五
伯颜一去，卜答失里此时已是孤掌难鸣。皇帝的羽翼更为丰满，随后便开始了大规模的清算。
这一天，年轻的皇帝约集了一干心腹及文武大臣。但见他着一身金黄色的蒙古式皇袍端坐于朝堂之上，面向众人大声说道：“如今逆臣伯颜已被放逐，一干爪牙也被清算，但朕还有一桩大事，要跟众卿商议。”
众人一致高声道：“请陛下明示！”
虽然满朝文武早已风闻有御史台大臣上奏说文宗害死了明宗，且“太皇太后非陛下生母，乃陛下婶母。前尝推陛下生母（指嫡母八不沙）堕烧羊炉中以死，父母之仇不共戴天”，但皇帝还是要走走这道程序。他一面说着“把他们都领上来”，一面让人把太皇太后卜答失里请了进来。
被侍卫领进来的正是文宗临终时在场的内监，他们一个个磕头如捣蒜，并争先恐后地如实向众大臣讲述了文宗弥留之际悔悟的情景。这边吵嚷声刚有所低缓，那边头戴姑姑冠、身着泥红色后妃袍服的卜答失里就已经进入了大殿，见此情此景，她不禁流下泪来。
皇帝竭力忍住眼泪，走下御座随同众臣向卜答失里行了大礼，然后厉声问道：“太皇太后，今日您当着众卿的面，说说奴才们所言是否属实。”
卜答失里含泪不言，以手掩面，示意贴身宫女呈给皇帝一件东西。皇帝看后不禁大吃一惊，原来是文宗真正的遗诏，其中明确提到了要立作为明宗长子的妥懽帖睦尔为帝。
文武大臣们知道了遗诏的内容之后，纷纷装出一副哗然的样子。皇帝挥了挥手，示意大家安静下来，并且将卜答失里礼送出了大殿。
早已打好了腹稿的谏臣见太皇太后离去，立即上奏道：“燕帖木儿等皆社稷罪人，理应从重议处，以彰天理；文宗放纵小人，听信谗言，残害手足，铸成大错，当撤其宗庙，诉之家法；至于太皇太后更是错上加错，其阴构奸臣，僭膺太皇太后之号，离间骨肉，罪恶尤重，揆之大义，当削去鸿名，废为庶人；太子虽无大过，然究为文宗之子，亦理当放逐蛮荒……”
一些蒙汉大臣附议，皇帝便朝向头戴笠帽、身着蒙古式官服、英气逼人的脱脱，想要听听他这位功臣的意见。脱脱上奏道：“太皇太后有拥立之功，太子在前番勤王事上也有勋劳，愿陛下从轻发落。”实际上，脱脱是不希望元廷内部再这样互相残杀下去了，不如宽大为怀，为将来树立一个好的榜样。
皇帝虽然年轻，但他已经明白了“不恃人不欺吾，恃吾不可欺”的为君之道。脱脱系此次夺权行动的元勋功臣，按理说该给他这个面子。可皇帝担心若从轻发落，难保卜答失里一党不会死灰复燃。更让他不可不防的是，假如哪天脱脱成了伯颜第二，欲勾结卜答失里、燕帖古思一党行废立之举，那时又将如何是好？
思之再三，皇帝不免语带怒气道：“爱卿宅心仁厚，朕已知悉！只是那毒妇对朕本就没安好心，何况她待朕纵然再好，也是私情，而她加害了父皇与母后，就是国法、人情所不容了！”
既然皇帝定下了这个调子，众臣中便多有站出来请求严惩卜答失里的。经过一番踌躇，皇帝下诏撤去了文宗的庙主，又将贬为庶人的卜答失里迁徙至大都东面百里处的东安州安置，太子燕帖古思则被废黜并放逐高丽。为免夜长梦多，在几个心腹近臣的劝说下，皇帝不久后又秘密下诏将卜答失里给赐死了。卜答失里死时，时年三十四岁。
这些事情都完成以后，皇帝便改年号为“至正”，并任命脱脱为中书右丞相，总理朝政，开始了一系列拨乱反正、兴利除弊的工作，以挽救岌岌可危的大元帝国。
元世祖忽必烈抱着反感、草率的态度，一度斥责“科举荒诞”，乃至于长期罢废科举。直到仁宗延祐元年（1314），科举才得以在大元帝国正式推行开来。
到了文宗天历二年（1329），朝廷立奎章阁，置学士员，领艺文监，一批文儒之士，如欧阳玄、苏天爵，被延揽入阁；又仿唐《六典》之制，撰修卷帙浩繁的《经世大典》。次年，元廷下诏修建曲阜孔庙，加封孔子父母，并封颜子为兖国复圣公、曾子为郕国宗圣公、子思为沂国述圣公、孟子为邹国亚圣公、程颢为豫国公、程颐为洛国公。
种种兴文崇儒的举措，给士大夫阶层带来了久违的喜悦，也令他们逐渐在信仰、情感与文化层面对元朝的统治产生了较深的认同感，这大大巩固了元朝的正统和秩序。无奈后来伯颜等人倒行逆施，又伤害了一大批士子的心。
脱脱将这一切看在眼里，居中书右丞相位后便立刻恢复了被废除多年的科举。至正二年（1342）三月，皇帝效仿唐朝殿试与宋朝制科，亲试进士达七十八人。尽管皇帝本身学问欠佳，但其展现的积极态度，一时间为士林所称颂。
其后便是加强文治，元廷遴选了儒臣欧阳玄、李好文等四人在御前进讲，这也是仿照两宋以来尊师重儒、讲求治道的优良风气。此外为总结前朝成败得失，脱脱等人还修纂了宋、辽、金史。从至正三年开工，到至正五年，近千万言的“三史”修撰完工，尽管因进度太快影响了三部史书的质量，但聊胜于无。
为立制度使国有章法可循，脱脱又奏请修纂《至正条格》颁行天下，意在改进元朝的法规。
经过这一番不懈的努力，“脱脱更化”的盛誉传扬开来，一时间士林称誉、人心振奋！
吴直方在脱脱决策时一直起着较为重要的作用，脱脱对吴先生的建言也可谓无有不从。但吴直方毕竟是一介直臣，在元廷激烈的权力倾轧及独特的制度格局中，也无可奈何。