做完这些，史可法终于可以心平气和地等待清军破城了。
顺治二年四月二十四日，清军赖以攻城的红夷大炮运到了扬州城下，这座富庶而美丽的城市陷入灭顶之灾。清军火炮之猛烈，令守城明军气为之夺：清军试飞一弹，即飞至太守府中。一时间满城骚然，人心惶惶。次日，清军铁骑蝗虫般的从燃烧着的城门洞里冲进城中，史可法知道大势已去，他喝令史德威践其诺言，拔刀将自己杀了。史德威痛哭流涕，不敢仰视，无论如何也不肯下手。史可法拔出腰上所佩之剑打算自尽，他身旁的两个部下一把把他的剑夺下。正在争来夺去，参将张友福率一小股人马赶到，簇拥着史可法往小东门外突围。小东门前，这支小部队与大批清军遭遇，如同驱羊入虎，顷刻间活生生的军士都变成了血肉模糊的尸体。
史可法自度不能脱，大呼：史可法在此，快带我去见你们的主帅。清军俘虏史可法后，把他带到多铎面前。面对多铎这个身材高大的北方汉子，黑而瘦的史可法显得异常柔弱。此时，多铎仍然没有放弃劝降史可法的念头，他说：“前书再三拜请，不蒙报答，今忠义既成，先生为我收拾江南，当不惜重任也。”——我们曾经多次写信招降你，你都不同意，现在你已经尽到臣子的忠义了，降了也不算负国，如果能为我收拾江南局面，我一定会委你以重任。史可法对多铎的招降不屑一顾：“吾天朝重臣，岂可苟且偷生，得罪万世！愿速死，从先帝于地下。”
多铎反复劝说，无奈史可法坚决不从。多铎只好说，你既然要做忠臣，我只好杀了你以成全你。史可法请求多铎不要屠城，但多铎避而不答，“使左右兵之，尸裂而死”。史可法求仁得仁，死无憾耳。然而，扬州这座被称为“游人只合扬州死，禅智山光好墓田”的城市已被这场突如其来的战争折腾得一遍狼藉：四处都是燃烧的民房，倒塌的楼阁，遍体血污的尸首，空气中则交织着血腥味与火药味。
史德威也被清军俘虏，清军要杀他时，他大喊，我是史可法的儿子。于是，史德威被带到了多铎跟前，多铎令许定国“鞫之”。一直关押审问了十多天，才侥幸被放出来。之前史可法交给史德威的遗书，史德威原本藏在一个姓段的商人家里，等他前往段家，段家人已全部死于非命。好不容易，史德威才在破壁废纸中找到了史可法遗书，并带往南京。因此，史可法写给多铎的信，多铎并没有收到。在这封信中，史可法无限伤感地写道：“败军之将，不可言勇；负国之臣，不可言忠。身死封疆，实有余恨。”同时他向多铎请求：“得以骸骨归葬钟山之侧，求太祖高皇帝鉴此心，于愿足矣。”落款则是“大明罪臣史可法”。耐人寻味的是，史可法此信中，并没有对入侵中原的清军加以任何哪怕文辞上的批评，他好像早已经意识到了天道轮回，明亡清兴已成历史定局，而他只不过身为大明臣子，食明之禄，忠明之君，唯有与大明江山一同迅速而惨烈地消逝。能够在消逝之时，博取名垂青史，被列入先贤祠中享用冷猪头，也算不幸中之万幸。
至于史可法的遗体，当史德威在十多天的关押后出来收尸时，由于扬州死者巨多，加上天气炎热，尸体大多腐朽难辨，沮丧的史德威没有找到义父的尸体。次年三月，史德威只得把史可法生前穿过的衣服和上朝用的笏板，埋葬在扬州城外的梅花岭上——今天的梅花岭已成为扬州一个知名的旅游去处，亭台楼阁与绿水碧池中，掩映着史可法的衣冠冢。数十天后，多铎进入南京，下令为史可法修建了祠堂，并“优恤其家”。从两人的信件来往和史可法留给多铎的遗书以及多铎对史可法的回报来看，他们不像是代表两个对立政权的高级领导人，更像是惺惺相惜的旧交。或者说，这是两个心心相印的敌人。多年以后，当乾隆在尘封的典籍中读到史可法的事迹时，仍然大为感动，并用他那工稳而文采全无的乾隆体作诗一首以志之。
扬州是江南的人文渊薮，也是最能体现江南富庶与优雅的城市，早在唐代就有扬一益二的说法，被认为是全天下除了首都以外最重要的城市。晚明时期的扬州，更是富甲天下，是典型的烟柳繁盛之地，温柔富贵之乡。经清军大屠杀之后，呈现出一派可怕的惨况。清军征服扬州期间，一个叫MartinoMartini（卫匡国）的意大利传教士正好在江南一带传教，他记述了大屠杀之后所见到的扬州城：“守卫扬州城市的所有部众，扬州城全部的平民都被清军屠害。所有的房屋和设施亦被清军破坏和摧毁。不久，城市血腥恶臭弥漫，瘟疫流行，城内城外到处都是堆积如山腐烂的尸体。”据谈迁估算，扬州在经历高杰攻城和清军屠城后，死者共计八十万之众。
红桥是明清时期扬州的一个著名去处，它是城市和风景区的界线标志，一条清澈的河流穿行而过，沿河遍植柳树，柳荫掩映着一家接一家的酒馆、茶楼和妓院。晚明时期这里被称为小秦淮，被认为可以和南京**的秦淮河一比高下。诗人陈维崧年轻时曾是那些出没于红桥柳荫深处的潇洒背影之一，许多年后，他又一次来到了扬州，来到了红桥，这时距扬州大屠杀已经过去了二十年，二十年的时光使得扬州重又从毁灭走向繁华。红桥之畔，柳树之侧，依旧美目流盼，醇酒醉人。陈维崧追思这座城市和这座红桥的前世今生，不由感慨万千，写下了这样一首七绝：
十年情绪不曾消，又过扬州第几桥。
小倚曲阑思往事，伤心斜日柳条条。
扬州是弘光政府在江北的最后一道防线，这道防线几乎转瞬间就被清军撕得粉粹。当扬州失守、史可法殉国的消息传到南京，就连最迟钝的呆子也清楚地意识到，史可法所效忠的这个危若累卵的朝廷，它的存在时间只能用天数来计算了。
法王路易十五说过一句名言：在我死后，哪管洪水滔天。那些高居于社会金字塔塔尖的末代君王虽然也判断得出他们赖以生存的社会基座越来越不稳定，但往往仍然一厢情愿地相信，即使大地要陆沉，王朝要覆亡，那也将是在他们纵情享乐过完快乐的一生之后。事态的发展，并不以这些末代君王的意愿为转移。扬州既破，清军突破长江成为随时可能发生的事。这时，弘光开始后悔——不是后悔一年来沉溺酒色，不问政事，而是后悔当初不该听任马士英把自己推到皇帝的宝座上。按他的想法，做一个藩王，同样可以充分而肆意地享尽人间荣华富贵，而皇帝却需要面对大兵压境的窘境。
四月二十七日这天，龙潭驿探马向马士英告急，报告说清军已编木为筏，正在渡江。紧接着又报，清军的火炮只打了一炮，京口的城墙就被打倒了四垛。最后，杨文骢派人报：江中有几只竹筏，怀疑是清军，因而架炮城下，发了三炮，已将敌军的竹筏打得粉碎。——马士英于是将前两位报告军情紧急的驿使痛打一顿，对报喜的杨文骢的使者则加以重赏。
掩耳盗铃或是报喜不报忧，都只能加剧弘光小朝廷的灭亡。五月初一，有人在南京东西长安门的门柱上写了一副讥讽时局的对联，对岌岌可危的小朝廷作了高度概括：福人沉醉未醒，全凭马上胡诌；幕府凯歌已休，犹听阮中曲变。——弘光幽居深宫，只顾饮火酒，玩幼女，政事交凭马士英处置，前线军队一触即溃；阮大铖则只干两件事，一是打击当年与他过意不去的东林党人等清流人士，一是精心创作并导演戏剧。弘光、马士英和阮大铖，这是偏安小王国里职位最高、权力最重的三个核心人物，然而我们看不到他们在形势日危的局面下，有过任何有利于这个国家的努力。学者陈登原总结说，弘光朝主要做了三件事：其一，但修旧怨不体时艰；其二，但知斗争不图团结；其三，贪污遍地，官富民穷，利入私门，权归大姓。“此即一端，已足招亡，而况在枝叶日削之际，当胡马飞来之候。”
清军大规模抢渡长江——说是抢渡，已嫌夸张，驻防长江之上的郑鸿逵和郑彩的水师刚发现清军的战船渡江，立即“扬帆东遁”，于是乎“江南之师，一时皆溃”。巡抚霍达受命带军队前往长江边迎敌，但他还没赶到江边，就狼狈返回，脱下身上二品大员官服，穿上一般士兵的破衣，躲进一只小船里逃往苏州。郑鸿逵的水师在败退丹阳途中，这位曾被弘光政府认为可以守住长江的水师统帅率军大肆抢劫，抢劫之余，再四处放火，以至于丹阳城“鸡犬一空”。
清军渡江之前，马士英从贵州紧急调了一千余人的地方军队增援南京。这样的数量和质量，当然不是为了和清军作战，而是打算当南京不保时作他的护卫之用。马士英向弘光建议迁往贵州，但对弘光这个热爱美酒和美女的君王来说，遥远的贵州意味着至少一年半载的旅途困顿，他拒绝了。钱谦益问他到底何时撤出南京，弘光算了一下，说是等过了端午再走吧——大军压境尚有心情过端午节，这和他除夕之夜不忧国难家仇而忧梨园殊少佳者有异曲同工之妙。
五月十日，南京城大风大雨，中午已过，阖城居民都能清晰地听到清军的火炮声。这天，弘光下了两道圣旨，其一，紧闭南京各城门，缙绅家眷一律不得出城；其二，召集了一支梨园子弟进宫演戏。演戏时，弘光兴致勃勃地和太监韩赞周、屈尚志、田成等人不分君臣地杂坐一起，一边看戏一边喝酒。这场堂会一直持续到晚上二更时分，所有人都有几分醉意时才宣告结束。接下来，弘光带上他的母亲和最宠爱的一个妃子以及几十名宫廷人员，骑马从通济门出城而去。至于文武百官，没有一个人知道他们的陛下在这个初夏的深夜已经弃他们而去。最可怜的是那些几乎没有任何社会经验的宫女，这些除了美丽性感就一无所有的年轻女子，当弘光一行扬长而去后，她们三五成群地逃出宫门，一旦有大胆的男子把她们拉走，对她们来说，反倒是一桩最幸运的好事。
弘光的逃亡生涯仅仅半个月。他先是逃往太平府，但守卫在此的操江伯刘孔昭闭门不纳。不得已，再逃芜湖黄得功营中。黄为四镇之一，他见弘光一行到来，大为震惊，痛哭流涕说：陛下死守京城，臣等犹可尽力，奈何听奸人言，仓促至此，且臣方对敌，安能护驾？其时，四镇之一的刘良佐已降清军，并率本部军马追到芜湖。黄得功闻报大怒，隔着护城河大骂刘良佐，刘良佐暗令神箭手向黄得功射击，黄喉部中箭之后自杀，出逃中的弘光作了俘虏。
五月二十五日，弘光又一次回到了曾有过幸福糜烂生活的南京。只不过，这一次，他不再是这个偏安小王国的最高领袖，而是任人处置的俘虏。弘光被安置在一个没有布幔的小轿中抬进城，沿途百姓要么指着他破口大骂，要么捡起瓦砾向他投掷，羞愧的弘光只得用布包住头，再以一把油扇掩面。是年九月，弘光被押往北京，次年被清政府处死。鲁王监国时，追谥弘光为赧帝。赧者，按《古代汉语词典》的解释，乃是“因惭愧而脸红”。如此江山如此下场，弘光恐怕仅仅脸红一回还是说不过去的。
马士英和阮大铖皆于五月十一日逃出南京，他们的府第分别被愤怒的南京士民捣毁。阮大铖最为富有，家中养有戏子和众多歌姬，树倒猢狲散，戏子和歌姬一时星散而去。马士英逃往杭州后，拥立潞王为监国。此后，潞王投降清朝，马士英被他的家丁出卖，缚送到清军营中。清军没有任何劝降他的意思，因为即便是弘光政府的敌人也知道，搞垮了弘光政府的马士英之流，哪怕愿意归顺新朝，新朝也耻于接纳这样的奸佞。清军处斩马士英后，把他的尸体剥皮实草，“械置道旁，以快公愤”。才子阮大铖的下场要比他的知音马士英好一些，他在逃亡一段时间后及时向清军投降。当清军高级将领们饮宴时，这位江南才子于席间献唱，他优美的弋阳腔令在座诸公纷纷称赞“阮君真才子也”。阮大铖后来死于随清军南征途中。
那位对拥戴弘光有功，并劝说过弘光励精图治的守备太监韩赞周，他和弘光一起作了俘虏。听说将被押往北京时，他趁看守不备，跳楼自尽。
从史可法到弘光，再到马士英和阮大铖，这些南明小朝廷曾经叱咤风云的要人，当其初起之时，天下寄予了他们中兴的希望；然而仅仅一年时间，这些风云人物要么身败，要么名裂，要么身败兼名裂。许多年以后，当后人回顾这段历史时，感叹之余更多的是惋惜。弘光之沉溺酒色，马士英之擅权无能，阮大铖之挟私报复，史可法之志大才疏，凡此种种致命弱点，竟然集中于南明核心领导层身上，与其感叹天意如此，毋宁说是晚明几十年间党同伐异与道德沦丧种下的恶果。
弘光身为帝室之胄，曾经受过良好的文化教育，他本人热爱戏剧和文学，对书法也有一定造诣；然而文化水平的高低并不意味着治国能力的良莠，更无关一个人政治操守和人格道德之宏旨。弘光平时喜欢唐代诗人李山甫的《上元怀古》，经常吟诵。李山甫此诗，是在南京凭吊六朝时作，这时却一语成谶，正好用作后人对南明的凭吊与感怀：
南朝天子爱风流，尽守江山不到头。
总是战争收拾得，却因歌舞破除休。
尧行道德终无敌，秦把金汤可自由。
试问繁华何处有，雨苔烟草古城秋。