[32] 《清代农民战争史资料选编》第一册（下），第三三二至三三三页；同件又见《郑成功档案史料选辑》第九至十一页。
[33] 鲁监国自绍兴出海后曾停泊于舟山，诸书记载基本一致，黄斌卿不愿接纳也是事实。但是，朱以海在舟山停留了多长时间，各种史籍记载差异较大。有的书记载鲁监国舟至舟山，黄斌卿不纳，即南航，似乎没有在舟山停留过。李聿求《鲁之春秋》卷一记，七月“初七日，定西将军张名振具舟迎监国航海至舟山，黄斌卿不纳”。下文说，八月“监国次普陀”，十月“永胜伯郑彩帅师奉监国入闽”。查继佐《国寿录》卷三《黄铣传》记：“丙戌鲁事败，王东入海，初依肃虏伯王（黄）斌卿舟山，继为建国公郑?（彩）迎去。”《舟山纪略》记：“王至舟山，威虏伯黄斌卿拒不纳……王舟次普陀”；下文说到顺治四年（1647）五月，清吴淞提督吴胜兆反清时，派使者向舟山的黄斌卿、张名振请求支援，“时王驻玉环山，名振奏请给敕印三百道”。见《明季史料丛书》。可见，黄斌卿不纳是指他不让鲁监国朱以海进入舟山城，朱以海和随从官员兵将曾在舟山群岛的普陀山等地暂住。
[35] 黄宗羲《海上恸哭记》。
[36] 李聿求《鲁之春秋》卷二。
[37] 明军收复建宁一带地区主要根据顺治四年十一月浙江福建总督张存仁揭帖，见《明清史料》甲编，第三本，第二一○页；同书第三本第二四六页顺治六年四月御史霍达揭帖所记相同外，还提及府同知沈梦鲸中箭身亡，分巡建南道顾礽、建安知县李之琦先后“孑身逃遁”。参见康熙二十三年《福建通志》卷六十三《杂记》。查继佐《国寿录》卷三《王祁传》记攻克建宁为七月初二日，稍误。
[38] 顺治四年八月浙江福建总督张存仁揭帖，见《明清史料》丁编，第一本，第十一页。
[39] 黄宗羲《行朝录》卷四《鲁王监国纪年下》。
[40] 查继佐《鲁春秋》记：丁亥（1647）十月，鲁监国“晋刘中藻总制兵部尚书。不受。……中藻，字荐叔，福安人，崇祯庚辰（十三年）进士，授行人司行人，国变归。唐主立福京，擢兵科给事中，腾唐诏（指奉隆武帝命往浙东颁诏鲁监国官员），鲁江上文武皆从中藻表唐。闽事败，中藻走海上，以延平不终之耗未的，奋复诸城，将待后命”。就是说，刘中藻对隆武帝遇难的消息不清楚，不愿接受鲁监国的官职。
[41] 顺治八年四月初七日刑部尚书韩代等题本，见《明清史料》己编，第一本，第八十七页。按，此件中称王祁为“东路贼首王公哲”。王公哲即王祁字拱哲的误写。查继佐《鲁春秋》记：“秋七月，僧王祁以郧西王朱常湖起兵破建宁守之。总兵曹大镐先登，并下寿宁、政和二县，桂主封祁郧国公。”下注：“王祁，字拱哲，太仓王氏奴也。乙酉不肯剃发，去为僧。鲁败，入闽，栖建宁之大中寺。”后与郧西王朱常湖相遇，起义于建宁。“祁以王常湖主兵，而身为国师。”“荆国（指荆国公方国安）故标曹大镐者以兵来会，守精，北师攻围数月辄不利去。”李聿求《鲁之春秋》卷二记，顺治四年二月“进王祁为郧国公、张名振定西侯”。王祁自称国师，郧国公封爵为鲁监国所授，查继佐云“桂王（永历）封祁郧国公”，误。
[42] 顺治八年四月初七日刑部尚书韩代等题本，见《明清史料》己编，第一本，第八十七至八十八页。按，黄宗羲《行朝录》卷四记鲁监国二年（1647）十月，“大学士刘中藻起兵福安，攻福宁州，将破。其帅涂登华欲降，第谓人曰：‘岂有海上天子、船中相公？’钱肃乐致书谓：‘将军独不闻有宋末年，二王不在海上，文、陆不在舟中乎？后世卒以正统归之，而况不为宋末者乎！今将军死守孤城，以言乎忠义，则非其主也；以言乎保身，则非其策也。依沸鼎以称安，巢危林而自得，计之左矣！’登华得书，遂降。”刘中藻等攻克福宁州在1648年四月初五，黄宗羲曾在鲁监国政权中任职，何至于误于1647年十月，具体情节亦不合。
[44] 林佳矶《闽记》，见抄本《明季稗史》第三种。
[46] 黄宗羲《海外恸哭记》云“三府州二十七县”；他的另一部著作《行朝录》卷四《鲁王监国·纪年下》记载为“三府一州十七县”。按，顺治六年七月靖南将军陈泰等题本说：“福建所属二府一州二十九县及漳州赤美、云澳曾为贼攻陷。”下文又说，“官兵收复二府一州二十九县及云澳镇，且进驻毕。赤美轰毁，我兵退回福安，于福州候旨。”见《郑成功满文档案史料选译》第二页。可证二十七县的说法比较准确。三府一州指福州府、建宁府、兴化府和福宁州，但福州府城（即省会）始终没有攻下。
[47] 海外散人《榕城纪闻》。
[48] 顺治五年四月二十一日浙江福建总督陈锦“为闽省遍地皆贼，城野焚掠皆空”奏本，见《明清史料》丁编，第一本，第二十页。
[49] 黄宗羲《行朝录》卷四《鲁王监国·纪年下》。
[50] 查继佐《国寿录》卷三《黄铣传》。
[51] 顺治五年四月闽浙总督陈锦“为详议剿抚机宜”等事揭帖，见《明清史料》丁编，第一本，第二十二页。
[52] 查继佐《国寿录》卷三《黄铣传》。
[53] 任光复《航海遗闻》。
[54] 任光复《航海遗闻》。
[55] 查继佐《鲁春秋》。
[56] 黄宗羲《行朝录》。查继佐《鲁春秋》记戊子（顺治五年）“五月，大学士吏部尚书钱肃乐卒。……肃乐居琅琦山，以建国彩跋扈内残，鲁事不办，积咽不食，病剧，猝闻连江事败，以头触床几碎，遂卒”。未提及刘中藻事。
[57] 《清世祖实录》卷三十五、卷三十九。顺治五年八月浙闽总督陈锦奏疏，见《郑成功档案史料选编》第十二页。
[58] 查继佐《鲁春秋》，下注：“时成功绸缪漳泉，不与建国彩通呼吸，于建宁之役益远不及左右。”
[59] 查继佐《鲁春秋》。
[60] 顺治五年四月浙江福建总督陈锦“为捷报克复建宁仰慰圣怀事”揭帖，见《明清史料》丁编，第一本，第二十三页。
[61] 顺治六年正月初三日浙江福建总督陈锦揭帖，见《明清史料》丁编，第一本，第二十七页。
[62] 刘中藻兵败自杀事在文献记载中有较大差异。顺治四年十一月浙江巡按秦世祯揭帖中说：刘中藻亲自率领士卒五千名守浙江庆元，清浙江当局调总兵刘世昌、马得功等进剿，十一月初二日庆元城破，刘中藻“自缢焚死”，见《明清史料》丁编，第一本，第十四页。黄宗羲《海外恸哭记》云：鲁监国四年（顺治六年）“夏四月，虏陷福安，大学士刘中藻死之”。翁洲老民《海东逸史》卷五《刘中藻传》记：“丁亥（顺治四年）十月，中藻率兵攻取福宁州，守之，与周鹤芝相犄角。久之，移驻福安，郑彩遂掠其地。北兵乘之来攻。中藻善守，所杀伤数千人。己丑（顺治六年）三月，北兵乃循城十里掘濠树栅以困之，中藻不能出战，食尽，冠带坐堂上，为文自祭，吞金屑而死。”查继佐《罪惟录》卷十二下《刘中藻传》及《鲁春秋》均云己丑（顺治六年）四月刘中藻守福宁州，城陷，饮鸩死。
[64] 《思文大纪》卷八。按，隆武帝在1646年八月遇害，可知黄斌卿杀荆本彻在此以前。郑达《野史无文》卷十一《黄斌卿传》记：“十月初旬，原任巡抚荆本彻携家航海洋中，被斌卿营将沉其家人百口于海，而收其兵千人。十一月，原任户部尚书朱常淁，旧为按臣于斌卿有隙，携家百口浮海，被斌卿营将截杀，收其兵八百人；原任总兵贺君尧家口兵众亦然。”所记时间有误。
[65] 黄宗羲《行朝录》卷四《鲁王监国·纪年下》。
[66] 黄宗羲《行朝录》卷七《舟山兴废》。
[67] 任光复《航海遗闻》。
[68] 查继佐《罪惟录》卷三十二《黄斌卿传》。
[69] 张岱《石匮书后集》卷五十《张肯堂传》载有鲁监国敦请张肯堂的敕文，并说张得敕后即来舟山，任武英殿大学士；黄宗羲《海外恸哭记》则说张肯堂原在舟山，鲁监国授予东阁大学士。
[70] 任光复《航海遗闻》记：“晋张肯堂东阁大学士，沈宸佺阁部，吴钟峦、李向中宫保，朱永祐吏部左侍郎掌铨政，李长祥、张煌言兵部右侍郎，徐孚远祭酒，陈九征太常少卿，兼太常卿任廷贵、御史俞图南往日本，杨玑钦天监丞。晋名振定西侯，王朝先平西伯、涂登华太子太保，阮进太子少傅，进侄英义将军阮美、阮骍、阮骥俱左都督。”此外还有总兵等官多人。