一年到头总是被失败的噩耗弄得心焦似火的崇祯接到周延儒的“捷报”，不禁大喜过望，封周为太师——此前大明二百多年里，活着被封为太师的只有李善长和张居正两人。对此，周延儒也感心虚，坚辞不受。
然而纸包不住火，言官们的弹章很快送到崇祯手里。崇祯开始不大相信，也不愿意相信这么一次微不足道的胜利也是他的亲信重臣在糊弄。不久，锦衣卫的特务们终于把周延儒日日饮酒和杀良冒功的情况密报上来，崇祯既怒且悲。
是年五月，保定巡抚徐标进京晋见，他向崇祯报告沿路所见清军掠杀后的惨况：臣自江淮来，一路经行数千里，被攻陷过的城市**然一空，即便没有攻陷过的城市，也仅存四壁城墙。物力已尽，**无余。蓬蒿满路，鸡犬无音，路上竟没见到过一个耕田的人。皇上如果没有人民、没有土地了，如何还能达到天下大治呢？崇祯听了，流着眼泪说：都是诸臣不实心任事，才弄到这步田地呀。
对周延儒的公然欺君，崇祯下令将其罢免。几个月后，孙传庭在潼关进剿李自军的战役中兵败阵亡，消息传到北京，引发了周延儒的政敌们对周的又一轮攻击。虽说孙的阵亡与周没有直接关系，但急火攻心的崇祯太需要一个发泄的靶子。周延儒恰到好处地充当了这个靶子。
当年十一月，周延儒从家乡被押到京城，关押在一座关帝庙里。十二月初九深夜，崇祯下令周自裁。奉旨执行的太监刚念完“自裁”二字，吓糊涂了的周延儒竟转身想跑，但哪里跑得掉呢？太监们强行把周延儒吊在房梁上，气绝后两个时辰，周的身体还是温热的。太监们怕他死而复生，就找来几枚又粗又长的铁钉直接钉进他的脑袋。一代首辅就以这种极其不体面的方式结束了生命。
崇祯即位不到半年时间，就漂亮地剜掉了魏忠贤集团这颗长在帝国心腹之间的毒瘤，消息传出，天下吏民无不欢呼雀跃。人们以为，太监凌驾于朝廷命官之上的时代终于过去了，这位英明的皇上再也不会给太监任何出路了。
然而善良的老百姓再一次一厢情愿了。虽然痛恨魏忠贤阉党的弄权误国，自己却不知不觉也陷入了信用太监从而导致文武官员与太监严重不和的困境，这是崇祯治国的另一令人疑惑和惋惜之处。
带兵打仗本是职业军人的职责和擅事，一支军队应该只有一位最高军事长官，由这位长官直接向朝廷和皇上负责，并有便宜行事的权力，这是最起码的常识。但明代初期就不这么干，为了监视军事长官，每支派出去打仗的部队，往往由皇帝另派一位信得过的太监充任监军。这些太监既不懂军事，更依仗自己是皇帝的亲信而凌驾于将领之上，种种弊端暴露无遗。是故，太监监军制在嘉靖时代一度被废除，但魏忠贤得势后再次恢复。崇祯拨乱反正，监军太监悉数撤除，天下吏民都以为，太监监军的故事在本朝绝不会再有了。但仅仅过了四年，一向对太监没有好感的崇祯竟然恢复了太监监军制，并变本加厉，愈演愈烈。
崇祯再次重用太监，是建立在对文武官员的极端失望和不信任的基础上。他认为太监是自己的身边人，每天都和自己生活在紫禁城中，把他们派出去，如同为自己延伸了耳目。当吏部尚书闵洪学率全体朝官共同上疏反对太监干预军政时，崇祯生气地批评大臣们：“如果你们都能殚心竭力为国效命，朕又何必用那些内臣呢？”
崇祯在位十七年间，曾三次大规模地召募太监，前后新增太监多达一万余人，其人数甚至超过了魏忠贤时代。
令人遗憾的是，尽管崇祯对太监赋予了难得的信任，太监们回报崇祯的却是另一番景致：
崇祯六年（1633）七月，总兵张应昌率军到山西南部围剿农民军，随军的监军太监阎思印却趁机大肆向地方官索贿。汾阳知县费某满足不了这位大太监的胃口，又恨又怕，悲愤中只得投井自杀。
甲申年春天，时局已到了火烧眉毛的地步，崇祯认为可靠的仍然只有后宫的太监。他一面下令各地军政大员率兵进京勤王，一面派出十名太监充任十支部队的监军——这十名备受信任的监军太监中，赫然有阎思印的名字。看来，当年他索贿逼死朝廷命官居然没受到一丁点处分，依然高官任做，骏马任骑。
兵部尚书张缙彦对此坚决反对，他劝崇祯说，如今粮饷中断，士马亏折，督抚之类的高级官员们都因面临危局而打算甩手不干，骤然间给他们派去十个监军，不仅物力供应不足，而且分散事权，冷落了督抚们的心。但崇祯一意孤行，听不进任何反对的声音。
很快，张尚书的预言就得到了证实：被封为定西伯的总兵官唐通接到勤王的旨令后，立即率八千军队奔赴北京。崇祯很高兴，下令奖赏这支来之不易的军队，但赏银只有区区四十两。赏银低得离谱倒也罢了，令唐通完全无法接受的是，崇祯任命宦官杜之秩为其监军。放在平时，唐通对这个从天而降的太监监军，除了忍气吞声地接受，并无他法。然而，此时已非平时可比，唐通深感自己一个堂堂统兵大员，在皇上心中竟然还不如一个端茶送水的奴才，就以寡不敌众为由，提出前往居庸关凭险御敌，从而撤离了北京。等到李自成军队一到，唐通立即投降。具有讽刺意味的是，与唐通一起投降的，就是被崇祯认为忠心耿耿的太监杜之秩。更荒唐的是，李自成兵临城下后，昌平守陵太监申芝秀竟建议崇祯逊位。
当李自成围困北京的炮声刚刚响起时，崇祯思前想后，还是觉得只有太监最令他放心。于是，司礼监秉笔太监王承恩被任命为守城总指挥，提督内外京城。这个王承恩总算给了崇祯一点面子，在大明覆亡的最后时刻，他陪同崇祯一起吊死在煤山。
建都于中国北部的王朝，一旦遭到猛烈的外来打击，只要这打击不是毁灭性的，一般而言，君臣都会采取逃向南方重建偏安政权的策略。最著名的例子，比如北宋为金军所灭，康王赵构南渡，于临安（今浙江杭州）建立南宋，使得宋室江山又得以延长一百多年。
仿佛正是呼应这种历史现象，明成祖朱棣在将明帝国的首都由南京迁往北京时，仍然在南京保留了一套完整的政府机构。南京以帝国陪都的身份得到最后确立，是在正统年间。五府、六部和各院、寺、科、司，甚至太监的各个衙门，南京都一应俱全。各部门的长官和属员在级别上也和北京的相应部门的长官和属员相同，只是没有实权。此外，南京还有一些独立于北京的要职，如兵部的守备、参赞机务，户部的总督粮储，六科中的户科给事中专职管理后湖黄册等。
也就是说，当北京的中央政府危若累卵时，南京保持着一整套政府班子，差的只有一个人，那就是高高在上的皇帝。只要皇帝愿意从北京出狩南京，南京就可以立即成为大明帝国的新首都和新心脏，大明帝国就会照例统治不曾发生过大动乱的南方广大地区，并以此为根据地收复失地。
奇怪的是，崇祯却选择了坐困孤城北京，最后绝望自杀，而没有像一般人都能想得到的那样迁都南京。如果我们简单地把它归结为崇祯是个负责的皇帝，与其逃跑偷生，不如与江山社稷共存亡，这似乎有点过于表面。毕竟，从目前掌握的资料来看，坐守北京而不是迁都南京，于崇祯，实在是不得已的行为。或者说，是他的刚愎自用和傲慢自负、死要面子害了他。
早在甲申年正月初三，当人心动**的北京城仍然沉浸在节日营造的盛世假象中时，左中允李明睿被崇祯召到德政殿议事。崇祯问李明睿有没有行之有效的紧急措施以应变，李明睿要求崇祯屏去左右，低声提出了放弃北京、迁都南京之策。
崇祯不是没有考虑过南迁，然而他是一个虚荣自负的君王，怎肯如此轻易地迁都呢？迁都，于他而言，等于承认他继位十几年来的励精图治完全是瞎扯淡。但心灵深处，他也明白只有南迁这条路才能延续大明江山。于是，听罢李明睿的劝告，崇祯故作姿态地说：此事重大，未可易言。李明睿继续劝说了一番，崇祯这才终于说出心里话：我早想这样做了，只是无人赞襄，所以推迟到现在。你的意见与朕一样，但外边诸臣不从，怎么办？又说，“此事重大，尔且密之，切不可轻泄，泄则罪坐汝”。
当天中午，崇祯第二次召见李明睿，似乎想继续研究迁都之策。但李明睿可能以为圣意已决，就没有再提此事，崇祯自己也不肯首先提出如此没面子的事情，也只好闭口不谈。到了晚上，崇祯忍不住第三次召见李明睿，仔细询问南迁的具体操作细节，李明睿一一作了解答。李明睿还劝崇祯把内帑拿出来作为兵饷，并警告说“若至中途不足，区处甚难”，吝啬的崇祯想把这笔费用算到国家财政头上，李明睿明确表示说国家财政没有钱，“皇上自为宗庙社稷计，决而行之”。崇祯终于完全同意，两人一直谈到二更方散。
那么问题出来了：既然崇祯已经有预谋地和李明睿安排了南迁，为何却迟迟不见行动，直到北京城破呢？
问题在于，好面子的崇祯始终不肯把迁都之事首先提出来开会讨论，他希望由大臣们提出来，然后由他出面否定，再由大臣们固请，他才“不得已”地迁都。这样，他才有机会不去背负丢掉京师的罪责。然而，大臣们早就看清了崇祯的伎俩，如果这时提出迁都，日后追究放弃北京的职责——既然皇上是反对迁都的，那固请迁都的大臣都得吃不了兜着走。在大明江山和自己的身家性命面前，没有人愿意选择空洞的前者。
拖到甲申年二月下旬，左都御史李邦华提出“太子南行，皇上固守”的第二套方案。即崇祯坚守北京，太子南行南京应变。然而这是崇祯最不愿意接受的方案，如果照此方案执行，太子和一帮大臣可以安全而体面地撤离到南京，他却必须死守北京，最后以身殉国。李邦华竟然明说“在皇上唯有坚持效死勿去之义”——崇祯看来，李邦华和一帮赞同此议的大臣简直十恶不赦——做臣子的光明正大地逃跑，却要君王留下来死守。此外，崇祯还有一个担心，那就是一旦有人在南京拥戴太子为帝，他即便没有因守卫北京而死，也只好成为有名无实的太上皇了。也许，唐肃宗在灵武遥尊唐玄宗为太上皇的故事刺激着他，他没法同意这种在他看来完全混账的建议。
但他不能明确说出自己的意见。身为帝王，很多时候都无法明确说出自己的意见，除非是昏君和暴君，而崇祯一向以中兴的明君自居。对此，他言不由衷地说，朕经营天下十几年尚不能济事，哥儿们孩子家做得甚事？先生们早讲战守之策，此外不必再言。于是乎，迁都南京和太子南行两套方案均无疾而终。除了困守北京，坐以待毙，崇祯无路可走。这时候，李自成军队已经打败了山西总兵周遇吉在宁武的坚决抵抗，周遇吉本人在城破后的巷战中被农民军所擒，遭受了乱箭射死的酷刑。他所组织的宁武保卫战，是李自成从西安进军北京途中遭遇的唯一一场艰苦战斗。李自成对周遇吉的抵抗相当头痛，甚至一度想撤回西安。一个月之后，当李自成顺利拿下京城，他对明朝官员感叹：你们朝廷要是再有一个周总兵，我们哪里到得了这里？
就在李自成因周遇吉的顽强抵抗而心生退意时，守卫大同、宣府的明朝总兵姜瓖和王承胤派来联络投降的密使到了。
大喜过望的李自成继续挥师北京，大明帝国危在旦夕。