同年三月，吴三桂匆匆在衡州称帝。八月十七日，吴三桂病死。其孙吴世璠继立，部下军心涣散，大部降清，吴世璠退出湖南，回兵四川，后退兵贵州、云南。
康熙二十年（1681年）九月，逆首吴世璠在被围9个月后于昆明自杀，余部出降，为时八载的三藩之乱至此平息。
平叛后，康熙先后撤去三藩建制，就地就近安排藩属，将三藩内的选任官员大权收归中央，这对清除藩镇时所留积弊和加强国家统一、促进经济发展扫清了障碍。
平定三藩之乱的同时，康熙便着手东南沿海，将目标对准郑氏所据台湾、澎湖。最初，康熙以招抚为主，不断派遣使臣前往台湾，但郑经却在前后五次和谈中不断附加条件，或提出以漳、泉、潮、惠四府为交换，或坚持以海澄为双方往来公所，或要求郑军粮饷由福建供给，欲形成割据之势。
康熙十八年（1679年）正月，康熙见招抚毫无进展，便恢复福建水师，积极准备攻取金、厦。后经福建总督姚启圣一再担保，康熙力排众议，任命施琅任福建水师提督，并在关键时刻放手支持施琅的渡海计划，授施琅专政大权，令总督姚启圣为其催粮，为日后收复台湾奠定了基础。
收复台湾的功臣施琅
康熙二十一年（1682年），施琅收复澎湖、台湾，接纳郑氏投降。清廷出兵征剿未到二年即统一台湾。后来，康熙在施琅等人的建议下，在台湾建置，派驻重兵，台湾正式纳入大清版图。
雅克萨之战与东北边疆的巩固
康熙十五年（1676年）起，俄国沙皇又将侵略扩张推进到了一个新的阶段。俄国侵略军以尼布楚和雅克萨为据点，分两路继续向我国境内深入。
康熙密切注视沙俄的行动，曾致书沙皇，要求其迅速撤回其侵略军。但俄方置若罔闻，继续盘踞尼布楚、雅克萨及额尔古纳河流域，并不断向黑龙江中下游流域进犯。到康熙二十一年（1682年），俄军已到黑龙江下游赫哲族人居住处进行抢掠，其势力渗透到了黑龙江下游至海边的广大地区。
康熙深深吸取顺治朝抗俄的经验与教训，先派人侦察敌情，了解沿途水陆交通，并积极准备调兵永戍黑龙江，一旦时机成熟，驱逐侵略者后长期戍军，将反侵略与巩固边防结合起来，避免此进彼退，或此退彼进的局面发生。
黑龙江流域是清代“中国统治民族的故乡”。俄国侵入满族的“龙兴之地”，严重地威胁到国家的领土和清王朝的安全与威信，在一系列外交途径都无效的情况下，清朝决定以战争来保卫国土。康熙二十四年（1685年）二月，康熙帝下令由都统彭春、副都统郎谈、班达尔沙、黑龙江将军萨布素等统兵，水陆两路进取雅克萨。四月清军自瑷珲出发，六月二十三日到达雅克萨城下。清军首先派三名俄俘给俄军守将托尔布津带去一封康熙致沙皇的信件和一份统帅彭春给雅克萨俄军的咨文，谕其自行撤回雅库次克，以彼为界。俄国恃强负固，置若罔闻。二十五日晨，一支俄军从上游乘筏赶来增援，被清军全部歼灭。当晚，清军从城南、城北两个方向攻城，经过彻夜激战，俄军死伤累累。次晨，清军又在城下三面积柴，准备焚城。托尔布津走投无路，派人到清营乞降，保证决不重来雅克萨。彭春将俄军“愿归者600余人并其器物，悉与遣归”，45人愿留中国，也准其所请。被俄军侵占达二十年之久的雅克萨，至此遂告克复。
清军克复雅克萨之后，却没有在这里设兵防守，只是放火烧毁堡垒，而后撤回瑷珲等地。托尔布津逃出雅克萨不久，就遇到了两支赶来增援的部队。当探知雅克萨的清军已经全部撤离以后，托尔布津遂统率俄军于八日窜回雅克萨，重建城堡。
康熙二十五年（1686年）初，清朝得到俄军重占雅克萨的消息，极为愤慨。三月，康熙帝下令征讨。六月底，清军二千余人从瑷珲出发，七月十八日，水陆两路会师于查克丹，逼近雅克萨城。清军仍然首先写信给俄方，令其主动撤退，但俄方未予回答。于是，清军猛烈攻城。九月，托尔布津被清军炮火击中，重伤毙命，拜顿继任为统领。不久，严冬来临，俄军困守孤城，饥病交加，死者枕藉。
1688年，俄国政府正式任命戈洛文为全权大臣，负责同中国谈判，九月七日，《中俄尼布楚条约》正式签署。《尼布楚条约》是中俄两国在平等基础上签订的第一个条约。整个尼布楚会谈是严格地按照对等原则安排的，两国在尼布楚地区的兵力大体相当，参加谈判的人数相等。双方代表都在各自政府事先指示的范围之内进行谈判，最后签订的条款也没有越出两国政府愿意接受的范围。条约明确划定了中俄两国东段边界，肯定了黑龙江和乌苏里江流域的广大地区是中国领土，使中国收回了部分被沙俄侵占的土地，安定了东北边疆。同时，中国也将贝加尔湖以东尼布楚地区让与俄国，把乌第河流域划为待议地区，使俄国巩固了一定的侵略利益。中国同意通商，也使俄国达到了扩大中国市场的目的。
雍正皇帝戎装大阅图
亲征噶尔丹统一蒙古各部
康熙即位前后，游牧于伊犁河谷的准噶尔部日益强大起来，以后更是控制了河西走廊以西、天山南北，伊犁河下游的哈萨克族等地皆为所据，并不断干扰漠北，严重危害清朝的统一和边疆的安宁。
当康熙集中精力经营东北事务的同时，居住在天山北路漠西蒙古的封建大领主噶尔丹乘机叛乱。康熙十六年（1677年）噶尔丹乘中原发生三藩之乱之机，出兵袭击西河套的和硕特部；第二年又乘“回部”内部教派之争攻取天山南路叶尔羌等回部各城，并侵占哈萨克、布鲁特等地。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹借土谢图汗贸然杀死其弟等为口实，出兵喀尔喀左翼诸部，时值俄军在贝加尔湖镇压蒙古人民抗俄斗争，土谢图汗在包围楚库柏兴与俄军对垒之时，噶尔丹突然从背后袭击，土谢图汗两面受敌，屡战失利。当年九月，土谢图汗与其弟哲布尊丹巴请求清廷保护，康熙立即批准。将其诸部安置在苏尼特、乌珠穆沁、乌喇特诸部牧地，并谕旨噶尔丹要求居中调停。但噶尔丹拒绝康熙调停的建议，一再向清廷索要土谢图汗和哲布尊丹巴，均遭康熙拒绝。康熙希望用和平的方式调整蒙古各大小部之间的矛盾，以牵制噶尔丹，但都未能奏效。
康熙二十九年（1690年），噶尔丹率军2万余人，以追歼喀尔喀为名，大举南犯，深入内蒙古的乌珠穆沁。康熙派署理理藩院尚书阿喇尼、兵部尚书纪尔他布率领6000多蒙古骑兵，前往阻击，结果失败。噶尔丹初战获胜，气焰更加嚣张，进一步往内地深入，逼近乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗南），距北京仅700里。康熙忍无可忍，决心利用噶尔丹的骄傲轻狂打一场围歼战。
平定准噶尔图卷
康熙采取分兵合击的战略，命裕亲王福全（康熙之兄）为抚远大将军，率左翼清军出古北口；命恭亲王常宁（康熙之弟）为安北大将军，率右翼清军出喜峰口。
康熙虽未亲征，但在福全等人出发后几天，便以“巡幸边塞”为名启程北上，意在亲临反击战前线，起到实际指挥作用。可惜的是由于水土不服而不得不撤回，将大权交给了其皇兄及皇长子。
噶尔丹骄横无比，得知清军军事布置后，也不畏惧，提前在乌兰布通摆好阵势，“依林阻水，以万驼缚足卧地”，构成“驼城”。康熙二十九年（1690年）八月初一日，清军向乌兰布通推进，用大炮猛轰驼城。很快，噶尔丹的驼城被攻破，便溃不成军。清军乘势进击，大败噶尔丹军。噶尔丹率1万多人乘夜突围逃遁。清军前线主师福全惧战、妥协，未能乘胜追剿，致使噶尔丹逃逸，留下后患。
康熙三十四年（1695年）十月，噶尔丹率骑兵3万，沿克鲁伦河而下，向东进攻，再次挑起战火。康熙决心消灭噶尔丹势力，命萨布素率东三省军队，沿克鲁伦河进剿；大将军费扬古出宁夏西路，断其归路；康熙亲率主力，由独石出中路。康熙三十五年（1696年）四月，三路大军并发。已进入克鲁伦河流域的噶尔丹，得知康熙亲率大军前来征讨，吓得连夜西逃。费扬古率军早先截断其归路，在古战场昭莫多一带设下埋伏，专等噶尔丹的到来。费扬古采用“以逸待劳”、诱敌深入的战术，把噶尔丹叛军诱入包围圈中，给以迎头痛击，从午至暮，斩杀叛军3000余人，大败噶尔丹。噶尔丹之妻阿奴勇猛善战，率队冲锋，被炮弹击毙。噶尔丹率数骑先众而逃，其余人、物和20万头牛羊尽为清军所获。
康熙第二次亲征，以消灭噶尔丹主力而获得决定性胜利。康熙乘胜追击，于第二年春，亲赴宁夏，命费扬古、马恩哈两路出兵，举行第三次亲征，进剿噶尔丹残部。噶尔丹众叛亲离，身边只剩五六百人；准噶尔部已有新主与清廷通好，准备擒他请赏；往北，俄国也不接纳。在走投无路的情况下，噶尔丹饮药自尽。
康熙亲征噶尔丹所取得的胜利具有深远的历史意义，它不仅扫除了西北、漠北地区一大不安定因素，加强了清政府对喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古的统一管辖，而且进一步团结蒙古各部，筑起一道抗击沙俄南侵的铁壁铜墙。这是他一生中的伟大功绩。