当天午后，前锋将柴存进入长安。唐朝金吾大将军张直方带了数十名文武官员，到霸上迎接黄巢。黄巢乘一辆金装肩舆，左右随从，披着长发，发上扎了红绸，手执兵刃，身披绵绣，团团簇拥着他。军队人强马壮，轻重车辆充塞道路，千里不绝，浩浩****地进入京城。
大齐金统皇帝
广明元年十二月十三日（881年1月16日），含元殿上战鼓咚咚，这是黄巢即位的乐声。接着，他登丹凤楼，宣布赦书。新政权国号大齐，改元金统，任尚让为太尉兼中书令，赵璋为侍中，孟楷、盖洪为左右仆射兼知左右军事，崔璆、杨希古为同平章事。
金统二年（唐中和元年，881年），凤翔节度使郑畋纠合西北各镇，反攻长安。四月初五，义军主动退出长安，宿营霸上。唐军先头部队进了城，大肆掳掠。城中的反动分子也活跃起来，有的帮唐军作战，有的浑水摸鱼，跟着官兵抢劫。义军乘此机会，由孟楷统兵，重入长安，杀死唐将程宗楚、唐弘夫等，把入城部队消灭了八九成。四月初十，黄巢回到长安，对城里的反动分子进行了一次镇压。
大齐金统政权建立了，郑畋指挥的反攻被击退了。黄巢领导的义军取得了伟大的胜利，然而他没有料到，胜利正在偷偷地从他手里溜走。
黄巢进了首都，没有乘胜追击，彻底消灭唐朝中央政府；组织新政府以后，又没有进一步考虑应该实行哪些措施，来巩固斗争的成果，实现原先的远大蓝图。从当时的情况看，他是把攻占长安、组织政权看作大功告成，可以坐待各方面的归顺。在巨大的胜利面前，他眼花缭乱了，有些陶醉了。
唐政府乘此机会整顿改组了它的阵线。唐僖宗到了兴元（今陕西汉中），便发布诏令，号召天下藩镇出兵镇压义军。他到了成都，情势安稳了，更可以在那儿发号施令。
长安刚陷落的时候，许多地方军政长官惊慌失措，确有一些人表示愿意降齐，连那个郑畋也用诈降为缓兵之计。黄巢真的缓了兵，过了三个多月，形势大变，郑畋便联合各镇，反扑过来了。各地方的节度使，由于阶级的对立，在反黄巢这一点上，态度一致。分散的力量逐渐联合起来，向长安采取围攻的姿态。
在义军这一面，军事地位由主动变成被动了。这是“流寇主义”造成的恶果。
多年以来，黄巢转战南北，避实击虚，使唐军防不胜防，取得辉煌的胜利。天下各地，多的是受苦难的农民阶级兄弟，义军不愁兵力得不到补充。地主阶级中一些找不到出路的人才，见义军强大了，也会前来投效。流动作战正像滚雪球，愈滚愈大。在这个地区因“气候”不利而缩小了，滚到另一个地区去，又会迅速地扩大。至于给养粮饷，因为到处都有府库仓廪和豪富的资产可以没收，加上人民的输纳，决不会感到缺乏。这些是流动作战的好处，应该承认。但是进入长安以后，情况变了，这些有利条件统统消失了。
起义军一向没有注意巩固占领的地区，军队前进，就把占领的城市乡村都放弃了。这在初期，力量不足，无法固守，是不足为奇的。到了南方，由于要北上推翻唐政府，势难留兵岭南，这也合情合理。但是到渡江北上之后，取而代之的时机已经成熟，还不考虑这个问题，实在是个致命的错误。黄巢进了长安，所有不过关中的小部分，连东都洛阳也不在手里。于是一系列的问题都出现了。
首先是变成了挨打的目标。以前唐军处处设防，黄巢以全军击其一点，常占优势。如今坐守长安，遭受围攻，陷入了被动地位。
其次，兵源、饷源都没有了来源，出现了严重的粮荒。义军守着长安，失掉了与广大农民群众的联系，休说没有土地来满足士兵和农民对土地的要求，连兵源也丧失了。关中地区，由于长期受唐朝统治者残酷的榨取和剥削，生产凋敝，向来苦于粮食不足。义军数十万之众云集于此，粮食问题实难解决。加以唐朝军队在长安外围肆行掳掠，使这一带人口流散，土地荒芜。长安孤城，益发难以维持，粮价曾涨到3万文一斗，数百倍于晚唐的正常价格。在这样的情况之下，义军的力量就大大地削弱了。
另外，情况困难了，义军内部的裂痕也出现了。黄巢部下将领，能够不屈不挠，坚持斗争到底的，很难举出什么人来；反之，在危急之际，投到敌人阵营中去的，却不少。这很可能是因为闯**江湖的人多，真正从贫苦农民出身的少；顺利时一同打天下容易一致，艰难时肯力战牺牲的就不多了。我们对于许多人的早期情况不清楚，不好具体分析。但是朱温的经历，文献上比较清楚，他可以算做一个代表人物。此人出身贫苦家庭，却从小不肯劳动，游手好闲，是个泼皮无赖。他会有一定的反抗性，但更富于投机冒险的习性。这种人以参加起义始，以叛变投降终，一点也不奇怪。
金统三年（唐中和二年，882）九月，朱温叛变，在军事上给敌人打开了缺口。当时朱温驻兵同州（今陕西大荔），独当一面，负屏障长安的重责。不料他见义军声势渐衰，又与孟楷有点矛盾，竟降了唐朝。唐僖宗知道了，喜出望外，赐了一个名字，从此改叫朱全忠。
金统四年（唐中和三年，883年）的春天，义军陷入了苦战的局面。同州梁田坡一役，伤亡数万，大将赵璋战死。接着华州等据点失守，长安屏障尽失，坐守危城，势必覆没。黄巢不得已于四月初八晚上，撤出长安，由蓝田关入商山，望东而去。
黄巢进长安，弃长安，都没有什么破坏行动。唐军进了长安，烧杀抢劫，无所不为，宫室民居，绝大部分都遭破坏，壮丽的长安城几乎变成了一片瓦砾场。后来唐僖宗虽力加修缮，然而旧日的面目，一直没有完全恢复。
退出长安
黄巢没有继续进取，打下的城池也大部放弃了，因此大齐政权局促在东起潼关，西到龙尾坡，北自同州（今陕西大荔），东南到商、邓的狭小区域内，长安处在官兵的四面包围之中，粮源非常困难。
黄巢不断遣使到河中（治所今山西永济蒲州镇）征调粮食，当地吏民不胜负担，降将原唐河中节度使王重荣乘机叛变，杀了大齐使者。黄巢命驻防同州的大将朱温和驻守潼关的兄弟黄思邺合兵击河中，没能取胜。王重荣与举军入援关中的义武节度使王处存结盟，在渭水北岸安营扎寨，虎视长安。西面的唐凤翔节度使郑畋一面由幕僚修表表示归顺大齐，一面加紧挖城堑，筑工事，修兵器，训练士卒，收集数万禁兵，密约邻道合兵凤翔，准备反扑。中和元年（881年）三月僖宗在成都任郑畋为京城四面诸军行营都统，命他传檄天下藩镇合兵勤王，围剿大齐。
四月五日，官兵发起进攻。黄巢见官兵来势汹汹，兵多将广，主动率军撤出长安，露营霸上。唐将程宗楚、唐弘夫、王处存相继突入长安城。他们怕他镇得知赶来分功抢利，所以不报告郑畋，在城中纵兵出入民宅，大抢大杀，**妇女。城中恶少流氓也乘机扮成官兵，浑水摸鱼，打家劫舍。城中一片乱糟糟。
黄巢得到情报，立即组织反攻。大将孟楷率兵从各门攻入，在城中与官兵展开激烈巷战。官兵都背负着抢来的财物，行动大受影响，被杀得片甲不留，十成中死了八九成，程宗楚、唐弘夫战死，只有王处存率残兵逃出。十日，黄巢第二次进入长安，忙着接受诸将所上尊号“承天应运启圣睿文宣武皇帝”。这次，他还犯了偏执的错误，他恨长安居民帮助官兵，为了报复，纵兵屠杀，流血成河。这注定了他最后在长安城待不下去。自此，大齐形势日益险恶。
年底，李克用率4万沙陀兵到达同州。沙陀兵骁勇好战，一到即战，中和三年（883年）初在沙苑大败黄揆。二月，沙陀兵会同河中、易定、忠武镇兵，在梁田坡与尚让所率15万大齐军激战，整整打了一个下午，大齐军被打败，伤亡数万，伏尸30里。
李克用乘胜不断推进，连连得胜，进屯渭北。四月三日，李克用与黄巢一日三战，黄巢没有后援，官兵却源源不断增援，黄巢大败。八日，李克用打进长安。黄巢力战，抵挡不住潮水般涌进来的官兵，烧了宫室，弃城撤走。黄巢走兰田道入商山，沿路边撤边故意把金银财宝丢撒在路上，追赶的官兵见了，争先恐后抢拾，无心紧追。于是黄巢摆脱了追军，平安退入河南。
丧身狼虎谷
黄巢退出长安时，有兵18万人，战斗力仍很强劲。如果他能认真总结经验教训，用己之长，击敌之短，仍旧可以大有作为。可惜他到了河南，就犯一个战略错误，硬打陈州（今河南淮阳）300天之久，结果遭到重大的挫折，并且导致了失败的结局。
事情是这样的。孟楷率领先头部队先遭陈州刺史赵秾袭击，被俘牺牲。黄巢大怒，集结主力，围攻陈州。在感情冲动之下，他忘了利害，犯兵家大忌，屯兵坚城之下，不顾一切地猛攻。
日子一久，兵力疲乏，河南连年饥荒，粮食也非常缺乏。唐乘机集结援军，准备在陈州附近打一次歼灭战。金统五年（唐中和四年，884年）五月初，黄巢被迫解围，引兵北上，在中牟（今属河南，在郑州、开封间）被李克用袭败。尚让带了一部分队伍，投到徐州节度使时溥那里；另外一些旧将，逃往汴州（今河南开封），投奔朱温，后来都成为朱温部下的大将。
黄巢率余部东走，连遭追兵掩击。六月十七日，黄巢和兄弟黄邺、黄揆、外甥林言等，退到泰山狼虎谷（在今山东莱芜境），力竭自杀（一说使林言代杀）。林言持黄巢弟兄的首级，带了黄巢的家属，投往时溥，也为追兵所杀。轰轰烈烈的持续十一年之久的农民大起义至此结束了。