就在王淦昌忙于在罗布泊组织地下核试验时，北京发生了一件大事：9月11日，周恩来总理和苏联的柯西金总理在北京机场进行了一次历史性的短暂会面。这次会面，中苏两个大国敌对了近10年后双方都想试探一下对方的某些意图。但是那时的两国政治家们实在太不相信对方了，所以作出的一些判断现在看来都很偏激。在柯西金走后的一个多月，也就是在王淦昌报告第一次地下核试验成功消息后的第22天，中南海召开了一次重要的政治局会议，主题只有一个：研究当前国际形势和苏联战略动向。不知哪儿来的一份情报显示，苏联内部有人主张乘中国的核武器发展尚不够充分的时候，对中国的核设施进行一次“外科手术”式的毁灭性打击，这使得中国领导人怀疑“老苏”真的想对我们中国突然发动核袭击。会议经毛泽东批准，政治局作出决定：在全国立即开展一场“深挖洞，广积粮，不称霸”的全民战备动员。
为防患于未然，党和国家的领导人不管有无问题，一律紧急撤离北京。根据这一精神，毛泽东随即到了武汉，“林副主席”到了苏州，只有周恩来留在北京“守家”。
据后来了解，“林副主席”的“一号命令”共有5条内容：一是苏联谈判代表团于10月20日来北京会谈，对此要提高警惕；二是为防止苏联利用谈判做烟幕对我军进行突然袭击，全军各部队要立即将重武器和重要目标隐藏起来；三是通信联络要保持通畅；四是国防工业要抓紧武器弹药的生产；五是导弹部队要随时做好发射的准备。
王淦昌老两口带着外孙女三人很快到了目的地——四川绵阳（而今的长虹集团便是当年王淦昌他们的九院子属单位）。司机大邵一家跟着王淦昌“荣幸”地一起到了绵阳那片山沟沟里，并且这一去就是近20年。下面是大邵回忆跟着一起到四川后的有关王淦昌的一些情况——开始部里说了，凡是重要的领导和院长们都要迁到那里，可等我们一到那儿住下后，发现院级领导中就王先生一家搬去了。其他的院长都没有去，房子留着却是常年空空的。我对王先生发过牢骚，说你看人家多精，根本就没打算来。我们倒好，一下把全家的户口都迁到了这儿，现在想回去都没有门儿了。王先生说，别人我不管，可我们来这儿没有错，九院把主要人员和技术设备都搬来了，今后这就是我们工作的机构，我们不跟着工作的地方还能干什么？
王先生就是这样一个人，在他的心目中，从来不去想那些乱七八糟的私事，只要他认为是上面交给的任务，不管在哪里，不管是干什么，他都要全身心地投入，直到完美地把它做好为止。那时绵阳的条件极其困难，连孩子吃的食糖都得从北京带过去。而我们的九院工作区为了适合战备需要，整个工区和生产厂区铺得特别大，共占6个县的地面，近的相互间距离三四十公里路，远的达100多公里。整个绵阳地区实际上成为中国核武器试验的大本营。那时王先生已经是近70岁的人了，但他是生产和技术的总负责，所以几乎每天都要在几百公里的工区里奔波。当时我们所在区域还有不少国民党残留部队，敌情很复杂。每次跟王先生出门，我必须带上武器，随时准备应付不测。由于“文革”影响，许多工厂停停干干，这给王先生的工作带来极大困难，他既要安排科研工作，还要做人的工作，那几年真是难为他了。绵阳地区又是地震多发区，我和王先生多次出门碰上地震，由于担心出事，我不让他往下面的工区跑，他哪儿肯听！地震一来，夜里我把他拖到汽车上睡，他就是不让，说怕什么？我是搞原子弹的，震波多大，对人类危害多大，我心里都清楚。他照常睡在屋里。有一次我问他，王先生你真的不怕地震砸死人啊？他嘿嘿一乐，说死谁都怕，只是你心里装其他事多了，死的事就给让路了。我相信他的话，因为他心里装了那么多工作，哪儿能顾及自己生死？但就是这样一个兢兢业业为国家作贡献的老科学家，“四人帮”一伙仍没有放过他。青海基地的“恶二赵”派人把王先生抓到罗布泊，说是“工作需要”，实是为了批斗他。而在后方的绵阳，他们则进行大抄家。我知道王先生家里的东西都是国家核武器试验的重要资料和文件，所以我坚决不让造反派动一动。为此，造反派也给我扣上了“反动学术权威的司机”帽子。
但这也并没有使我在抄家问题上屈服。我一直死死地把着王先生家的门，就是不让造反派进王先生住的房子。后来总算达成了一个“协议”：把房子封存起来。我心想这一招也行，既保护了王先生的东西，又可以过抄家这一关。但造反派头头警告我，说：“你以后不准再照顾王淦昌了，就是他从青海回来也不能去车接。”不几日，王先生真的从青海回到绵阳，我偷偷开车去接了他。王先生见了还特别高兴地对我说：“还是绵阳这儿好，这儿我就不是受批判的坏人了。”他哪里知道这儿的斗争有过之而无不及，只是许多好心人一直全力在保着我们这位可敬的老先生而已……
1975年，因“文革”中断数年的第二次地下核试验又重新被列入议事日程，时已68岁的王淦昌仍然以技术总负责人的身份，与小伙子们一起，从吐鲁番到戈壁滩，乘着汽车，整整颠簸了11个小时，到达爆炸地。
“让我再进洞看一遍。”同每一次核试验之前一样，王淦昌坚持要在最后时刻亲自检查一下装置和线路。当在场的人看到老先生吃力地弯着腰在低矮的“猫耳洞”里钻进钻出时，谁都会感动。
大爆炸仍然在王淦昌的注视下获得预期的成功。
这一年，正是邓小平重新出来主持工作的年份。
这一年，王淦昌的名字又出现在周恩来总理主持召开的第四届全国人大常委委员名单上。
1976年，70虚岁的王淦昌再赴风雪迷漫的青海高原，在一望无际的“死亡之海”的腹部又一次成功进行了我国第3次地下核试验。经过代号为“21—29”、“21—92”、“21—93”三次平洞地下核试验，我国的空中、地面和地下核试验基本走完了所有历程。王淦昌带着让全国人民引以为豪的核试验成果，回到了北京。他没有想到的是，他最最敬爱的人——周总理离开了人世。
“你们看，上次我向总理汇报工作时，他向我提了5个问题，当时我只回答了3个。现在剩下的两个问题我也想出来了，可他已经走了……”王淦昌坐在椅子上悲痛欲绝地向人诉说着。
几个月后的“清明节”，天安门广场发生了声势浩大的群众性悼念人民总理的活动。王淦昌不顾人多车挤、年高体弱，义无反顾地加入了悼念队伍。
10月，沉闷了许久的中国响起一声春雷。王淦昌无比激动，他说：“这是更大当量的‘核爆炸’！我要继续努力为国家作贡献。”
1978年，王淦昌奉命从绵阳调回北京，任二机部副部长，并兼任中国原子能研究所所长。在这之前的3个月，他再次当选第五届全国人大常委会委员。
1979年10月20日，72岁的王淦昌实现了他毕生的追求，成为一名光荣的中国共产党党员。
1980年2月，他被推选为新成立的中国核学会理事长，同时还被选为中国科协副主席。这一年，他进中南海为中央领导同志作了题为《核能——当代重要能源之一》的报告，从此致力于中国核电站和其他核能科研的领导与组织工作。
1982年，75岁的王淦昌主动辞去二机部副部长等职，仍兼任原子能研究所名誉所长。
1983年，第六届全国人大常委会上他再次当选常委委员。
1984年，王淦昌亲自主持和指导秦山核电站及北京的强流电子直线感应加速器论证等。
1986年，他与王大珩等著名科学家向党中央提出跟踪国外高新技术发展的建议，即著名的“中国863计划”。
1987年，王淦昌主持国家“神光”激光装置鉴定会，并在80寿辰时发表有关中国激光研究的重要论文。
1988年，他与王大珩、于敏等物理学家向国务院提出将“激光核聚变”列入“863计划”，并获得批准。
1989年，王淦昌赴苏联杜布纳访问，被莫斯科大学授予名誉博士。
1990年2月，他与钱三强、李觉、姜圣阶联名写信给江泽民、李鹏同志，就中国发展核电站提了建议，由他领导的氟化氪准分子激光研究取得重要进展。
1991年，王淦昌接受国家对“863计划”作出贡献的奖励。
1994年，王淦昌向“863计划”提出五点新建议，受到国家重视。
1995年，他与钱学森，黄汲清（大庆油田发现者）和王大珩一起获得李鹏总理颁授的“何梁何利基金优秀奖”。
1996年，他捐款设立“王淦昌基础教育奖励基金会”。
1997年夏，他被无名氏（至今仍未查悉）骑车人突然撞倒致重伤，住北京医院数月。
1998年12月，王淦昌逝世。江泽民、李鹏、朱镕基等国家领导人和中外科学界著名人士、社会学界、教育界近千人送了花圈。
1999年9月18日，党中央、国务院、中央军委追授王淦昌等科学家“两弹一星功勋奖章”。