“他说18日中央发了第49号通告，发现了小组织活动，反党宣传，无异于反革命的行动，应当毫不犹豫地予以组织上的制裁。”
陈独秀生气地说：“什么是小组织活动？什么是反党的宣传？欲加之罪，何患无辞！我堂堂正正地给中央写信，那也能叫反党宣传吗？”
“是啊，我也不客气，和恽代英争了起来。”
“对，该争的一定要争，不然，不了解真情的同志会以为我们真的没有道理。”
彭述之放低了声音说：“老头子，我倒有一个意见。我们不如组织一个反对派，多拉一些人，他们要开除我们，也不容易。”
陈独秀考虑了一下，说：“这样也好，可以把人联络一下，人越多越好。人多了，说起话来也更有分量。”
彭述之说：“说干就干，我马上去通知郑超麟、尹宽他们。”
隔日，陈独秀、彭述之、郑超麟、尹宽等人在陈独秀寓所里凑名单，一下子凑出几十个人。有陈独秀、彭述之、郑超麟、尹宽、罗汉、高语罕、李季、王浊清、何之瑜、刘伯垂、李仲三、马玉夫、罗世藩、蔡振德、薛农山、任曙、孙煦、彭桂秋、蒋振东、韩俊、吴季严、杜晨之、刘静贞、张以森等。
陈独秀将名单看了两遍说：“我们不忙公开我们的旗帜，先看看中央的情况再说。”
陈独秀和彭述之等人组织“无产者派”托派小组织，中央马上就有了察觉。10月6日，中央向陈独秀发出书面警告，“你以及和你意见相同的人，在上海党的下层组织中有超越组织的活动……你必须站在党的利益上立即停止这种活动……中央决定你在党的政治路线之下，在中央担任编辑工作，限定你在一周之内做篇反对反对派的文章。”
陈独秀接到中央书面警告后，辗转不安。对于中央安排他担任编辑工作，系他所愿，但叫他写反对反对派的文章，他又感到万万不能。
四天后，陈独秀给中央写了一信，向中央“作一次最后的警告”，“我现在正式告诉你们，在你们，绝对没有理由可以开除发表政治意见的同志，在我……结合下层的革命群众和机会主义的上层领导机关奋斗，而不计其他，……因此造成党的分裂，是应该由你们负责的。”他还在信中引用了列宁的一段话：“党内有了根本不同的政治意见，而又没有别的方法可以解决，小组织才是正当的”。他强调“列宁的这段话，很适合我们现在的情况”。
这封信很快送到了中央，因为事关重大，中央政治局立即召开会议，作出“关于反对党内机会主义与托洛茨基主义反对派的决议”，指出陈独秀8月5日的信是“很明显的公开的反共产国际、反六次大会、反中央、反党的路线”。指示各级党支部如发现这样的小组织必须马上解散，从组织上制裁参与者；如坚持错误，则一律开除出党；陈独秀则必须“停止一切反党的宣传与活动”。
十天后，江苏省委最先作出响应，将彭述之、汪泽楷、马玉夫、蔡振德开除出党，但这个决议要送中央最后批准后才能生效。
当天，彭述之急忙找到陈独秀，商量对策。
彭述之激动地说：“他们说我们是反对派，我们就以反对派名义去封信，你看怎么样？”
陈独秀看了一眼彭述之，有些惺惺惜惺惺，说：“可以，现在我们党内正需要这种反对派。”
过了片刻，陈独秀说：“这是最后的摊牌了，我看，就以我们两人的名义来写，一切责任由我们两个来承担，不要牵扯别人。”
就在这时候，中共中央接到了国际执委发来的指示信，明确指出：“党应当实行无情的斗争，来反对陈独秀的取消主义的主张，……党应当铲除自己队伍内的暗藏的托洛茨基派和暗藏的取消派”。
有斯大林的金口玉牙，陈独秀被开除出党已成定局。
陈独秀既是一位给人以雷电般震撼刺激的思想启蒙者，又是一位被历史推向前台的政治家；既是一位冲锋陷阵的勇猛斗士，又是一位政党的领袖。复杂的中国社会赋予他以复杂的使命。作为前者，他的才华得以充分表现，成为耀人眼目的明星；作为后者，他常常力不从心，勉为其难。在那个特定的历史阶段，社会选择了他，很快又抛弃了他。如果在正常的社会机制里，这本属正常，然而他却生活在那个不正常的时代，因而他的结局就带有更浓厚的悲剧色彩！
11月15日，中共中央政治局决议开除陈独秀党籍，同时批准江苏省委开除彭述之、汪泽楷、马玉夫、蔡振德四人的党籍。
接到决议，陈独秀悲愤欲绝！
许多年后，周恩来对开除陈独秀党籍这一重大事件依然耿耿于怀。他谈道：“陈独秀是路线问题，单纯的路线问题，是可以不开除出党的。”
陈独秀被开除党籍以后，停发了每月30元的生活费。
就在这冷落、萧瑟的气氛下，一位神秘的远行客来到了江津。
他叫陈其昌，是托派中央临时中央委员，作为托洛茨基派往中国的代表格拉斯（中文名李福仁）的特使，由上海绕道香港，再历经越南、广西千辛万苦才来到江津的。他此行不仅带有托洛茨基给陈独秀的亲笔信，同时负有转变陈独秀的政治立场，使他重新回到托派组织中去担任主要领导的重任。
满怀希望远道而来的陈其昌，与陈独秀进行的却是一次令双方都非常不愉快的会见。陈独秀出狱后，已不屑与极左的托派为伍，并声明自己已不属于任何党派。他对那些置抗战大局于不顾，仍在高唱革命高调的极左派十分厌恶。
1938年11月，上海托派临委通过了《我们对于独秀同志的意见》，这份文件指责陈独秀自抗战以来，“完全采取了‘超党’的，即‘超阶级’的立场”。他的所有关于抗战的言论，都被年轻、好斗的托派斥之为“机会主义”“放弃了自己多年所坚决拥护并为之而奋斗的革命旗帜”“背叛了组织，背叛了自己”。
但是，远在墨西哥的托洛茨基仍然指示中国托派做团结陈独秀的工作，希望他速去美国，以避免无谓的政治谋杀，甚至指示中国托派发起一个保护陈独秀的运动。
对于这位从未谋面的外国朋友，陈独秀总有一种由衷的感激之情。尽管他们之间有着严重的意见分歧，但是，托洛茨基都能尊重他的历史地位。在与中国托派的多次不愉快的争执中，陈独秀都能感受到托洛茨基的理解，宽容和关怀。如今，托洛茨基虽也在前程未卜的流亡之中，却还牵挂着他的安危，这使他很感动。他思忖许久，觉得有必要给托洛茨基去封信，说明中国托派已走到什么样的危险境地。
不过，当陈其昌给陈独秀看了托派临委作出的《我们对于陈独秀同志的意见》后，事情却立即发展到了陈其昌所希望的反面。
陈独秀看罢这份言辞咄咄逼人、近乎最后通牒式的意见书，不屑地往桌上一扔，冷峻说道：“在武汉时，我曾经给你们写过一封公开信，我现在仍然借用那封信里的语言来作为对你们的回答：我陈独秀，只注重我自己独立的思想，不迁就任何人的意见，我在此所发表的言论，已向世人广泛声明过，只是我一个人的意见，不代表任何人，我也不隶属于任何党派，不受任何人的命令指示，自作主张，自负其责。将来谁是朋友，现在完全不知道，我绝对不怕孤立！”
陈其昌见老头子发了脾气，赶紧劝道：“独秀同志，你不要动怒，我们仍然对你怀有崇高的敬意，希望你能回到革命的利益上来互相讨论和批评，以便最后获得共同一致的正确结论。”
陈独秀不屑于他争论，他连夜给托洛茨基写了一封长信，首先对托氏的关心表示感谢，对出国之事则以自己年纪已老，身体不适加以婉谢。然后，表示他对中国托派中央的威胁，决不让步！
陈其昌一无所获，带着这样一封足以证明陈独秀已与托派中央水火难容的信件，垂头丧气地离开江津，回上海复命去了。