崇祯元年（1628）四月，崇祯任命袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟辽，兼督登、莱、天津军务。七月，经过几十天的长途跋涉，袁崇焕从家乡来到了熟悉的北京城。崇祯立即在平台召见，并十分谦虚地向他请教治辽策略。然而，此次平台召问，再次暴露了袁崇焕的性格弱点。他不假思索的豪言壮语，成为日后遭受极刑的诱因之一。
这次著名的平台召见是在崇祯元年七月。崇祯礼貌地和袁崇焕略事寒暄后，就迫不及待地问袁崇焕：建部（指后金）跳梁已有十年，封疆沦陷，辽民涂炭。卿万里赴召，忠勇可嘉，所有平辽方略，可具实奏来！袁崇焕回答说：所有方略已另写奏本。臣受皇上知遇之恩，召臣于万里之外，倘皇上能给臣便宜行事之权，五年而辽东外患可平，全辽可复。
这肯定是第一个被朝廷上下视为能吏的人在崇祯面前为平定辽东定下日期。一听说只要五年时间就能化解辽东大麻烦，被汹汹天下搞得焦头烂额的崇祯喜悦之情溢于言表，一旁陪同接见的内阁重臣们也莫不欢欣鼓舞。然而，也有人对袁崇焕的五年计划表示怀疑，此人就是职位相对低下的兵科给事中许誉卿。他趁崇祯接见中途回后宫休息的间歇，悄悄问袁崇焕：你说五年可以平辽，到底有些什么胸有成竹的方案？袁崇焕的回答大出许誉卿的意料，他不假思索地吐出五个字：聊慰圣心耳！——也就是说，袁崇焕的五年计划，仅仅是为了宽慰崇祯的心。许誉卿大为震惊，提醒袁崇焕说：皇上英明之极，你岂可浪对？到时按期责功，你怎么办？这时，袁崇焕才感到后悔，刚才在皇上面前把牛皮吹大了，皇上肯定以五年为期，到时没能复辽，拿什么来交代呢？
当崇祯再次回到平台时，袁崇焕立即对五年计划提出了相当的条件：第一要户部保证钱粮；第二要兵部保证武器；第三要吏、兵二部保证给他用人上的主动权。对这些近乎苛刻的条件，崇祯都一一应允，并进一步赋予了袁崇焕便宜行事之权，赐给他先斩后奏的尚方宝剑。正是这把令人望而生畏的尚方宝剑，后来断送了袁崇焕的性命，也在某种意义上断送了大明的江山。
现在来考察，袁崇焕的确是晚明时期少见的将才和边才，他的人品和工作能力都无可挑剔。然而，有些时候，业已成为定势的历史潮流，并不因主事者的敬业和忠诚而稍加改变。早在萨尔浒之战以后，大明和后金的攻守之势就已经发生了根本性的变化。袁崇焕的敬业、能干和对朝廷的忠诚，无法动摇这种早已形成的根本性变化，就好比一列高速奔驰的列车，无论我们的信心和决心有多大，我们都没法伸手拉住它。与时代潮流这列列车相比，个人的力量总是过于渺小，甚至渺小到了可以忽略不计的地步。
曾亲历过甲申之变的明季文人张岱在他的著作里对这次平台召问和袁崇焕本人的悲剧性格作出了深入的剖析，他认为：“袁崇焕短小精干，形如小猱，而性格躁暴，攘臂谈天下事，多大言不惭，而终日梦梦，堕幕士云雾中，而不知其着魅着魇也。五年灭寇，寇不能灭，而自灭之矣。”张岱的评价略嫌刻薄，却基本符合历史的真实。知识分子出身的袁崇焕尽管久在沙场，过着铁马甲衣的行伍生活，却仍然有着知识分子特有的夸夸其谈、好为大言的特性。这样的知识分子，他们对国家和君主的忠诚无可置疑，对所负责任也竭尽全力——总之，就人品看，他们基本无可挑剔。但他们谈起动**的天下就涕泗纵横的慷慨激昂，却无法掩盖一个铁定的事实，那就是他们往往有志大才疏的嫌疑。他们过于自信，过于相信自己的忠心与赤诚能够挽狂澜于既倒，却不知道大厦将倾时已是独木难支。
更何况，手捧尚方宝剑，在崇祯热切的期望里远赴辽东的袁崇焕面对的是一个极其麻烦的烂摊子。这烂摊子就像宇宙中的黑洞，足以吞噬一切不小心靠近它的天体。
首先是钱粮。令人难以置信的是，尽管衮衮诸公都清楚要想马儿跑就得让马儿吃草的浅显道理，守卫辽东的将士却长年领不到军饷。无粮不稳，何况是守卫边疆的军队呢？因此，几乎横贯了晚明时期明军军史的主线就是缺饷的士兵不断哗变、逃亡。就在袁崇焕赶往辽东时，辽东最高行政首长毕自肃和总兵朱梅等人被缺饷四个月的士兵抓住后打得血流满面。毕自肃获释后，又气又怕，愤而上吊自杀。袁崇焕到任后，朝廷的确给辽东拨发了部分军饷，但与巨大的开支相比，仍属杯水车薪。袁崇焕不得已向崇祯上书，要求崇祯能把内帑用于辽事，否则兵变还会不断发生。但崇祯最恨大臣们提议动用他的私房钱，哪怕这私房钱是用来保卫他们朱家的江山和朱家的性命。可以想象得出，袁崇焕的提议根本不可能被崇祯采纳，反而在崇祯心里投下了第一道不满的阴影。然而，像历代大忠臣那样怀有道德洁癖的袁崇焕依然我行我素。
其次是坐大于皮岛的毛文龙已成尾大不掉之势。处理毛文龙问题的轻率与专断，乃是对袁崇焕悲剧命运起过重大作用的因素，我们不妨叙述详细一些。皮岛又称椴岛、东江，是位于渤海中的一座长十五里、宽十里的岛屿，它与鸭绿江口的獐子岛和鹿岛遥相呼应，呈三足鼎立之势。由于皮岛地处当时的后金、朝鲜和明朝的辽东、山东登州、莱州之间，战略位置十分重要。
毛文龙原是杭州的一个无业游民，三十岁时经其舅推荐给辽东巡抚王化贞，很快脱颖而出，一直升任到副总兵之职。此后，他率军进驻皮岛，利用该岛的交通要枢条件，召集流民，通商开发，几年间就使该岛“遂称雄镇”。皮岛地处后金海上咽喉之地，当明军在辽东的几座重镇相继失守后，皮岛的战略意义更加突出。应当说，毛文龙尽管有过杀良冒功的行径，但他治理的皮岛对后金仍是极大的牵制，朝廷——包括对政事一向不感兴趣的天启——都充分认识到了这一点，不仅把他提升为总兵，还多次派人前往慰问。对毛文龙的作用，翰林院编修姜曰广认为：“建州之有东江，犹人身之有蚤虱也。撮之则无处著手，听之则吮肤而不宁……使无东江，则彼得用辽人耕辽土矣。”也就是说，毛文龙像叮附在后金身上的一只跳蚤，虽然不至于使后金为此丧命，却可以不断地骚扰它，使它不得安宁。
坐镇一方的时间稍长，这只跳蚤就变得不那么容易控制了。朝廷上下开始对毛文龙由腹诽到口诛笔伐，而毛文龙本人，的确由于久镇一方而变得骄横不法。其一，他几乎把皮岛的驻军变成了毛家军——军中担任要职的，大多是他的子侄或义子，将领全部姓毛；其二，他虚报兵额二十万，其实不到五万，其他十几万人的军饷，大多数落入他的私囊；其三，他利用皮岛地处海上要冲的优越地理位置，向来往商船征税，而这并没得到朝廷的授权。
袁崇焕对毛文龙的这些不法情况了如指掌，而且，这位有道德洁癖的忠臣在还没有正式接触毛文龙前，就已经定下了应对之策。还在京城期间，阁臣钱龙锡和袁崇焕谈天，问及如何处理和毛文龙的关系，袁崇焕脱口而出：可用则用之，不可用则杀之——作为全权处理辽东事务的最高指挥官，袁崇焕在赴任之前就画地为牢式地定下了对付毛文龙的简单处理方法。不难看出，驱使他这样做的，当然不是个人私利，而是个人的道德好恶。他看不惯毛文龙的骄横不法，更看不惯毛文龙对朝廷诏命的阳奉阴违。但无论如何，毛文龙罪不致死，更何况，大敌当前，毛文龙也算是独当一面的方面大员。如此草率地加以戮杀，袁崇焕何其失策也。
果然，袁崇焕到任后，和毛文龙关系极为紧张。他首先派官员到皮岛对毛文龙的经济进行审计，接着又宣布海禁，不许商船径直开往皮岛。这第二招颇为毒辣，其直接后果就是毛文龙原本十分丰厚的税收从此颗粒无收。毛文龙当然不愿就此服输，他多次上书崇祯诉苦，但崇祯态度含糊，不肯表态。奏章中，毛文龙悲愤地说：诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。以后发生的一系列变故证明，毛文龙这一介武夫的激愤之语并非虚妄之词，只是那时的变故，不仅毛文龙看不到，袁崇焕也看不到了。
袁崇焕上任伊始，首先对付的竟是自己人毛文龙，这是很令人惊讶的事。它隐约向我们表明，这位以忠勇自诩的高级将领，大概也信奉攘外必先安内的信条。毛文龙不愿服输，袁崇焕理所当然地认为这就是“不可用”。不可用如何处置呢，那就是像他和钱龙锡说过的那样：杀之。
对付毛文龙一事，充分体现了袁崇焕的智谋。可惜的是，这智谋对付的不是虎视眈眈的后金，而是同一战壕里的战友。袁崇焕一面对毛文龙动了杀机，一面为了麻痹他，还主动给他送上一大批军饷。紧接着，袁崇焕以阅兵为名，于崇祯二年六月深入皮岛。对此，毛文龙全然不备。当毛文龙手下的将领前来参见袁崇焕时，袁当即煽动——毛文龙手下将领全都姓毛，有的本是毛文龙子侄，有的则是改姓依附——说：你们都姓毛，是出于不得已。像你们这样的好汉，哪里用得着这样。我在宁远前线的官兵，军饷比你们高，都还吃不饱，你们在海上更加劳苦，军饷却更低，还要靠它养家糊口，我对此感到心酸。你们受我一拜吧。毛文龙手下将领对袁崇焕一席话，既有几分感动，又有几分畏惧，古人所谓恩威并施，大抵如此。
就是在这次会议上，袁崇焕当众宣布毛文龙有十二大罪。不论是现在的我们还是比袁稍后一点的明清人看来，这十二大罪真正沾得上边的不过二三条而已，其他大多是捕风捉影的罗织之词。更何况，真正要处死一个高级将领，只要有一条坐实的大罪就行了，何苦拼凑这么一大堆呢？过多的罪名反而暴露了一个事实，那就是罗织者生怕罪名不够充足，理由不够充分。被认为是这个帝国最有能力的的袁崇焕也未能免俗。
毛文龙当天即被斩首于帐前，死在他苦心经营了十年的皮岛上。毛的部众被袁崇焕整编，毛家军从此不复存在。处死毛文龙后，袁崇焕继续做了两件和此有关的事，其一是向崇祯报告。崇祯接报后大为震惊，史书上说他是“意殊骇”——虽然此前他赐予了袁崇焕可以便宜行事的尚方宝剑，但袁崇焕在不作任何汇报的情况下，擅自处死一名被朝廷和崇祯本人均认为可以独当一面的高级官员，这不仅是简单的越权，简直就是擅作威福的草菅“官”命。
然而，崇祯也有他的苦衷，既然他刚把辽事全盘托付给袁崇焕，把袁崇焕确定为力挽狂澜的不二人选，袁崇焕本人也立下了五年平辽的军令状，那么，追究处死毛文龙之罪，不但毛文龙人已死而无济于事，反而有可能影响五年平辽大计。也就是说，当崇祯迫不得已地下诏对袁崇焕的行为表示赞许时，这位君主的内心有一条基本的底线，那就是袁崇焕必须兑现五年平辽的诺言。
如此一来，袁崇焕相当于把自己推上了绝路，因为不要说五年平辽，即使五年内守住辽东，不让后金势力进一步渗透都得打上大大的问号。袁崇焕在请出尚方宝剑斩首毛文龙之前，曾当着众人的面向着京师方向叩首请旨：臣今天诛毛文龙以严肃军纪，将领中再有如毛文龙者，必将同样处置。臣五年不能平奴，求皇上也像臣斩毛文龙那样斩臣吧。后来的事实证明，袁宗焕不仅被崇祯所杀，而且比毛文龙死得更为悲惨。史家谈迁总结说，袁崇焕杀毛文龙乃是“适所以自杀也”。
袁崇焕做的第二件事是在返回辽阳途中写了一首诗——未曾杀敌一人而斩自家一将却有心情赋诗，这同样是颇令人惊讶的事。不过，在袁崇焕的这首诗中，他表达的也是我们想表达的，那就是痛心于大敌当前而同室操戈：边衅久开终是定，室戈方操几时休。
以后来人的视角看，袁崇焕的权位在崇祯时代才达到巅峰，但他事业的巅峰却在天启时代就画上了句号。他被认为是名将和边才的最主要依据就是他在天启时代指挥的宁远之战。可以说，他在崇祯时代的二度被重用，根本没能如他和崇祯所愿的那样消弭边患，平复辽东。
事情的发展有迅雷不及掩耳之势。当袁崇焕处心积虑地解决他认为尾大不掉的毛文龙时，后金抓住这一有利时机，在安抚了漠南蒙古之后，皇太极亲率十万大军，绕开袁崇焕重兵防守的宁远和锦州，从辽西经蒙古地面，由蓟门一带明军防守的薄弱地带入侵。当皇太极的大军越过喜峰口长城兵临距北京只有两三百里的遵化城下时，袁崇焕才如梦初醒，急忙亲率主力进入山海关增援。
这时的北京早已人心惶惶。崇祯二年十一月初四，也就是袁崇焕星夜驰往关内的前一天，山海关总兵赵率教为免北京被围的困境，在遵化与皇太极激战，不幸战败而全军覆没。次日，也就是袁崇焕大惊之余入关那天，遵化守军崩溃，巡抚王元雅自杀，副总兵朱来同等人弃城逃跑，总兵朱国彦与夫人一同自杀。朱国彦自杀前，把临阵脱逃将领的名字一一书写在案。
几个月前，袁崇焕在平台召问时，信誓旦旦地向崇祯表示五年平辽，刚愎而又多疑的崇祯正是看在这一点上，才对袁崇焕冒失诛杀毛文龙不加计较。而今，不但平辽成泡影，后金大军竟然兵临城下。崇祯气恼之余，还多了一种被欺骗的愤怒。崇祯一面起用孙承宗守卫京师，一面下令调外地军队勤王。事已至此，如果袁崇焕能够及时打退皇太极，估计崇祯虽然仍会对他心怀不满，但多半不至于将他撤职，更不至于下狱。可怕的是，袁崇焕一不小心又犯了个错误——导致他犯这个错误的，不是能力，而是他的忠心。
当时，京城已有谣言，说皇太极此次入侵，是袁崇焕暗中降了后金。袁崇焕从关外星夜赶往京城，他本应在京城以外的通州地面和后金军队决战。没想到他怕北京有所闪失，径直率大军直抵京师门外，并要求军队入城。早就对谣言半信半疑的崇祯自作聪明地认为，袁崇焕果然没有和后金决战的意思。手握重兵的大将要求深入京城，多疑的崇祯哪里信得过？在袁崇焕而言，他以为自己是十足的忠诚，是在为君王考虑；而在崇祯和朝廷大臣而言，袁崇焕不在城外退敌，却想率军入城，谁能保证他真的和后金没有瓜葛？再者，由于不少皇亲国戚和太监都在城外修有别墅，这些别墅大多遭到后金军队的洗劫和焚毁。皇亲国戚和太监们没法找后金讨说法，却可以迁怒袁崇焕：就是你袁崇祯引狼入室才导致了今天的局面！
这时，皇太极仅仅套用了《三国演义》中一个并不高明的离间之计，就使得袁崇焕从封疆大吏一落而为阶下之囚。与其说这是皇太极的高明，不如说是崇祯对袁崇焕的所谓信任原本就是镜花水月。
后金进逼北京前，曾俘虏了几个明朝太监，其中一个地位较高的太监叫杨春。皇太极安排了两个部将在杨春的隔壁高声谈天，有意让杨春听见。杨春果然在隔壁悄悄偷听，两个部将声音越说越低，却也足以让杨春听清楚。一个姓鲍的部将说，今天我们暂时撤兵，那是皇上的计谋。刚才我看到皇上在接见两个人，他们说了很久的话才走，听说是袁督师有密约，那件事不久就可以成功了。第二天，看守士兵故意疏忽，杨春得以成功脱逃。杨春回宫后的第一件事就是向崇祯报告袁崇焕和后金之间有密约，这位总揽辽事的高级官员竟然是后金的内应。生性多疑的崇祯把前后的各种事情稍一分析，很容易就相信了杨春带回来的“情报”：看似忠心耿耿的袁崇焕，他似乎已经是皇太极的人了。
崇祯没有立即对袁崇焕动手，这倒不是他相信袁崇焕，而是后金军队还在北京城外。崇祯于十一月二十三日在平台召见袁崇焕——一年多以前，他在这里和袁崇焕第一次见面，现在是第二次。袁崇焕此时也深知自己处境不妙——当然他肯定不知道皇太极的反间计，而是自己曾在这里夸下五年平辽的海口，没想到现在却是后金兵临城下。因此，他极力向崇祯和其他大臣渲染后金如何强大，如何势不可挡。他甚至向其他大臣说，满洲人此来是想做皇帝，已选定在某天准备登基了。——如此犯禁的话由袁崇焕之口说出来，在场的户部尚书毕自严吃惊得张口结舌。袁崇焕之所以如是说，并不是他惧怕后金，而是希望藉强大的后金胁迫朝臣们向崇祯提出与后金议和，争取缓冲时间以备战。有记载说，这是袁崇焕想以议和为自己找退路。如此一来，他的五年平辽的宏伟计划也许就不会再有人去追究了。然而，已经对袁崇焕和后金有密约半信半疑的崇祯只是顾左右而言他。
仅仅过了几天，当崇祯安排好接替袁崇焕的人选之后，这位和蔼可亲的人君一下子变得声色俱厉：十二月初一，袁崇焕被召进宫，依然是前两次召见的平台。这是他和崇祯的第三次、也是最后一次见面。当袁崇焕来到平台时，崇祯直截了当地问他和皇太极之间有何密约？密约原本就是不存在的莫须有的东西，袁崇焕一下子有点摸不着头脑，无言以对。崇祯却以为袁崇焕默认了，指责袁崇焕擅杀毛文龙、引皇太极进犯京城、指使手下人射伤满桂。崇祯越说越激动，不容袁崇焕分辩。事实上，震怒中的皇帝不可能听得进任何形式的分辩。最后，这位暴怒的君主下令：着锦衣卫拿掷殿下！
此后大半年时间里，袁崇焕一直关押在狱中。种种迹象表明，崇祯最初似乎并无意处死袁崇焕。当他听说袁崇焕的部将祖大寿等人击退皇太极的消息时，还在兴奋之余亲切地说：守辽非蛮子不可——蛮子，系崇祯对袁崇焕的昵称。但是，袁崇焕所处时代和环境之险恶，完全不是当事人以外者所能想象的。朝廷大臣中，为袁崇焕喊冤者固然有之，必欲除之而后快的政治对手更是不少。何况，还有一些人坚信袁崇焕已经投敌，他们正义凛然地上书崇祯，要求予以严惩。前者，如与毛文龙交厚、曾收受过毛文龙大量贿赂的温体仁，他对袁崇焕杀毛文龙而断了自己的一条生财之路早就恨之入骨，这时候落井下石是情理中事。后者，如山东道御史史范，他在奏章中认为袁崇焕的罪过比秦桧还有过之而无不及。袁崇焕是秦桧，那当今圣上岂不成了忠奸不辨的赵构？对这一说，自视甚高的崇祯不由怒不可遏。一旦曾经脱下衣服给臣子的主子变得怒不可遏，纵然他脱过一千件衣服，臣子的命运也不容乐观。
接下来，就是我们前面说过的明末大悲剧。崇祯下旨，将袁崇焕“依律磔之”。至于其妻子，崇祯宣布将她们和袁崇焕的兄弟一起，流放二千里以外。那场“大快人心”的凌迟就这样不可阻挡地发生了。当袁崇焕在刽子手冷漠无情的数刀数的声音和周围看客们兴奋的斥骂声中，慢慢地承受着死的煎熬时，大明帝国注定了只有毁灭才是它最终的结局。
清人所修的《明史·袁崇焕传》中，对袁崇焕之死作出了简洁而又一语中的的评价，那就是——
自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。