到达伊犁，俄国军官科尔帕科夫斯基将殷华亭阻在伊犁境外，不准他踏入伊犁半步。殷华亭将情况反映给金顺，金顺请示左宗棠。
光绪六年二月，柳条吐芽，左宗棠在酒泉收到军报，他又制订了三路作战计划：
东路由伊犁将军金顺率领一万人马作为前锋，金运昌率骑兵两千人马作为援兵，驻精河，防止俄军东犯；中路由张曜率领五千人马，从塔里木盆地西北边缘的阿克苏进军伊犁；西路刘锦棠率领一万人马，从天山南麓阿克苏地区西部的乌什县进攻伊犁。
俄国当时正在与土耳其发生战争，见新疆局势突变，一边派军舰到渤海游弋，一边增兵伊犁，左宗棠不为所动。俄国人知道这个湖南人能征善战，很难对付，同意谈判。
朝廷派崇厚出使俄国，崇厚答应俄国的要求，通商、割地、赔款，消息一出，引起全国公愤。
四月，祁连山的冰雪开始融化，六十八岁的左宗棠命士兵抬着一具棺材，放在马车上，离开酒泉，率军西征。左宗棠进入新疆哈密大营，表示要“誓与俄人决一死战”！哈密老百姓听说左大帅到来，扶老携幼前来观看。
左宗棠激励将士说：“不收复伊犁，就不活着返回玉门关。虽贫杜甫还诗伯，纵老廉颇是将才。为了国家的统一，我愿意战死伊犁！”士卒听后非常感动，愿意随左宗棠一起死战。
左宗棠在新疆积极备战，俄国人没敢轻举妄动。李鸿章为了解决眼前的困境，请老朋友戈登来帮助自己。
戈登因为镇压太平天国有功，一直被朝廷看重。接到李鸿章来信，他不远万里从英国来到北京，受到李鸿章的热情接待。
戈登到总理衙门游说奕譞，问：“中俄开战，皇帝能稳坐京师吗？”
奕譞沉思有顷，答道：“俄国人不管是从海上，还是从陆地上过来，皇上在北京都稳如泰山。山海关、大沽口由湘军宿将防守，俄国人进不了京师。”
戈登哈哈大笑，然后又问：“俄国人从大清背后攻击山海关、大沽，京师还能守得住吗？”
奕譞不吭声了，戈登又说：“北京守不住，皇帝还能够去东北？既然东北和北京不能待，只好去西安、洛阳、开封了。”
奕譞越听越不是滋味，戈登见状，便离开了。
俄国人知道湘军能战，同意与清廷谈判。清廷命曾国藩的儿子曾纪泽出使俄国。
左宗棠接到命令，命令军队停止进攻。
过了几天，朝廷又下旨召左宗棠到军机处任军机大臣；杨昌濬担任陕甘总督，与刘锦棠一起办理新疆善后事宜。
左宗棠接旨后悲愤万分。
秋风刮起白云飞，草木枯黄雁南归。
左宗棠率大军从嘉峪关东撤，见河西地区黄沙飞扬，赤地如剥，秃山千里，命士卒在河西走廊沿途种柳。几年后绿树成林，人称“左公柳”。
杨昌濬以左公柳为题，赋诗《恭诵左公西行甘棠》一首，正是：
大将筹边尚未还，湖湘弟子满天山。
新栽杨柳三千里，引得春风度玉关。
不知新疆局势如何，请听下回分解。