创立军机处
为办理国家要务和军机大事，雍正四年（1726年），雍正帝设军需房，七年六月改为军机房，八年改称军机处。
军机处仅设军机大臣、军机章京两种官职。军机大臣俗称“大军机”，雅称“枢臣”，由雍正帝从满汉大学士、尚书、侍郎内特别选拔，或由军机章京升任，也可由满洲皇族亲王选任。其名额多少由皇帝所定。最初设三人为军机大臣，即怡亲王胤祥、大学士张廷玉、蒋廷锡，后来有所增加，最多时达11人。他们之间无隶属关系，但以品秩高、资历深者为“领班”，誉称首揆。他们分别对皇帝负责。军机大臣全称“军机处行走”或“军机大臣上行走”，初入者还要加“学习”二字。
军机章京（章京，满语意为“官”儿）俗称“小军机”，初创时称“军机处协办”，乾隆四十五年改为“章京上行走”。最初军机章京定员无额，直至嘉庆四年始定满汉章京各16人，以满汉各8人轮班值守。最初章京在内阁中书中选用，后多为院部保送，经军机大臣考试后录用，由皇帝传补，负责满、蒙、汉文字工作。
由于军机处是朝廷枢密所在，所以有官无吏，以防泄露秘密。因此军机处洒扫庭院、勤杂送水等工作例取十五岁以下不识字儿童若干人充任，满语称“苏喇”又称“小幺儿”。最初军机处值房在乾清门外偏西，后迁至乾清门内，与南书房临近，最后移至隆宗门西南，都是临雍正帝寝宫不远的地方，便于联系。
军机处的职责是负责拟写皇帝发布的谕旨，办理皇帝交议的大政，审办大狱要案，奏补文武官员，查考行军山川道里及兵马钱粮，查考大典礼旧案与考证历史事件，扈从皇帝巡幸出游以备顾问，稽查封疆大吏行政效率等。军机处的设立，巩固了皇权的集中，使中国封建社会专制主义达到顶峰。
随着军机处的设立，整个国家的政治体制运作发生了改变，原来由内阁承旨、六科封驳、公事用题本内阁承办、私事用奏本直接达御前的方式，改为皇帝亲书谕旨或口授，军机大臣承旨拟谕、径自廷寄各地的方式，从而使内阁和议政王大臣会议有名无实，大学士和议政王大臣成为有名无实的闲曹。而且军机处临近大内，一切活动均在皇帝监视下进行，便于控制，同时雍正还设立许多警戒，使军机大臣处处小心从事，敬上畏命，雍正帝牢牢地控制了军政、行政大权。
设立军机处还有一种目的是打击掌握朝中重权，在内阁、六部等有党羽的诸王势力。
清初文字狱
西北用兵
十月，清廷命川陕总督年羹尧、四川总督岳钟琪统兵征讨。在清朝强大的军事攻势下，叛军迅速瓦解。雍正二年（1724年），叛乱被平定，罗卜藏丹津男扮女装逃到了准部策妄处。清政府多次向策妄阿拉布坦索还罗卜藏丹津不给，可见，清廷与准噶尔部仍然处于僵持状态。
大清万年一统天下全图
随着政治改革的实现，政局稳定，财力充足，雍正已有条件解决准噶尔部问题。从雍正五年（1727年）开始筹谋、准备讨伐准部事宜。同年，策妄阿拉布坦死，子噶尔丹策零继立，雍正认为有机可乘，下定用兵的决心。
雍正行乐图
雍正七年（1729年）三月，雍正下令两路进军，讨伐准噶尔。噶尔丹策零闻讯，十分惊恐，马上遣使赴京，声称如果既往不咎，仍愿听从清廷命令，解送逃犯。为此，雍正下令暂缓进兵一年，召傅尔丹、岳钟琪进京商议军情。想不到在缓兵之期的雍正八年（1730年）冬，策零派兵2万突袭西路清军大营，清军损失惨重，岳钟琪回到西路军大营，谎报军情，反败为胜；傅尔丹回到北路军营也不积极备战。
雍正九年（1731年），策零又派大、小策零敦多卜领兵3万，向清军北路大营扑来。傅尔丹有勇无谋，中了策零的奸计，率领1万人轻装冒进，在和通泊与敌军2万相遇，结果，几乎全军覆没。傅尔丹幸免于死，被降为振武将军，以顺承郡王锡保代为靖边大将军。十年（1732年）正月，策零派6000人自乌鲁木齐扰掠哈密，西路军指挥失灵，使敌安然逃回。光显寺之战失败后，噶尔丹策零无力再战，于雍正十一年（1733年）首先提出议和。经几年的征战，清军十余万，胜少败多，人力物力消耗很大，也于同年五月宣布暂停进兵。第二年七月，雍正正式同意议和。噶尔丹策零重新称臣入觐，清政府划定牧区界限，同意他在阿尔泰山西边游牧。此后维持了将近二十年的和局。
雍正西北用兵，调度乖方，几易两路主帅，未能取得预期效果，但对准噶尔部的扩张多少起到了抑制作用，对维护西北地区的安定与统一也有积极意义。
用兵“苗疆”和改土归流
雍正时，清朝政府任命鄂尔泰为云、贵、广西三省总督，在广阔两三千里的“苗疆”（贵州地区），云南东川、乌蒙、镇雄三土司以及云南西南部与缅甸连界的各边地，大规模施行改土归流。鄂尔泰等对各少数民族的土司采取了招抚和镇压两种办法，先后招降贵州苗、瑶各族2000余寨，又缴纳广西土司的敕印和军器2万余件，并在云南设置了普洱府，以便于对西南各族的镇压。
在改土归流的过程中，由于官吏的暴虐和对各族人民的掠夺屠杀，引起了不断的苗民起义。雍正十三年（1735年），台拱苗寨奋勇抗清，一直到乾隆初年才停止，清廷派兵在“苗疆”前后烧毁了苗寨1224座，屠戮苗民达17000余人。
改土归流的主观目的是对西南各族人民进行直接的统治，但也有其积极的一面，它改善了某些少数民族地区落后闭塞的面貌，有利于国内各民族间经济、文化进一步联系，因而也多少促进了少数民族地区社会经济的发展。