在武汉会战期间，“中山”舰担负从嘉鱼、新堤至武昌金口的警戒。
一九三八年十月二十四日，舰长萨师俊率中山舰在金口镇赤矾山江面巡防，下午三时十五分，日机六架，鱼贯向中山舰俯冲投弹，萨师俊率舰攻击，但舰首的厄立肯炮在连续猛烈发射后发生故障，日机趁机猛烈轰炸中山舰，舰体创伤累累。中山舰用轻武器与敌机对抗。舰尾、左舷中弹，舵机转动失灵。接着锅炉舱又被炸，江水猛烈地冲进舰舱，官兵奋不顾身抢险堵塞也无济于事。不到三分钟，舱内水深齐腰，炉火被淹灭，锅炉无汽，机器停转，舰体逐渐向一旁倾覆。
正站在瞭望台上指挥作战的萨师俊，腿部被炸断，猝然跌倒在血泊之中。在瞭望台和甲板上战斗的官兵非死即伤，血肉横飞，惨不忍睹。伤者只要还有一口气，便从血泊中挣扎起来，爬到炮位，向敌机开炮还击。敌机仍不停地俯冲投弹、扫射，一弹下来，血肉横飞，伤亡枕藉。
萨师俊和全体官兵连同军舰，向着滔滔的江水沉没下去！
突然，舰首毅然地向上一昂，卷起一个巨大的旋涡，然后渐渐地消失，一切复归于平静！
海军“义胜”、“勇胜”、“仁胜”号炮艇及几条驳船，连同艇船上的官兵，在石首、藕池口等处布雷封江时，也被敌机轰炸遇难！
“江元”号等军舰，在岳州附近布雷，与敌机相遇，战斗中被敌炸沉！“顺胜”等炮艇、汽轮和铁驳若干艘，为阻止日海军继续西进，含恨“自尽”，横沉于洞庭湖底！
陆海军之运输轮驳船二十余艘，为阻止凶顽的敌海军舰队顺江深入，也悲壮地“自尽”于石首附近长江之中！
在战斗中不幸受创负伤，搁浅于岳州附近的“民生”、“江贞”、“永绩”等军舰，在敌军迫近时，不愿当俘虏以资敌，拆下舰炮，将军舰焚毁！
经过江阴阻击战及武汉会战，中国海军舰艇已经损失殆尽！
中国海军的抉择很艰难，过程很悲壮，结果很凄凉。
在严酷的现实面前，从总司令陈绍宽将军到每一个海军官兵都形成了一个基本的战术意识，主动选择在敌人下手之前，抢先行动，痛痛快快先把自己给干掉——狗娘养的，你想打我，没门，老子宁死也不给你这机会！
这天深夜，海军总司令陈绍宽上将乘“江犀”号从武汉向长江上游撤退。
他的身后已没有了舰队和炮艇。当他沿途看见他的那些遭受重创的军舰在江中燃烧时，心里犹如刀子割肉般疼痛。
他伫立在瞭望台上，庄严地抬起右臂，向他的不屈不挠的战舰和弟兄们致以最庄严的军礼！
将军已经兑现了自己的承诺，当祖国需要时，作为一名军人，他已经履行了自己的责任——虽然他的努力换来的是失败而不是胜利，但是，没有一位中华子孙会埋怨他以及他手下的两万五千名英勇不屈，百战百败的可敬官兵！
没有了军舰的中国海军官兵在此后的日子里，从来没有停止过一天战斗。
由于中日海军实力悬殊，而同期陆军虽然装备和质量不如日军，但毕竟拥有几千万可以补充兵员的青壮年农民，还可以凭借熟悉的地理环境和兵力优势与日军周旋。因此，国民政府放弃争夺近海制海权的策略，而决定在大陆上实行持久战。
由于当时中国的首都、战时首都和一些重要的城市都位于长江流域，而中国最高统帅部的战略又是吸引日军主力于华中地区，沿长江向西仰攻，所以中国海军的主要任务，就是协助陆空军沿长江布防，阻击日本海军。
中国海军没有了军舰，但是，他们把军舰上的大炮拆掉并搬上了长江两岸，从可以机动的军舰，移到了固定的炮台上。他们掌握的漂雷战术和敌后布雷活动，狠狠打击了日军的水路运输，迫使日军多次宣布在长江中停航或限航，即使通航也不敢保证航道安全。
截至一九四三年七月，仅仅在长江方面的芜湖至湖口、九江至汉口、汉口至岳阳三个地区，中国海军布雷队出击九十三次，布放水雷一千六百具，炸沉日军舰船一百五十六艘。
另外海军在相持阶段的几次战役中还加紧布雷，以此呼应陆军的作战。例如在一九三九年的冬季攻势中，中国陆军反攻马当，海军长江中游布雷队主动出击，策应陆军的进攻和撤退。
而在其他地区的布雷活动也取得了显著的效果。
一九四三年三月十七日，伪海军广东要港司令萨福畴乘坐旗舰“协力”号出巡时，座舰被国军珠江布雷队所布水雷炸沉，萨福畴被抗日游击队俘获，旋解送重庆，九月二十六日在重庆伏法，沉重打击了日伪海军。
海军的布雷活动招致了日军的疯狂报复。日军不仅反复扫**长江沿岸布雷队基地，而且极其残忍地对待被俘布雷队人员。一九四〇年，在长江中游执行任务的海军布雷队员陈木生在湖口被俘，第六战区《阵中日报》载：“陈英烈木生临危不屈，骂不绝口，惨遭活锯，尸首被抛弃江中，亦烈亦哉。”
西陵峡中的石牌要塞，就是海军与陆军费时三年多，共同精心构筑的铜墙铁壁。
据《宜昌县志》载：“武汉沦陷后，为阻止日军沿长江三峡航道西侵，民国二十八年（一九三九）春季，中国海军就开始在石牌周围构筑大小炮台十余座，安装各种火炮一〇二尊，形成严密的火力网，能有效地封锁石牌江面，构成了铜墙铁壁似的阵线。宜昌沦陷后，石牌遂成为拱卫陪都重庆的第一道门户。为保卫石牌要塞，国民政府军事委员会派有重兵防守。”
随着一九四〇年六月宜昌失守，因石牌以上江面窄浅，国民政府下令残存的海军舰艇凡不能驰入川江的，全部自沉于此，用以阻塞河道。并将各舰只拆下的大小舰炮安装在石牌一带的炮台上，舰上官兵即改为石牌要塞部队。石牌要塞主炮台则安装有苏联援助的巨型山炮和野炮共十尊，从这里可以一炮打到南津关，正是“一炮封喉”锁钥之地。
十八军军长方天兼任石牌要塞司令，要塞指挥官则是在第十八军中任过旅长的滕云，留英专攻海军的原舰长方荣，转任要塞副指挥官兼炮台总台长。
要塞防御设施的部署是：第一分台配置六门炮，其中四门四十七生火炮直对江面航道；正面左前方的江北是烟幕队，右前方的南岸是鱼雷队；南岸太公沱突出部有瞭望哨，炮台后方设有观察哨；二分台的任务是：在总台部的直接指挥下，如遇日海军进犯至太公沱江心时，在烟幕队的配合下，利用鱼雷攻击，对来犯之敌实施突然炮袭，既能在敌措手不及之下击沉舰只，又可打垮敌之进攻，达到阻击日军进川之目的。
石牌要塞工事坚固；进出方便，视线良好，射界开阔，较为隐蔽；轻重武器构成交叉火网，既能封锁整个江面，又能对来犯之敌给以毁灭性的炮击。并在宜昌葛洲坝、古老背等江面沉塞船只，布设水雷，建立阻塞封锁线。
日军觊觎石牌要塞已久，只是一直不得其便。
如一九四一年三月上旬，宜昌日军曾两度兴师动众，以重兵从宜昌南岸进攻石牌正面的平善坝，并以另一路进攻石牌侧翼的曹家畈。两路日军当时都遭到我守军的严重打击，惨败而归。
有鉴于此，日军这次策动“江南作战”，未敢从正面夺取石牌要塞，而是采取大兵团迂回石牌背后企图攻而取之。
日军舰队无法逾越被号称为生死极地的石牌要塞，不敢低空俯冲的日机也只得不断高空轰炸各个炮台。加之当时的总台长方荣非常重视炮台阵地的伪装隐蔽，下令在山坡上因修建工事挖堆的黄土上种草、植树，使山坡呈现郁郁葱葱的美景，在炮位的胸墙和射击口也挂满了藤萝。远远望去，一片青绿，纵然偶尔有人走到附近，也很难发现炮位在什么地方。故此防空得体，伪装严密，多次空袭轰炸之下，受损也不大。
八十九岁高龄的原十八军平射炮营第一连连长黄世益回忆：“一九四一年到一九四三年，我奉命守卫西陵峡。当时，日军不时用山野炮轰击我们的阵地，敌机也经常当空盘旋，从空中扔下炸弹，企图破坏我们的工事。但是西陵峡两边是笔直的山峦，我们的工事紧挨着江边，所以他们不容易炸到我们。他们俯冲下来后，扔下炸弹就跑。我们就用大炮揍他狗日的。”
海军布雷队的官兵多是马尾海军学校和马尾海军训练营毕业生，以福州、长乐、闽侯、马尾、福清、连江人为最多，水性极好。
最早提议开展“水雷战”的也是福州人。
2012年已九十二岁高龄的欧阳晋，就是马尾亭江人。一九三一年他考入马尾海军学校航海专业，一九三七年与何必伟等九位同学赴德学习潜艇。