然而，顾杲等人没有考虑到的一个严重后果是，甲申之后，阮大铖时来运转，和他的密友马士英一道把持了弘光朝廷的大权。这时，他第一件要做的事就是向当年打击得他抱头鼠窜的复社领袖和东林后裔寻仇。于是乎，连绵不断的党争仍然没有因北京的沦陷和崇祯的凄凉自缢而稍有尽时，它就像大明帝国与生俱来的毒瘤，只有当大明帝国彻底土崩瓦解灰飞烟灭，它才会随之消散。
因此，陈寅恪对《留都防乱公揭》明言批评说：“（阮大铖作《燕子笺》）其痛陈错认之意，情辞可悯，此固文人文过饰非之伎俩，但东林少年似亦持之太急，杜绝其悔改自新之路，竟以‘防乱’为言，遂酿成仇怨报复之举动，国事大局，益不可收拾矣。”
与好友陈贞慧等人相比，侯方域对群起攻讦阮大铖好像缺少更大的兴趣。这可能有两方面的原因，其一，他正沉醉于与李香的幸福爱情之中，据说热恋中的人所看到的世界要更为美好；其二，阮大铖与侯方域之父乃同年，算是侯方域的父辈，侯方域是否因之抹不开情面？当然，二者皆属时隔数百年后的猜想。只是，侯方域没有意想到的是，好友陈贞慧和吴应箕等人驱逐阮大铖的壮举，竟会牵连到自己头上，后来差点致自己于死地。
仍然是1639年的南京。有一段时间，一个姓王的将军主动结识了侯方域，王将军对侯执礼甚恭。每次和侯在一起，都要请侯写诗作文，每次写完，不论写的水平如何，都显出极其喜欢的样子——这算是搔到了才子侯方域的痒处，还有什么比欣赏自己的才华更令才子发自内心地喜悦呢？王将军不仅欣赏侯方域的诗文，且每次过往，都要请侯方域喝酒，并招来妓女侑酒，有时则请侯方域出城登山或是游湖，“积旬不倦”。
侯方域本是公子哥儿出身，历来受人尊敬和追捧惯了，也不觉得为何身为大老粗的王将军怎么会对身为文人的自己倾盖如故，如此礼遇。善于阅人的李香却嗅出了这中间的不对劲，她提醒侯方域说：“听说王将军家境并不宽裕，并不是可以挥霍结交朋友的人，现在这样对你，你为什么不尽早问问他到底有什么事呢？”
侯方域觉得李香说得有理，下一次见面时就如是问王将军。王将军先是不肯正面回答，侯方域问之再三，他才屏退左右，向侯方域如实相告：这都是阮大铖想和你结交。他正被你的朋友陈贞慧和吴应箕等人所诟病，希望能通过你去劝说一番。侯方域把王将军的话告诉李香，李香说：妾因为养母的原因，也认识阳羡陈贞慧，那是一个有高义的人；也听说吴应箕是一个坚贞刚直的君子，他们现在都与公子你交好，你难道能为了阮大铖而有负于他们吗？况且，以公子你的世望，岂能为阮大铖这样的人做事？你读书万卷，难道识见还不如贱妾吗？
李香的一番话，说得侯方域既惭愧又高兴，他“大呼称善，醉而卧”，而王将军则“殊怏怏，因辞去，不复通”。侯方域在李香的劝说下，识破阮大铖欲收买自己为他作说客的企图，此事自然引起阮大铖的强烈不满。数年之后，当李自成于崇祯十六年（1643）攻陷湖北时，负责该战区防务的左良玉引兵退守九江，继而以九江粮尽而扬言将东下南京。左良玉部队纪律极为败坏，南京市民异常惶恐。由于左良玉曾经是侯方域之父侯恂部下，与侯家乃世交，南京兵部尚书熊明遇请侯方域代其父侯恂写信，要求左良玉打消进逼南京的想法。但此事却被阮大铖歪曲并大做文章，声称此乃侯方域邀约左良玉进驻南京。一时间，不明真相者群情激愤，侯方域为了躲避不测之灾，只得逃离南京。
考诸史料，目前所见到的资料都只能证明，侯方域与李香的爱情乃是有始无终——他们于1639年相识相交并相爱，大致也于当年就因侯方域落榜回老家归德而不再有任何往来。他们为何不再往来，史料付诸阙如。不过，他们分手时的一段故事，却是颇为动人的佳话：
侯方域离开南京前，李香在桃叶渡为之饯行。席间，李香为侯方域唱了一曲《琵琶》。李香唱曲之前，对侯方域说：“公子才名文藻，雅不减中郎。中郎学不补行，今《琵琶》所传词固妄，然尝昵董卓，不可掩也。公子豪迈不羁，又失意，此去相见未可期，愿终自爱，无忘妾所歌《琵琶》词也。妾亦不复歌矣！”
李香最擅长演唱的就是《琵琶》，但为所爱者竟将自己的拿手好戏变为绝唱，可见其用情之深。至于她对侯方域所说的公子豪迈不羁，此去相见未可期云云，事实上已隐隐表达出李香对两人爱情即将结束的哀婉。此外，她选择《琵琶》一曲，也大有深意藏焉。《琵琶》即戏曲传奇《琵琶记》，写汉末学者蔡邕与妻子赵五娘的故事，情节多属虚构：蔡邕进京应考，考中后被迫做了牛丞相的女婿，其妻赵五娘弹着琵琶，一路乞讨寻夫到京城，后来终于团圆。陆游曾描写过走村串户的艺人演唱此曲的情景：“斜阳古柳赵家庄，负鼓盲翁正作场。身后是非谁管得，满村听唱蔡中郎。”蔡中郎，即蔡邕——我们似可就此把李香选择《琵琶》，看作她对侯方域的嘱咐，希望他不要做蔡邕，也希望他们的爱情能有个大团圆。然而事与愿违，侯方域与李香自桃叶渡饯别之后，从此再也没有往来。侯方域的作品中，再也找不出描写此后他们交往的只言片语，有的，也是对从前故事的追忆。
桃叶渡是秦淮河上的一个小渡口，至今犹存。坐着画船游秦淮的游人，都会从那个小小的渡口经过。导游绘声绘色的解说里，侯、李二人仿佛才刚刚起身离去。
从南京回到归德，侯方域开始感觉到了落榜带来的压抑和郁闷。虽然科举考试如同万马千军过独木桥，中举者只是极少数幸运儿，但自小就负于文名的侯方域仍然郁闷难平，因而也就写出了前面引用过的《送徐吴二子序》，以相当偏激的语言表达他内心的躁动不安。
这时，李自成大军已经走出了多年来疲于奔命的低谷，开始主动进攻大城市，开封成为李自成军队在河南志在必得的一座城市，而侯方域的父亲侯恂，被朝廷任命为督师，负责救援开封。侯方域以为展示自己才华的时候到了，他向其父进言说：“大人受诏讨贼，庙堂议论多牵制。今宜破文法，取赐剑诛一甲科守令之不应征办者，而晋帅许定国师噪，亟斩以徇。如此则威立，军事办，然后渡河收中原土寨团结之众，以合左良玉于襄阳，约陕督孙传庭犄角并进，则汴围不救自解。”
这自然是一个没有可行性的馊主意，乃白面书生的想当然耳。如果侯恂照儿子的意见办理，非但开封不能救，恐怕他自己的仕途乃至身家性命都将遭遇极大危机。以此观之，侯方域以及他同时代那帮复社才子，虽然相互之间以干材鼓吹，自己也以干材自许，但往往只有干材之名而无干材之实。侯恂是久在官场的资深高级官员，对儿子的意见大为恼怒，他叱责侯方域的想法过于跋扈，不仅不用，还要求儿子尽早离开军营，回老家归德读书去。
侯方域在归德稍事停留后，又一次赶往南京。就在侯方域和李香桃叶渡饯别之后不久，他们的爱情即遭到了一次严峻考验。是时，淮扬巡抚田仰慕李香之名，派人持三百金找到李香，要求一见。但李香鄙薄田仰之为人——田乃马士英和阮大铖一派人物，因谄事阮大铖而得官——便婉言谢绝了。一个社会地位低下的妓女，竟然不买封疆大吏的账，田仰恼羞成怒，认为李香是受了侯方域的指使，才故意让自己难堪，于是致信侯方域，加以切责。侯方域只得回了一封信，这就是侯方域文集中的《答田中丞书》。信中，侯方域一面替自己辩解，说明自己与李香却金拒见毫无干系，一面绵里藏针，对田仰暗施嘲讽。侯方域后来为李香所作的《李姬传》，也以此事结尾。
田仰求见示好，李香婉言谢绝，这一考验准确地说是考验李香，李香也经住了考验；但令人意外的是，此后不久，当侯方域再度前往南京时，他和李香的爱情故事竟然再也没有下文，桃叶渡头依依不舍的情话似乎都只是一场了无痕的春梦。
仿佛是一种象征或暗示，南京城里最重要的建筑、历代科考的场所——江南贡院，竟然与著名的烟花之地秦淮河比邻。是故，晚明之际，“江南风月场的常客中尤以文人骚客为独领**的人物，其间既有贵家子弟、应试学子，又有失意的才士、贬谪的清流。他们纵情声色，流连青楼，一掷千金而不惜，搬演了一出出缱绻缠绵的喜剧和悲剧，以至在时人眼里，不论是自命不凡，踌躇满志的，还是怀才不遇，愤世嫉俗的，若无一段与花魁名姬的艳情，便难以称得上风流倜傥的名士”。
如此的社会风气，使得富庶繁华的南京成了最优秀的风月名都，晚明文人余怀在他的回忆录《板桥杂记》里，感情复杂地回忆起明末南京风月之盛况，让人联想起孟元老躲在临安追忆业已被战火毁灭的东京开封：“秦淮灯船之盛，天下所无。两岸河房，雕栏画槛，绮窗丝障，十里珠帘。主称既醉，客曰未晞。游楫往来，指目曰：某名姬在某河房，以得魁首为胜。薄暮须臾，灯船毕集。火龙蜿蜓，光耀天地。扬槌击鼓，蹋顿波心。自聚宝门水关至通济门水关，喧阗达旦。桃叶渡口，争渡者喧声不绝。”
桃叶渡口争渡的士子中，一定有侯方域的影子。关于他此番重回南京后的生活，史料用九个字作了高度概括：“放意声伎，流连秦淮间。”我们搞不懂侯方域重返南京后，为什么不与一直忠诚于他的李香联系，而是听任这个小巧玲珑的女子从自己的生活中一点点地消失。把它归结为文人的无行，似乎也不无道理。当尘埃落定，侯方域在老家归德回首往事，一次次追悔生命中无法承受之轻时，想必，他也会后悔当年为何把李香如此散漫地抛置一旁。
如前所述，如果我们认定陈子龙乃是有江湖豪杰气质的愤怒青年，那么侯方域则是有纨绔味的风流才子。愤怒青年陈子龙的愤怒在于他把别人的江山社稷看得比自己的身家性命还重，不惜为此抛头颅洒热血，哪怕明知不可为仍然要努力为之；而风流才子侯方域的追悔则在于还可清歌于漏舟之中、痛饮于焚屋之内时，一定会选择清歌至终、痛饮到头才肯罢休。然后，他们回首往事，抚今追昔，既有故国黍离之悲，也有身世浮沉之痛，悲与痛相叠加，那就是永远的悔。
但在甲申之变这场大风暴摧毁明帝国这只破败的巨舰之前，侯方域不会感到悲痛，更不会有任何追悔。那时候，他只是秦淮河畔一个千金买笑的风流才子。侯方域在秦淮畔到底过着怎样自由适性的幸福生活，可惜他的诗文并无翔实记载，倒是与他同代的另一位风流才子张岱，在他晚年的回忆录《陶庵梦忆》中，不无炫耀地描写了甲申之变前他与友人们的一次集体狎妓泥饮的盛况：
崇祯七年闰中秋，仿虎丘故事，会各友于蕺山亭。每友携斗酒、五簋、十蔬果、红毡一床，席地鳞次坐。缘山七十余床，衰童塌妓，无席无之。在席者七百余人，能歌者百余人，同声唱“澄湖万顷”，声如潮涌，山为雷动。诸酒徒轰饮，酒行如泉。夜深客饥，借戒珠寺斋僧大锅煮饭饭客，长年以大桶担饭不继。
侯方域在秦淮烟水间的幸福生活倒不一定如张岱这般场面宏阔，但自然亦有它的浪漫、奢侈和颓废。侯方域如此纵情声色，即便是他同样热爱诗酒生活的朋友们，也为之担忧：就在侯方域离开父亲侯恂军中前往南京不久，侯恂即因受党派之争而下狱。远在南京的侯方域却不以为意，“侑酒，必以红裙”。黄宗羲深感不安，对朋友说：“朝宗之大人方在狱，岂宜有此？吾辈不言，终为损友。”朋友们都认为黄宗羲说得对，力劝侯方域，但侯方域依然沉醉在秦淮河的香风艳雨中不可自拔。其情其景，颇似孟元老在《东京梦华录》序言里对当年沉醉于歌舞升平之中，却不知大祸将至的开封士人的感叹：“正当辇毂之下，太平日久，人物繁阜。垂髫之童，但习鼓舞，班白之老，不识干戈……花光满路，何限春游？箫鼓喧空，几家夜宴？伎巧则惊人耳目，侈奢则长人精神……暗想当年，节物风流，人情和美，但成怅恨。”
世上没有不散的筵席，如同繁华富庶的开封最终注定毁于女真人的铁骑一样，侯方域和秦淮河畔的幸福生活也将于1645年南京陷落时拉上帷幕。此后，侯方域辗转江湖，几次险遭不测，幸好有惊无险，最终和他的父亲侯恂一起回到了故乡归德。
十余载后，侯方域还会来到南京这座与他有着太多干系的城市。只不过，时过景迁，旧时的繁华已成过眼云烟。秦淮河上，依旧桃红柳绿，但他已不复青年时的浪游。他更像一个被往事追赶的老人，“风飘烟散，力已如斯，而江山之恨，禾黍之悲，从可识矣”。
归德就是今天的河南商丘，历史上的商丘远比今天更重要。这座地处中原的重镇，侯方域在他的文章里，常常用雪苑这个美丽的名字作为它的代称。在侯方域的记忆中，归德是一座繁华而讲究的城市，这里冠盖云集，歌舞升平，“余因有感于雪苑盛时，乌衣朱桁，门第相望”。
然而，经过农民军和清军几度**的归德，早已不是侯方域记忆中的形象，纵然是曾令侯方域为之感叹复加艳羡的归德最为华丽的沈氏家族，曾经“尤以文采自命，为豪举，辇千金三吴，招呼伎乐如江生者，皆衣轻纨，歌《子夜》，暇则鸣珂走马，富贵儿竞而效之，南邻北壁，钟鼓不绝。如此者遂历三纪，识者以为雪苑风气，于是尽矣”，此时却已是“向之门第相望者，或存寡妇弱儿，或遂展转灭没，不知其姓氏”。
在归德，他与一位叫吴清的老艺人重逢了。这位年已六旬的艺人，甲申之变前曾是归德一带的大明星，也是沈氏家族的座上客，他回忆起当年的荣华富贵时说：“人擅《白雪》，每发一声，则缠头之赠，金钱委积。”——只因唱一曲《白雪》，便可获得大把大把的金银。然而经此巨变，不仅江山易主，吴清也从一个有地位有身份的明星，成了一个“须髯白如丝，贫无依倚”，只得为一个姓陈的将军教其家中小戏班以糊口的朽木之人。当吴清向侯方域说起前尘往事时，忍不住呜咽泣下，沾襟不止。其情其景，让人联想起经历了安史之乱的杜甫在江南重遇皇家首席音乐家李龟年的故事。
归德有一座叫郑氏东园的园子，是当地的名胜之地，在明末清初短短的三十三年间，竟然三度易主。侯方域少年时曾多次前往游历，园中有从江南移栽过来的水仙，“吾郡人得之，多置洁室几案间，而郑氏园为最盛”。崇祯十五年（1642），李自成军队攻陷开封后，归德也为农民军所占，遍布园中的水仙，竟然成为战马的草料，郑氏东园也沦落为农民军的马圈。从士大夫分咏作诗的园林，到农民军养马的马圈，其间的落差不仅暗示了那个时代天翻地覆的变化，也预言了身处其中的文人，将会辛酸地体悟到生逢乱世的苦痛和悲凉。
晚年的侯方域不复青年时期的快乐与放纵，国祚已移，江山已覆，作为前朝高官的子孙，他的痛苦显然要超过寻常百姓。顺治八年（1651），迫于来自清政府的巨大压力，侯方域不得不参加了河南乡试，举第一，但主司者听信妒嫉之辞，将他列入副榜。时人和后人都认为这是侯方域的失节之处，其实，设身处地替侯方域想想，就会觉得他这是不得已而为之的行为——他既然不能像愤怒青年陈子龙那样慷慨死节，那么就只能用这种虚与委蛇的方式保全自己于乱世。
至于李香的下落，正史对这种风尘女子，向来不屑提及，考诸野史，倒是有一条线索：李香与侯方域分手后不久，即于南京栖霞山葆贞观出家为尼，死后葬在葆贞观附近的桃花涧。
岁月易逝，当孔尚任循着当年的历历往事追溯到南京时，侯方域和李香的爱情已经是半个多世纪以前的故事了。“借离合之情，写兴亡之感”，孔尚任在杀青于十七世纪最后一年的《桃花扇》中以夫子自道的方式说明了他的写作宗旨。在这位才华横溢的剧作家虚构的剧情里，度尽劫波的侯方域和李香君再次相逢了，当他们正互诉衷肠之际，道士张瑶星却把作为他们爱情象征的桃花扇一把夺过，扯烂后掷之于地，并怒喝道：“呵呸！两个痴虫。你看国在哪里，家在哪里，君在哪里，父在哪里，偏是这点花月情恨，割他不断么？”醍醐灌顶的当头棒喝声中，侯李二人大彻大悟，侯方域拜丁继之为师，往南山修道；李香拜卞玉京为师，去北山修道。
《桃花扇》上演之时，不少经历过甲申之变的遗民还健在。当然，岁月无情，他们已从甲申前后的青春少年，被时光改写成风烛残年的垂垂老者。一片笙歌声中，遗老们掩袂独坐，常常忍不住黯然泪下。然而，天崩地坼的大变革已然发生，又岂是几滴遗民的辛酸之泪能追挽得回的？纵然是孔圣人的嫡系子孙，孔尚任也没法给身陷王朝更替之际的文人指出一条明确的大路，因而，这位大戏剧家才不得不把他笔下的主人公侯方域和李香的结局草率地安排为出家修道。至于这出家修道，到底是解脱还是逃避，到底是宿命还是偶然，留给孔尚任这样的来者的，仍旧是一派烟水般的迷茫。