赵胜部虽然遭到挫折，起义军在山西境内却仍然发展很快。各部分头作战，流动不居，使官军疲于奔命。是时，山西的起义军主要活动于三个地区，一是平阳（今晋南临汾一带），一是泽、潞（今晋东南晋城、长治一带），一是汾、太、沁、辽（今晋中地区）。明廷命宣大总督张宗衡驻平阳，统部将白安、虎大威、李卑、贺人龙、左良玉等士卒八千人，负责今晋南、晋东南四十一州县的追剿事宜；山西巡抚许鼎臣驻汾州（今汾阳），统领张应昌、苟伏威、史记、颇希牧、艾万年等部士卒七千人，镇压今晋中地区的义军。由于防区过广，起义军又好比水银泻地，无所不在，官军的追剿很少收到预期的效果。
到崇祯五年，李自成在山西境内的各支起义军中已经崭露头角，成了重要的首领之一。这年八月，山东道御史刘令誉上言：
有自贼中逃回者言，旧在晋中贼首掌盘子等十六家，最枭獍者为闯将、紫金梁，戴金穿红，群贼效之。遂皆以红衣为号。[37]
同年七月，“李自成、八大王（张献忠）、老回回（马守应）、紫金梁（王自用）、翻山鹞（高杰）等寇掠蒲州。攻城三昼夜，不克。是夜，贼令精锐三百人袭大宁，三更城陷。八月，自大宁袭隰州，守备高逸开北门遁去。知州杨玮拒守，射伤贼甚多，中流矢坠东城下。贼住城中三日”[38]。攻克隰州、大宁的起义军是否包括李自成、张献忠、马守应、王自用等部在内，史籍记载有分歧[39]；但李自成当时已经是一位重要首领则是可以肯定的。
这年秋冬，起义军向东发展，转战于沁水、阳城、高平、陵川、潞安、长子等地，先后攻克了寿阳、泽州（今晋城）。九月间，李自成等部从晋城南面两省交界处的大口攻入河南。十四日，攻克修武[40]，兵锋直逼怀庆府城。河南乡绅张皇失措，联名上疏请救。朝廷急调昌平镇副总兵左良玉，带领二千多名官军赶赴怀庆。十二月，明宣大总督张宗衡所部官军，尾追紫金梁、邢红狼等部经阳城、泽州、高平、长子、屯留等县境。紫金梁等率部转入山区，官军因连日追剿业已困惫不堪。这时，李自成同八金刚、过天星带领的一路起义军已经由河南修武、怀庆地区北入山西，出现在武乡县境，于十二月二十四日五鼓，一举攻克辽州（今左权县）。
李自成等部攻克辽州，使明宣大总督张宗衡和总兵尤世禄大出意料。尤世禄在塘报中说：“职所尾之贼系紫金梁等，而闯将等系西河之贼，不知何故放松，令其**东向。唯恐有破巢覆卵之患，于是不暇顾所尾之贼，急拟走辽州应援，以全疆土。”[41]尤世禄被迫放弃对紫金梁等部的追剿，于十二月二十八日赶到辽州城下。经过两天的围攻，起义军据城展开了顽强的抵抗。尤世禄和他的儿子副将尤人龙都被射伤。后来，李自成等起义军首领为了避免据守孤城为官军所围歼，决定夺门而出，且战且走地摆脱了官军的追击。辽州之战是起义军进入山西以后，同官军展开的一次比较重要的战役。这次战役虽然打乱了明政府的追剿计划，使紫金梁等部得以顺利转移，但是李自成等人的一度据守辽州城是不策略的，光是在突围时，起义军战士就牺牲了一千三百人。[42]
第三节 陕西起义军的坚持斗争
在大部分起义军渡河进入山西以后，陕西的农民起义并没有消沉下去，有好几支起义军仍然在当地坚持斗争。崇祯四年九月，神一魁重新起义，占领了宁塞县城。不久发生内乱，神一魁被部将黄友才等杀死。十一月，谭雄部起义军两次攻入安塞县。明陕西总督洪承畴派总兵曹文诏围攻宁塞的黄友才部，自己带着副总兵李卑会合总兵王承恩往攻安塞。这时，一座城、一朵云、薛红旗等率起义军三千多人，从鱼河川（在榆林县境）出发，突然进抵安定城下。“城中贫民恨富人”，为之内应，起义军遂克安定。[43]明总兵王承恩到达安塞后，诱杀谭雄等五人[44]，移兵进攻安定，起义军被迫撤走。与此同时，混天猴部义军攻克甘泉县，夺得饷银十万八千两，处死知县郭永图。河西兵备道张允登也被击毙。[45]接着，这支起义军又攻克葭州，兵备道郭景嵩毙命。陕西总督洪承畴急忙檄调曹文诏、张全昌部合剿。五年正月，混天猴派部卒伪装米商进入宜君县，趁夜里应外合夺取了县城，接着又占领了保安、合水二县。
这个时候，原属神一魁部下的郝临庵、刘六（刘道江）、可天飞等部也在庆阳、环县一带重新起义，四出攻击，一时活跃得很。崇祯四年十二月，黄友才和刘五、郝临庵、可天飞等部围攻环县，明署县印同知赵应兰惊慌失措，自缢身亡。洪承畴调甘肃总兵杨嘉谟、宁夏总兵贺虎臣来救。黄友才被官军火铳击死，可天飞和郝临庵率领部众撤往环县以北，地名东川、西川的高山深涧地带。崇祯五年二月，可天飞、郝临庵又围攻庆阳府城。洪承畴派临洮总兵曹文诏领兵来救。三月十三日，曹文诏和甘肃总兵杨嘉谟，同起义军作战于西壕，起义军大败，牺牲了一千多人。[46]四月，不沾泥张存孟在西川设立十七哨六十四寨，领兵进攻米脂、葭州。明延绥巡抚张福臻、陕西总兵王承恩等统马、步兵三千与洪承畴会合，向起义军发起猛攻。不沾泥战败，和刘民悦一起被官军俘斩于绥德。七月，混天猴也被明军马科部击杀于延水关。
官军依仗优势兵力，屡次击败留在陕西的起义军。总督洪承畴、陕西巡抚练国事、巡按御史金兰等即抓紧时机，部署对起义军设在铁角城一带的基地（今甘肃环县北）进行围剿。铁角城山高沟深，形势险要，历来是官府统治薄弱的地方。郝临庵、可天飞等部长期在这里“分地耕牧”[47]，“为持久计”[48]。崇祯五年八月，洪承畴一面调集大军进剿，一面派出间谍“借招抚为名，前赴各贼营，授以密计，与以重赏，潜行反间，令其以贼杀贼”[49]。农民军势不能敌，一些动摇分子纷纷投降。其中如白广恩率部投降后，立即充当了明政府镇压农民起义的刽子手。他领着官军直奔起义军首领可天飞（何崇谓）的营地何家老寨，可天飞不幸阵亡。叛徒白广恩用起义农民的鲜血，换得了自己的加官晋级，后来一直升到总兵，明亡前夕朱由检还授予他**寇将军的称号。十月，新任延绥巡抚陈奇瑜派总兵王承恩，往剿一座城、薛红旗部起义军。一座城被叛徒乔六郎所杀，薛红旗和一字王（拓先灵）也在骨都寺为明靖边兵备道戴君恩击杀。十一月，曹文诏等部官军追剿郝临庵、独行狼部于陕西耀州锥子山，起义军败北，撤入凤凰山。监军道樊一蘅见山险难攻，派间谍进入起义军中，引诱不稳定分子杀害郝临庵、独行狼，拿着他们的首级向官军投降。这时，洪承畴以为大势已定，就食言自肥，从投降人员中拉出四百名所谓“狰狞剽悍者”惨加杀害，充分暴露了反动统治者的阴险狡猾。[50]至此，在陕西坚持斗争的各支起义军，基本被明政府血腥镇压下去。据明巡按御史范复粹崇祯六年的奏报，陕西起义军在作战中被杀的有三万六千六百多人，至于一般群众遭到官军杀戮**的更是不计其数。
陕西的农民起义一时沉寂了下去，而进入山西的起义军却越战越强。他们像决堤的洪水一样，冲入明帝国的腹心地区，把农民革命逐渐推向**。
第四节 起义军的诈降和突破黄河天险
陕西的起义农民被淹没在血泊中后，明廷即着手加强山西的围剿力量。崇祯五年十二月初七日，临洮总兵曹文诏奉命和部将马科、曹变蛟等人一道，带领“逐一挑选、屡经战阵”的马步兵丁三千五百人由庆阳开拔，经潼关渡河，前往“山西蒲州、河津贼聚等处，转至平阳、潞安一带各贼四犯地方”[51]。明廷对曹文诏部入晋会剿寄予很大希望。朱由检亲自批准给他先加升一级，授权“节制秦、晋诸将”[52]。马科、曹变蛟等也分别升官以资鼓励。统治者希冀把陕西的战果扩大到山西，一场围歼山西起义军的战斗就要开始了。
为了对付麇集山西的官军，起义军采取了避实就虚的策略。崇祯六年正月，他们东跨太行山进入畿辅地区，出现在顺德（今河北邢台市）、真定（今河北正定县）两府境内，这使明政府深感不安。给事中孟国祚上言说：
畿南咽喉重地，顺德为大平原，千里直走京师，非有河山为之蔽也。今晋有曹文诏、张应昌；豫有左良玉、邓玘，贼将何之乎？昔之秦驱于晋，晋驱于豫者，今转而驱之顺德矣。[53]
为了堵御起义军进入畿南平原地带，保护京师的安全，明廷急忙抽调通州兵二千，昌平兵二千，会同保定总兵梁甫部八千人，配合大名兵备道卢象升和山西官军夹剿。
在同官军作战中，起义军充分发挥了流动作战的优越性，他们在晋、冀、豫三省接境地区不断转移，避开官军的重兵，相机出击。这就使官军处于被动挨打的地位，统治阶级内部的矛盾也激化了。兵部指责“河南不塞太行之险，揖贼使入，不得无罪”[54]。河南的乡绅们向朝廷请求，由陕西总督洪承畴兼管山西、河南军务。兵部同意了这个方案，认为可以统一事权，防止各省互相推诿，便于全面部署对起义军的围剿。兵部还建议洪承畴移驻三省交界的潼关，监制山西、河南二巡抚和曹文诏、邓玘、张应昌三总兵。可是，这时朱由检还不愿意让臣下掌握较大的权力，没有同意。他把起义军活跃于三省归咎于官军作战不力，派太监陈大奎、阎思印、谢文举、孙茂霖为内中军，分别出任曹文诏、张应昌、左良玉、邓玘四镇的监军。这件事进一步暴露了朱由检独夫民贼的反动本质。他的统治越是不稳，就越不相信人。在他看来，太监是自己身边的亲信，派到军中充当耳目，可以防止文武官员的欺蒙。实际上，宦官们擅长的只是巧言令色骗取皇帝的信任，借以招权纳贿，在军事上他们完全是外行。所谓“监纪功过”，不过是给他们提供一个发财的机会罢了。地方上的文武官员，为了让他们在皇帝面前说点好话，从贪污所得中分给一些油水，也就串通一气，互为表里了。以惩治阉党而一度博得好评的朱由检，在失望之余，终于走上了万历、天启两朝重用宦官的老路。
起义军在畿南地区同官军作战互有胜负。由于当时起义农民的力量还敌不过官军，华北大平原上又无险可据，在朝廷逐渐加强这一带防守力量以后，起义军就转入太行山区。明潞王分封在卫辉府（府治在河南汲县），他眼看农民军在豫北的力量越来越大，封地岌岌可危，乃上疏告急，请求朝廷“早行剪薙，毋轻视贼”[55]。朱由检特命倪宠、王朴任总兵，太监杨进朝、卢九德为监军，统京营兵六千往豫北征讨义军。官军倚仗优势兵力，逐渐把起义军主力压缩在河南省的黄河以北地区。明政府以为北有重兵，南扼大河，可以把起义军消灭在这里。
崇祯六年五月，起义军的一位重要首领紫金梁（王自用），在河南济源病死了。[56]王自用在王嘉胤牺牲以后，曾被在山西的各支起义军推为盟主。后由于明官僚施展离间计，使紫金梁和其他首领人物之间有了隔阂。据某些史籍记载，他本人也曾发生过动摇，有接受明政府招安的企图。[57]尽管如此，王自用在当时仍然是一位有影响的领袖人物。明河北兵备道曹应秋就说过：“惟紫金梁死，其党归闯将，无复称其号。此贼似能统领诸贼也。此贼死后，众贼各自为队，时分时合。”[58]这说明王自用的病死，在一定程度上增加了起义军处境的困难。
崇祯六年冬，明政府调来的官军云集于山西、北直隶、河南的交界地区。由于当时主要的战场已经移到了豫北，因此河南省的官军称为主兵，共有八千三百余名；山西、北直隶和京营客兵达一万九千六百人，加上曹文诏等所统陕西兵，参加围剿的官军总数当在三万以上。[59]起义军活动的余地越来越小，粮食给养都极感困难，面临着被官军围歼的危险。于是，起义军首领们竭力谋求摆脱困境的办法。十一月，张妙手、闯塌天、满天飞、邢红狼、闯将（李自成）等，向京营总兵王朴伪称愿意接受招安，“叩首言：我等皆良民，因陕西荒旱，致犯大罪。今誓归降，押还故土复业”。王朴和监军太监杨进朝、卢九德不知是计，以为不费吹灰之力，便可顿时弭平大患，同意接受投降。十九日，起义军首领人物贺双全、张妙手等十二人，亲至河南彰德府武安县（今属河北省）面见王朴、杨进朝、卢九德以及兵备道常道立，表示接受招安的“诚意”。杨进朝等信以为真，马上向朝廷奏报，同时停止了对起义军的进剿。据史籍记载，当时在武安开报的诈降起义军首领名单为：
贺双全新虎九条龙
闯王（高迎祥）领兵山勇将
满天飞一条龙一丈青
哄天星（当作混天星——引者）
三只手一字王闯将（李自成）
蝎子块满天星七条龙
关锁（当作关索——引者）八大王
皂莺张妙手西营八大王（张献忠）
老张飞诈手邢红狼
闯塌天（刘国能）马鹞子
南营八天王胡爪哄世王（当作混世王——引者）
一块云乱世王大将军
过天星（惠登相）二将
哄天王（当作混天王——引者）